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- PDB-6p0x: Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p0x | ||||||
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Title | Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from Salmonella typhimurium strain LT2 | ||||||
![]() | Salmonella plasmid virulence: SpvB | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / salmonella effector / SpvB / ADP-ribosyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity => GO:0106274 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / : / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, C. / Boniecki, M. / Cygler, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of the N-terminal domain of effector protein SpvB from Salmonella typhimurium strain LT2 Authors: Xu, C. / Boniecki, M. / Cygler, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 272.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 219.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 478 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 484 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4iglS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 36676.379 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 26-355 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: spvB, spvA, PSLT039 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-BTB / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.82 Å3/Da / Density % sol: 67.83 % / Description: Rod shape |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 14% poly(acrylic acid) 5100 sodium salt, 4% PEG3350, 1 mM DTT and 20 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: May 15, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 44119 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.7 % / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 41.29 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 2160 / Rpim(I) all: 0.222 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IGL Resolution: 2.4→49.28 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 21.35
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.48 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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