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- PDB-6p1y: Crystal structure of Mtb aspartate decarboxylase mutant M117I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p1y
タイトルCrystal structure of Mtb aspartate decarboxylase mutant M117I
要素
  • Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
  • Aspartate 1-decarboxylase beta chain
キーワードLYASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / POA / drug-resistance / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / L(+)-TARTARIC ACID / Aspartate 1-decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Sun, Q. / Li, X. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI095208 米国
Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The molecular basis of pyrazinamide activity on Mycobacterium tuberculosis PanD.
著者: Sun, Q. / Li, X. / Perez, L.M. / Shi, W. / Zhang, Y. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2019年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain
B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1234
ポリマ－15,9552
非ポリマー1682
水70339
1
A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain
B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain
B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain
B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子

A: Aspartate 1-decarboxylase beta chain
B: Aspartate 1-decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,49316
ポリマ－63,8208
非ポリマー6738
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area26570 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.011, 73.011, 109.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Aspartate 1-decarboxylase beta chain


分子量: 2751.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIL3, aspartate 1-decarboxylase
#2: タンパク質 Aspartate 1-decarboxylase alpha chain / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 13203.739 Da / 分子数: 1 / Mutation: M117I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIL3, aspartate 1-decarboxylase
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H6O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: Ammonium tartrate dibasic, PEG 3350 / PH範囲: 6.5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→36.51 Å / Num. obs: 6635 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 11.3 % / Net I/σ(I): 18.88
反射 シェル解像度: 2.33→2.414 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.75 / Num. unique obs: 636 / % possible all: 96.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C45

2c45


解像度: 2.33→36.51 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 330 4.97 %
Rwork0.1743 --
obs0.1758 6634 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.6 Å2 / Biso mean: 38.8028 Å2 / Biso min: 20.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数945 0 11 39 995
Biso mean--65.04 43.44 -
残基数----126
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.33-2.93490.2361550.1836307399
2.9349-36.510.19261750.17113231100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.8584 Å / Origin y: -22.3682 Å / Origin z: -18.0447 Å
111213212223313233
T0.2657 Å2-0.0291 Å20.0097 Å2-0.269 Å2-0.0041 Å2--0.2976 Å2
L0.827 °20.4312 °20.2444 °2-1.2537 °2-0.4411 °2--1.4583 °2
S0.0052 Å °-0.0075 Å °0.1033 Å °0.0259 Å °0.034 Å °-0.0591 Å °-0.181 Å °0.099 Å °-0.0325 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1allB25 - 126
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 71
4X-RAY DIFFRACTION1allC1
5X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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