PDB-6ovk: Crystal Structure of the Pseudomonas capeferrum Anti-sigma Regula...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ovk

タイトル

Crystal Structure of the Pseudomonas capeferrum Anti-sigma Regulator PupR C-terminal Cell-surface Signaling Domain in Complex with the Outer Membrane Transporter PupB N-terminal Signaling Domain

要素

Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor
Siderophore-interacting protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / transcriptional regulation / periplasmic protein / iron transport regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

: / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas capeferrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.761 Å

データ登録者

Jensen, J.L. / Colbert, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of cell-surface signaling by a conserved sigma regulator in Gram-negative bacteria.
著者: Jensen, J.L. / Jernberg, B.D. / Sinha, S.C. / Colbert, C.L.

履歴

登録	2019年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ovk.cif.gz	140.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ovk.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ovk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ovk_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ovk_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	6ovk_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6ovk_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/6ovk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ovmSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ovm-d 6zgz-4 6zgy-4 6q8z-4 6zgv-4 6zgw-4 6zgx-3 3t0y-d 6q91-4 6q90-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

R: Siderophore-interacting protein

B: Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor

ヘテロ分子

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.385, 44.558, 141.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Siderophore-interacting protein / PupR protein 分子量: 24152.422 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Cell-surface Signaling Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas capeferrum (バクテリア) 遺伝子: PC358_08100, pupR / プラスミド: pMBP-Parallel-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A084CH09
#2: タンパク質	Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor 分子量: 8105.890 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Signaling Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas capeferrum (バクテリア) 遺伝子: PC358_08105, pupB / プラスミド: pGEXr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A084CH10
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150mM ammonium tartrate dibasic, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→44.558 Å / Num. obs: 27017 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.761→1.761 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 274 / CC_1/2: 0.966 / R_pim(I) all: 0.11 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OVM

6ovm

解像度: 1.761→42.487 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	1337	4.95 %
R_work	0.1599	-	-
obs	0.1624	27017	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.761→42.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2233	0	20	319	2572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	3313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.911	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	383
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7606-1.8235	0.2475	132	0.1828	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8235-1.8966	0.2175	125	0.1708	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8966-1.9829	0.2298	128	0.1616	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9829-2.0874	0.2247	134	0.1617	2299	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0874-2.2182	0.2157	135	0.1594	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2182-2.3894	0.2068	129	0.1685	2408	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3894-2.6299	0.2234	127	0.1758	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6299-3.0103	0.2553	130	0.1783	2458	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0103-3.7923	0.1978	149	0.1518	2597	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7923-42.4996	0.1718	148	0.1405	2790	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1253	-1.0886	1.0274	3.6484	-1.0306	1.9589	0.0488	0.2111	-0.42	-0.0835	-0.0599	0.0691	0.2075	0.1018	0.0301	0.131	-0.0105	0.0005	0.077	-0.031	0.1931	1.6089	-20.5847	-26.5202
2	2.2731	-0.273	-0.4768	1.1803	0.9126	1.666	-0.0838	-0.0531	-0.0142	0.0368	0.0249	-0.0419	-0.0088	0.2751	0.0546	0.1145	-0.0296	-0.0109	0.1115	0.0217	0.0921	13.241	-13.7733	-23.3616
3	2.42	1.1779	-0.5464	3.6703	0.1914	4.3502	0.1598	-0.0452	0.129	-0.1149	0.2806	-0.3008	-0.3842	0.2108	-0.2769	0.2125	-0.1111	-0.0024	0.1324	-0.0183	0.1925	16.4998	-2.5255	-23.7076
4	4.6825	1.3648	3.9639	0.8813	1.214	3.8956	0.164	-0.3448	-0.0945	0.2072	0.0167	0.0644	-0.1354	0.1212	-0.1483	0.169	-0.005	-0.003	0.0888	-0.0111	0.1089	2.0223	-8.0278	-13.1378
5	1.87	-0.1643	0.2255	2.2308	-0.2516	2.0651	-0.0222	0.1193	0.1115	-0.0938	0.0016	-0.0298	-0.1344	0.133	0.0259	0.1057	-0.0234	0.0083	0.0819	0.0151	0.0978	-4.2109	5.3513	-22.8644
6	1.8946	0.2012	1.0345	1.2106	0.3115	3.1956	-0.147	-0.0251	0.1912	-0.0703	0.0778	0.1205	-0.4583	-0.2821	0.0208	0.1277	0.014	-0.0048	0.0996	-0.0066	0.1135	-12.2176	8.2678	-21.0507
7	8.741	3.308	-0.7566	5.0849	0.3799	3.2397	0.0153	-0.5982	-0.529	0.1213	-0.0475	0.2682	0.5838	-0.179	0.0053	0.1951	-0.0114	-0.0133	0.3598	0.0869	0.2029	-3.3593	-4.9067	2.3907
8	3.7656	0.1681	0.2745	1.9372	0.3024	2.7083	-0.0588	-0.4681	-0.0758	-0.1237	-0.0038	0.0864	0.1512	-0.0955	0.0923	0.0931	0.0046	0.0082	0.133	-0.0153	0.0672	-3.9405	1.1534	-5.733
9	2.5657	-1.7722	3.478	3.9703	-2.8389	6.2658	-0.2294	-0.3547	0.4513	0.0626	-0.0961	0.0358	-0.3247	0.5832	0.2273	0.1724	-0.0574	-0.0292	0.2861	-0.0771	0.169	1.9068	10.2454	-1.36
10	3.977	0.4309	0.7003	6.6549	0.8245	3.3621	0.0831	-0.5354	-0.2227	0.355	-0.02	0.3284	0.2309	-0.338	-0.0378	0.1809	-0.0192	0.0288	0.3439	0.0561	0.1375	-7.7666	-2.0813	5.0013
11	4.9925	0.0527	-0.1219	4.3978	-0.5404	7.91	0.1652	-0.2382	0.0128	-0.0098	-0.2619	0.5859	-0.0943	-0.173	0.1284	0.1697	-0.0128	0.0159	0.2151	-0.0751	0.1853	-7.6179	9.1067	2.2321
12	2.9715	-1.7644	-1.6542	1.0469	0.9824	0.9205	-0.087	0.6	-0.3133	-0.3691	-0.055	0.4725	-0.2153	-0.8379	0.1845	0.3098	-0.0399	-0.0843	0.5585	-0.1166	0.6284	-18.4464	4.4107	-7.7709
13	1.6894	-0.747	-0.2018	4.852	1.6838	4.1321	-0.2772	-0.1921	-0.0378	0.3689	-0.1062	0.387	-0.0731	-0.4085	0.4344	0.1538	0.0217	0.0014	0.2711	-0.0822	0.2274	-10.9282	12.9078	1.8331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'R' and (resid 111 through 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'R' and (resid 150 through 224 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'R' and (resid 225 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'R' and (resid 240 through 250 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'R' and (resid 251 through 283 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'R' and (resid 284 through 323 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 48 through 59 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 60 through 78 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 79 through 89 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 90 through 103 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 104 through 113 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 114 through 118 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 119 through 128 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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