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万見
- PDB-6ovo: Crystal structure of the unliganded PG10 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ovo
タイトルCrystal structure of the unliganded PG10 TCR
要素
  • Alpha Chain T-Cell Receptor PG10
  • Beta Chain T-Cell Receptor PG10
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha beta / T-cell receptor / receptor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Shahine, A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2019
タイトル: A TCR beta-Chain Motif Biases toward Recognition of Human CD1 Proteins.
著者: Reinink, P. / Shahine, A. / Gras, S. / Cheng, T.Y. / Farquhar, R. / Lopez, K. / Suliman, S.A. / Reijneveld, J.F. / Le Nours, J. / Tan, L.L. / Leon, S.R. / Jimenez, J. / Calderon, R. / Lecca, ...著者: Reinink, P. / Shahine, A. / Gras, S. / Cheng, T.Y. / Farquhar, R. / Lopez, K. / Suliman, S.A. / Reijneveld, J.F. / Le Nours, J. / Tan, L.L. / Leon, S.R. / Jimenez, J. / Calderon, R. / Lecca, L. / Murray, M.B. / Rossjohn, J. / Moody, D.B. / Van Rhijn, I.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha Chain T-Cell Receptor PG10
B: Beta Chain T-Cell Receptor PG10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2708
ポリマ－50,8492
非ポリマー4216
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Eluted at expected volume via size exclusion
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.620, 149.620, 55.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha Chain T-Cell Receptor PG10


分子量: 22873.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV (TCRA) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Beta Chain T-Cell Receptor PG10


分子量: 27975.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV (TCRB) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 121分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.03 % / 解説: Rod morphology
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月29日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→74.81 Å / Num. obs: 25252 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2502 / CC1/2: 0.537 / Rpim(I) all: 0.402 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WJO

5wjo


解像度: 2.49→44.826 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1275 5.05 %
Rwork0.1767 --
obs0.179 25245 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.94 Å2 / Biso mean: 58.7487 Å2 / Biso min: 22.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→44.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 21 115 3604
Biso mean--105.72 53.79 -
残基数----447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4902-2.58990.32431470.27542626277399
2.5899-2.70770.3171430.278326512794100
2.7077-2.85050.27911340.240726382772100
2.8505-3.0290.28011260.219526592785100
3.029-3.26280.26021580.205326512809100
3.2628-3.59110.28541450.185326402785100
3.5911-4.11040.21241360.171326812817100
4.1104-5.17740.15181580.123326872845100
5.1774-44.83340.17671280.14672737286599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6481-0.23170.46525.4376-1.50553.72350.2078-0.2206-0.18150.1106-0.02040.1202-0.1820.0143-0.14470.272-0.12310.0060.324-0.02270.236132.8501-54.56594.9281
26.09960.80261.76671.2591-0.94851.9117-0.32110.16680.8593-0.10530.15460.3626-0.3897-0.32130.14470.4480.1008-0.01130.541-0.01860.47542.8723-51.6160.7166
35.5773-0.16661.51884.7792-0.35792.42920.07880.2268-0.0632-0.26970.03680.03180.2774-0.113-0.10290.2743-0.1172-0.00450.35820.01550.248125.8007-76.556910.9132
42.1548-0.62961.38943.9101-2.14884.7945-0.03310.0617-0.02520.133-0.00850.1824-0.2749-0.36250.0420.1954-0.0017-0.00490.61870.00010.384-0.1307-66.07521.7348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 111 )A1 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 202 )A112 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 125 )B3 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 126 through 247 )B126 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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