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- PDB-6oxh: X-ray crystal structure of His-tagged Y140F FtmOx1 bound to Fe(II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oxh
タイトルX-ray crystal structure of His-tagged Y140F FtmOx1 bound to Fe(II) and 2-oxoglutarate
要素Verruculogen synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / endoperoxidation / deprenylation / oxygenase / metalloenzyme / fumitremorgin / verruculogen
機能・相同性
機能・相同性情報


verruculogen synthase / verruculogen biosynthetic process / dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Verruculogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Dunham, N.P. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119707 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Hydrogen Donation but not Abstraction by a Tyrosine (Y68) during Endoperoxide Installation by Verruculogen Synthase (FtmOx1).
著者: Dunham, N.P. / Del Rio Pantoja, J.M. / Zhang, B. / Rajakovich, L.J. / Allen, B.D. / Krebs, C. / Boal, A.K. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Verruculogen synthase
B: Verruculogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6106
ポリマ－70,2062
非ポリマー4044
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.512, 79.362, 91.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Verruculogen synthase / Fumitremorgin biosynthesis protein F / FtmOx1


分子量: 35103.172 Da / 分子数: 2 / 変異: Y140F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: ftmOx1, ftmF, AFUA_8G00230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WAW9, verruculogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.3 % / Mosaicity: 1.342 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG4000, magnesium chloride, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月16日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 40810 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.897 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 271901
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.92-1.955.70.8518920.8330.3710.930.893.7
1.95-1.995.80.72319480.8740.3110.7890.77294.7
1.99-2.036.10.65119340.8950.2760.7090.80895.4
2.03-2.076.20.55919790.9010.2360.6080.84598.2
2.07-2.116.40.49220390.9380.2060.5350.8499.4
2.11-2.166.60.42420420.9550.1760.460.86699.9
2.16-2.226.80.36720250.9670.1510.3980.906100
2.22-2.286.90.35120330.9660.1430.380.92299.9
2.28-2.346.80.2720630.9830.1110.2920.91599.6
2.34-2.426.90.22420050.9830.0920.2430.9599.6
2.42-2.516.80.19620480.9860.080.2120.95699.5
2.51-2.616.90.16420490.990.0670.1770.95299.4
2.61-2.726.90.13320520.9940.0550.1440.92799.2
2.72-2.876.90.10220320.9950.0420.110.92599.5
2.87-3.056.90.08320700.9950.0340.090.9499.6
3.05-3.2870.07120600.9950.0290.0771.05299.3
3.28-3.616.90.05820780.9960.0240.0631.10199.8
3.61-4.147.10.04421010.9980.0180.0470.878100
4.14-5.2170.03521220.9990.0140.0380.70799.5
5.21-506.60.04122380.9980.0180.0440.81299.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZON

4zon
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.92→59.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 4.565 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.197
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 1679 4.7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.2313 33672 85.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.7 Å2 / Biso mean: 25.527 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-0 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→59.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 22 48 4603
Biso mean--29.02 16.96 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.9756347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.739310284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.923.395215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82415766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3261542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021044
LS精密化 シェル解像度: 1.924→1.974 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 78 -
Rwork0.254 1445 -
all-1523 -
obs--50.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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