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万見
- PDB-6ozy: Wild type GapR crystal structure 2 from C. crescentus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ozy
タイトルWild type GapR crystal structure 2 from C. crescentus
要素UPF0335 protein CC_3319
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / cell-division
機能・相同性GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / : / UPF0335 protein CC_3319
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.014 Å
データ登録者Tarry, M. / Harmel, C. / Taylor, J.A. / Marczynski, G.T. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-148472 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-125998 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structures of GapR reveal a central channel which could accommodate B-DNA.
著者: Tarry, M.J. / Harmel, C. / Taylor, J.A. / Marczynski, G.T. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / reflns_shell
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0335 protein CC_3319
B: UPF0335 protein CC_3319
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9363
ポリマ－25,8232
非ポリマー1121
水1,62190
1
A: UPF0335 protein CC_3319
B: UPF0335 protein CC_3319
ヘテロ分子

A: UPF0335 protein CC_3319
B: UPF0335 protein CC_3319
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8716
ポリマ－51,6464
非ポリマー2252
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.770, 59.370, 93.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 UPF0335 protein CC_3319


分子量: 12911.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_3319 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A385
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 % / 解説: Rods
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 0.16 M ammonium sulfate 12 % PEG 3350 10 mM cadmium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.97 Å / Num. obs: 10203 / % possible obs: 66.5 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 30.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 0.5 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 50 / CC1/2: 0.367 / % possible all: 4.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.014→46.97 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2726 528 5.18 %
Rwork0.2331 --
obs0.2352 10198 66.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.29 Å2 / Biso mean: 50.1233 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.014→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1251 0 1 90 1342
Biso mean--41.9 45.24 -
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4281673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.755507
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0142-2.21690.3255220.268544947113
2.2169-2.53770.2935910.26931944203554
2.5377-3.19710.30041830.26113512369597
3.1971-46.98280.25792320.214237653997100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9902-0.7292-0.18895.3994-1.02181.7240.0987-0.253-0.21720.18030.16780.22760.0072-0.041-0.31570.1918-0.0537-0.05990.1476-0.01150.13673.2136-5.088919.361
24.0996-0.1453-1.14715.8144-2.00754.61250.13890.61080.0215-0.1902-0.07560.0056-0.1015-0.2027-0.09060.3156-0.0119-0.02220.20480.07830.1521-1.496317.22857.1658
33.3266-0.56550.43792.6892-1.40747.1485-0.1027-0.35610.04750.5335-0.0604-0.68140.03130.9627-0.11280.3037-0.05270.06460.1522-0.07370.38310.531223.7315-5.9679
41.6598-0.29130.18144.7548-0.33291.34070.14340.11430.1066-0.3486-0.1985-0.8006-0.26760.07010.10040.2136-0.013-0.01540.2435-0.010.15865.84722.138715.0075
54.45670.6152.41060.52080.16171.38140.0064-1.1483-0.27160.29670.07610.0244-0.2154-0.2287-0.17480.36480.02050.04970.390.13640.3839-2.854-23.7084-0.0453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 50 )A11 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 66 )A51 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 87 )A67 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 68 )B11 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 69 through 89 )B69 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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