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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p0x | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from Salmonella typhimurium strain LT2 | ||||||
要素 | Salmonella plasmid virulence: SpvB | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / salmonella effector / SpvB / ADP-ribosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity => GO:0106274 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / : / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, C. / Boniecki, M. / Cygler, M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from Salmonella typhimurium strain LT2 著者: Xu, C. / Boniecki, M. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p0x.cif.gz | 272.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p0x.ent.gz | 219.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p0x_validation.pdf.gz | 478 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p0x_full_validation.pdf.gz | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6p0x_validation.xml.gz | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p0x_validation.cif.gz | 38.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/6p0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/6p0x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4iglS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36676.379 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-355 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spvB, spvA, PSLT039 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: H9L477 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-BTB / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.83 % / 解説: Rod shape |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 14% poly(acrylic acid) 5100 sodium salt, 4% PEG3350, 1 mM DTT and 20 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 44119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 41.29 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 2160 / Rpim(I) all: 0.222 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IGL 解像度: 2.4→49.28 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.48 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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