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万見
- PDB-6p0u: Crystal structure of ternary DNA complex " FX(1-2)-2Xis" containi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p0u
タイトルCrystal structure of ternary DNA complex " FX(1-2)-2Xis" containing E. coli Fis and phage lambda Xis
要素
  • (DNA (27-MER), FX1-2) x 2
  • DNA-binding protein Fis
  • Excisionase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA ternary complex / DNA shape / cooperative binding / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / response to radiation / nucleosome / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Excisionase (Xis) protein / Excisionase-like / Excisionase-like superfamily / Excisionase-like protein / DNA-binding protein Fis / : / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Putative DNA-binding domain superfamily ...Excisionase (Xis) protein / Excisionase-like / Excisionase-like superfamily / Excisionase-like protein / DNA-binding protein Fis / : / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Putative DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Excisionase / DNA-binding protein Fis
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hancock, S.P. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM038509 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Cooperative DNA binding by proteins through DNA shape complementarity.
著者: Hancock, S.P. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
履歴
登録2019年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein Fis
B: DNA-binding protein Fis
C: DNA (27-MER), FX1-2
D: DNA (27-MER), FX1-2
E: Excisionase
F: Excisionase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6806
ポリマ－52,6806
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11300 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.850, 151.850, 120.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein Fis / Factor-for-inversion stimulation protein / Hin recombinational enhancer-binding protein


分子量: 11252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fis, b3261, JW3229 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6R3
#2: DNA鎖 DNA (27-MER), FX1-2


分子量: 8295.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER), FX1-2


分子量: 8291.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Excisionase


分子量: 6793.799 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-55 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ)
遺伝子: xis / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03699

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→75.92 Å / Num. obs: 20814 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 8.139 % / Biso Wilson estimate: 76.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 15.14 / Num. measured all: 169400 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.3-3.398.3140.8192.2412396155114910.8710.87296.1
3.39-3.488.5020.7062.7312626152814850.9070.75297.2
3.48-3.588.4770.63.2912411150614640.9260.63997.2
3.58-3.698.4670.5133.8511862144514010.9520.54697
3.69-3.818.4410.3745.5211505140813630.9720.39996.8
3.81-3.958.3760.3366.1511040136613180.9730.35896.5
3.95-4.098.2990.2597.7810548131812710.9820.27696.4
4.09-4.268.0790.16311.599832126312170.9940.17496.4
4.26-4.457.9850.14413.029470123211860.9950.15496.3
4.45-4.677.3780.13114.218403117811390.9940.1496.7
4.67-4.927.0910.11914.977559111310660.9950.12995.8
4.92-5.228.5650.10717.548796107410270.9980.11495.6
5.22-5.588.4010.08321.9579819849500.9980.08896.5
5.58-6.038.3390.07624.0775729529080.9990.08195.4
6.03-6.68.2190.07525.8167238648180.9970.0894.7
6.6-7.388.1390.05234.0861047927500.9990.05594.7
7.38-8.527.6220.03943.2650767136660.9990.04293.4
8.52-10.446.6550.0348.1737205965590.9990.03293.8
10.44-14.768.1620.02563.98377149646210.02793.1
14.76-75.927.3440.02364.4520052982730.9990.02691.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.35 Å80.17 Å
Translation8.35 Å80.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IV5

3iv5


解像度: 3.3→75.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU R Cruickshank DPI: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.407 / SU Rfree Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.282
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1009 4.85 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 20813 96 %-
原子変位パラメータBiso max: 237.25 Å2 / Biso mean: 134.17 Å2 / Biso min: 84.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.4231 Å20 Å20 Å2
2--34.4231 Å20 Å2
3----68.8463 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→75.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 1101 0 0 3148
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d966SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes403HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3313HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion442SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3605SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3313HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4725HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.33
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4001 22 5.28 %
Rwork0.3017 395 -
all0.3062 417 -
obs--92.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.03214.7434-0.45355.72392.32553.6770.0493-1.08851.08850.57640.22-0.3923-0.50270.0542-0.2692-0.40380.1637-0.19310.1178-0.3040.1493-3.4655-29.67824.5797
25.8291-1.4694-0.25893.9363-0.70721.5773-0.0472-0.36831.08850.3577-0.206-0.2518-0.6835-0.04240.2532-0.4210.0116-0.22-0.0508-0.30370.57592.155-24.790318.4989
36.4244-1.41782.41590.47890.44530-0.2970.1114-0.0309-0.19170.19520.13980.16760.23970.1018-0.26540.0474-0.1127-0.01990.0386-0.11491.6981-43.620811.4343
45.4416-0.74362.6640.41470.47520-0.23430.3545-0.2098-0.34660.102-0.07740.04480.28480.1323-0.34940.0834-0.0399-0.06820.09040.03051.4375-43.288210.7796
511.1507-2.02730.01987.97240.72786.32370.162-0.4049-0.5287-0.1670.05710.27870.60330.4088-0.2191-0.1423-0.0251-0.1678-0.06050.1830.1247-23.7833-46.90265.8774
60.95.8208-1.223714.5042-0.48511.96680.0910.6507-0.0104-0.5565-0.02440.35490.7998-0.2-0.0666-0.2683-0.0298-0.01170.11840.17670.025931.264-43.20514.7214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A8 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B9 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 27
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 27
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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