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- PDB-6ovm: Crystal Structure of the Pseudomonas capeferrum Anti-sigma Regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ovm
タイトルCrystal Structure of the Pseudomonas capeferrum Anti-sigma Regulator PupR C-terminal Cell-surface Signaling Domain in Complex with the Outer Membrane Transporter PupB N-terminal Signaling Domain (SeMet)
要素
  • Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor
  • Siderophore-interacting protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / transcriptional regulation / periplasmic protein / iron transport regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor-like / FecR, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4880) / FecR protein / Fe(2+)-dicitrate sensor, transmembrane component / FecR protein / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor ...TonB-dependent receptor-like / FecR, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4880) / FecR protein / Fe(2+)-dicitrate sensor, transmembrane component / FecR protein / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Siderophore-interacting protein / Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas capeferrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jensen, J.L. / Colbert, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM113227-01 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of cell-surface signaling by a conserved sigma regulator in Gram-negative bacteria.
著者: Jensen, J.L. / Jernberg, B.D. / Sinha, S.C. / Colbert, C.L.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_contact_author.email

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Siderophore-interacting protein
B: Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7464
ポリマ－32,4462
非ポリマー3002
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.574, 44.714, 141.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Siderophore-interacting protein / PupR protein


分子量: 24340.000 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Cell-surface Signaling Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas capeferrum (バクテリア)
遺伝子: PC358_08100, pupR / プラスミド: pMBP-Parallel-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A084CH09
#2: タンパク質 Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor


分子量: 8105.890 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Signaling Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas capeferrum (バクテリア)
遺伝子: PC358_08105, pupB / プラスミド: pGEXr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A084CH10
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM sodium potassium tartrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→141.34 Å / Num. obs: 68598 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.51→1.53 Å / Num. unique obs: 1511 / CC1/2: 0.765

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.63 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.61
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1837 3096 4.71 %RANDOM
Rwork0.1527 ---
obs0.1541 65715 93.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 20 357 2604
拘束条件タイプ: f_angle_d / Dev ideal: 1.349 / 数: 3468
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.625 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 93 -
Rwork0.1899 1943 -
obs--64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9773-0.08370.34412.1068-0.46721.07090.0030.0696-0.2935-0.09210.0350.03270.17770.0342-0.03040.1108-0.03370.0233-0.0352-0.01580.263521.1831.133244.0501
21.8937-0.3528-0.01022.3983-0.1972.2099-0.04770.0284-0.31910.0607-0.0122-0.06780.2120.24150.03790.0947-0.0139-0.01770.0468-0.01170.140428.89782.627245.6973
31.90860.4191-1.38311.12980.23311.3214-0.07850.01050.0193-0.02530.0845-0.0727-0.09850.29480.01830.0796-0.0447-0.02460.09390.00840.084536.7511.152747.2158
40.64860.54430.29391.2660.37410.39150.0272-0.01240.0262-0.030.0219-0.1-0.14870.1053-0.03910.1817-0.1830.01520.0549-0.00760.120938.735619.840746.1891
55.56622.85995.49971.99022.6256.2360.1165-0.2489-0.05470.20160.01120.03660.0310.0452-0.1380.10240.0170.01350.0501-0.0180.089423.798114.286957.4538
60.93580.2773-0.07422.43990.14260.8347-0.0590.02990.0852-0.10130.0412-0.0089-0.13110.10040.00860.0656-0.02040.00040.05390.01050.085917.550626.962948.2401
73.0460.3180.27433.9790.15463.5372-0.051-0.05380.0863-0.0495-0.0130.1789-0.1392-0.15780.00770.02970.0037-00.0336-0.00820.059211.936726.768755.1746
82.74580.87920.66113.83640.80613.3039-0.1616-0.14490.43950.00170.0010.26-0.4839-0.24990.11120.12640.0223-0.03280.07410.00740.14447.323734.472144.2606
95.26451.4807-0.60024.19240.04782.1952-0.0089-0.4967-0.4610.2521-0.059-0.07540.3562-0.03410.0720.13560.00360.00790.22430.04830.090619.351117.416473.1425
102.74490.32730.15463.1405-0.10812.4093-0.07-0.2420.0696-0.0902-0.03520.0416-0.03270.01890.08430.0638-0.0042-0.00420.0822-0.02150.046218.153725.033564.8145
115.6716-3.33894.34863.611-4.04774.679-0.16730.06970.38690.2611-0.1088-0.2842-0.51880.52280.31150.1531-0.0389-0.01510.1732-0.04640.082124.956931.355571.4209
123.7679-0.46010.11428.7166-0.45085.0940.0208-0.3436-0.17220.27070.01620.48110.2657-0.3648-0.02330.0997-0.0120.01670.23160.04020.076513.982120.287175.7166
134.10120.9276-0.23232.3488-0.67275.25860.1027-0.51360.22910.473-0.0288-0.2859-0.44250.0011-0.06440.16090.001-0.0110.208-0.06050.109319.493232.036375.9488
146.60244.60765.85664.91542.00237.7526-0.03910.2474-0.3223-0.40110.0440.75560.2246-0.8492-0.02550.1874-0.019-0.03670.3585-0.1520.39167.360329.296367.4601
154.5121-2.3985-1.8086.39483.7335.2727-0.1303-0.0640.1080.7202-0.10590.17240.2878-0.36980.2160.15510.01160.02360.1512-0.04050.129110.589535.830573.025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'R' and (resid 111 through 132 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'R' and (resid 133 through 171 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'R' and (resid 172 through 224 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'R' and (resid 225 through 239 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'R' and (resid 240 through 250 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'R' and (resid 251 through 283 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'R' and (resid 284 through 305 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'R' and (resid 306 through 323 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 49 through 59 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 60 through 81 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 82 through 89 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 90 through 103 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 104 through 108 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 109 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 119 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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