[日本語] English
万見
- PDB-6ow4: Structure of the NADH-bound form of 20beta-Hydroxysteroid Dehydro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ow4
タイトルStructure of the NADH-bound form of 20beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase from Bifidobacterium adolescentis strain L2-32
要素Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / pyridine nucleotide-dependent enzyme / short-chain dehydrogenase/reductase / NADH dependent
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium adolescentis L2-32 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Mythen, S.M. / Pollet, R.M. / Koropatkin, N.M. / Ridlon, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical characterization of 20 beta-hydroxysteroid dehydrogenase fromBifidobacterium adolescentisstrain L2-32.
著者: Doden, H.L. / Pollet, R.M. / Mythen, S.M. / Wawrzak, Z. / Devendran, S. / Cann, I. / Koropatkin, N.M. / Ridlon, J.M.
履歴
登録2019年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
E: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
F: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
G: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
H: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,96716
ポリマ－253,6598
非ポリマー5,3078
水8,125451
1
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
E: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
F: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4838
ポリマ－126,8304
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25520 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area33550 Å2
手法PISA
2
C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

H: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

H: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4838
ポリマ－126,8304
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
Buried area25490 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area33710 Å2
手法PISA
3
D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
G: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
G: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4838
ポリマ－126,8304
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area25240 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.078, 134.710, 96.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein


分子量: 31707.426 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis L2-32 (バクテリア)
遺伝子: BIFADO_01909 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7A7R9
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Mutant S181A 20beta-HSDH purified recombinant protein was incubated with 2.5 mM NADH and 0.25mM or 0.5 mM cortisol for 2 hours at 4C. Crystals were grown in condition 86 of the Hampton ...詳細: Mutant S181A 20beta-HSDH purified recombinant protein was incubated with 2.5 mM NADH and 0.25mM or 0.5 mM cortisol for 2 hours at 4C. Crystals were grown in condition 86 of the Hampton PEG/Ion screen containing 0.05 M Citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane / pH 5.0, and 16% w/v Polyethylene glycol 3,350. The condition was then optimized in hanging-drop format using 18-20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→103.71 Å / Num. obs: 73226 / % possible obs: 54.3 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 16.22 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.045 Å / Num. unique obs: 3662

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M9U

6m9u


解像度: 1.99→103.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 17.979 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.303 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 3672 5 %RANDOM
Rwork0.18744 ---
obs0.19 69584 51.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.76 Å2
2---0.64 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→103.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16825 0 352 451 17628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01317539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.66923861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1251.59236419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62752221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.65922.432888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.763152713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.33315109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.22357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7762.258902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7762.258901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1733.37111111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1733.37111112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7262.48636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7262.48637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0413.55312749
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.17326.75619709
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.17326.75519710
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.276333288
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.045 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.146 5 -
Rwork0.279 84 -
obs--0.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23650.00460.14130.07840.07210.1503-0.00720.0012-0.0051-0.00650.00450.01-0.00340.00560.00270.031-0.0029-0.02020.02970.00050.014529.824866.053826.691
20.3140.04050.11670.17570.03880.1386-0.0099-0.063-0.00750.01730.0142-0.01120.0181-0.033-0.00420.03580.0009-0.01970.05640.00250.012836.293265.278268.5225
30.2499-0.02010.11240.0850.02830.0759-0.02210.0262-0.0026-0.00510.01170.01-0.02140.01810.01030.0402-0.0063-0.02190.03780.00210.013963.339332.294373.7817
40.238-0.07220.1090.1380.04280.1686-0.00990.02520.0079-0.0036-0.00180.0060.0080.01630.01160.02660.0014-0.01530.03590.00040.011561.248898.883574.0768
50.17410.00040.21510.1317-0.02450.27090.01720.037-0.02210.0110.00840.00320.01640.0473-0.02560.02080.0031-0.01830.042-0.00450.017752.164664.362539.2248
60.17910.08040.28650.25730.24430.52380.0334-0.0856-0.0127-0.0241-0.03080.02690.031-0.1188-0.00270.0284-0.0191-0.02510.08150.0060.024613.974360.825655.5492
70.17220.00970.25690.10730.06080.4070.0159-0.0658-0.0023-0.0163-0.00930.00750.0215-0.0937-0.00650.0166-0.0068-0.0150.0586-0.0010.015746.774496.0309103.9585
80.13820.00720.1670.1214-0.04020.2230.00280.0268-0.01340.01320.0061-0.0116-0.00540.0252-0.00890.0255-0.0014-0.02080.0404-0.0020.01782.594696.409987.6078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 294
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5E11 - 294
6X-RAY DIFFRACTION6F11 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7G11 - 294
8X-RAY DIFFRACTION8H12 - 294

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る