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- PDB-6ov6: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE C24 PROTEIN FROM THE ANTARCTIC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ov6
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE C24 PROTEIN FROM THE ANTARCTIC MICROORGANISM BIZIONIA ARGENTINENSIS
要素C24 PROTEIN
キーワードUNKNOWN FUNCTION / FIBER / VIRAL ORIGIN
機能・相同性metal ion binding / : / Tail fiber protein
機能・相同性情報
生物種Bizionia argentinensis JUB59 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Klinke, S. / Rinaldi, J. / Guimaraes, B.G. / Pellizza, L. / Aran, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure of the putative long tail fiber receptor-binding tip of a novel temperate bacteriophage from the Antarctic bacterium Bizionia argentinensis JUB59.
著者: Pellizza, L. / Lopez, J.L. / Vazquez, S. / Sycz, G. / Guimaraes, B.G. / Rinaldi, J. / Goldbaum, F.A. / Aran, M. / Mac Cormack, W.P. / Klinke, S.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C24 PROTEIN
B: C24 PROTEIN
C: C24 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2444
ポリマ－89,1893
非ポリマー551
水10,809600
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28710 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area31650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.130, 65.250, 239.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 C24 PROTEIN


分子量: 29729.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bizionia argentinensis JUB59 (バクテリア)
遺伝子: BZARG_797 / プラスミド: PDEST-527 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G2EBB4
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 % / 解説: Rhomboidal-shaped crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 8000, 0.1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M AMMONIUM SULFATE
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.98011
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 121.89202
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2012年11月17日KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2012年11月21日KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980111
21.892021
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 87380 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6246 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
BUSTER2.10.0精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→44.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 4365 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 87375 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7417 Å20 Å20 Å2
2---5.9411 Å20 Å2
3---2.1994 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→44.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5532 0 1 600 6133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015634HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.17647HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1880SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes841HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5634HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion755SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6953SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 313 5.01 %
Rwork0.2292 5933 -
all0.2299 6246 -
obs--97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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