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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ovl | ||||||
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タイトル | 2.1 Angstrom structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with glyoxylate and NADP | ||||||
要素 | Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 2.1 Angstrom structure of wild type Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase A from Escherichia Coli in complex with glyoxylate and NADP 著者: Vuksanovic, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ovl.cif.gz | 211.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ovl.ent.gz | 170.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ovl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ovl_validation.pdf.gz | 767.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ovl_full_validation.pdf.gz | 767.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ovl_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ovl_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36186.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W8T4J3, UniProt: P75913*PLUS, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase |
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-非ポリマー , 7種, 288分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NAP / | #5: 化合物 | ChemComp-GLV / | #6: 化合物 | ChemComp-K / | #7: 化合物 | ChemComp-NA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.4 M sodium phosphate monobasic/ potassium phosphate dibasic, 5 mM NADP, 100 mM sodium glyoxylate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→36.73 Å / Num. obs: 41974 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 27.6828559215 Å2 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / Num. unique obs: 3924 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KBO 解像度: 2.1→36.73 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -18.4953 Å / Origin y: 63.8768 Å / Origin z: -18.8906 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |