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万見
- PDB-6oty: Crystallographic Structure of (HbII-HbIII)-O2 from Lucina pectina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oty
タイトルCrystallographic Structure of (HbII-HbIII)-O2 from Lucina pectinata at pH 4.0
要素
  • Hemoglobin II
  • Hemoglobin III
キーワードOXYGEN TRANSPORT / hemeprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin-2 / Hemoglobin-3 / Hemoglobin II
類似検索 - 構成要素
生物種Phacoides pectinatus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Marchany-Rivera, D. / Smith, C.A. / Rodriguez-Perez, J.D. / Lopez-Garriga, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2020
タイトル: Lucina pectinata oxyhemoglobin (II-III) heterodimer pH susceptibility.
著者: Marchany-Rivera, D. / Smith, C.A. / Rodriguez-Perez, J.D. / Lopez-Garriga, J.
履歴
登録2019年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8314
ポリマ－34,5982
非ポリマー1,2332
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.429, 74.429, 152.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin II


分子量: 17146.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phacoides pectinatus (無脊椎動物)
発現宿主: Phacoides pectinatus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q86G74, UniProt: P41261*PLUS
#2: タンパク質 Hemoglobin III / Hemoglobin-3 / Hb III


分子量: 17450.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phacoides pectinatus (無脊椎動物)
発現宿主: Phacoides pectinatus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P41262
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 4 / 詳細: Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→50 Å / Num. obs: 13907 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.598→2.64 Å / Num. unique obs: 784334

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PT8

3pt8


解像度: 2.598→33.862 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 673 4.89 %
Rwork0.1807 --
obs0.1835 13773 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.34 Å2 / Biso mean: 77.7341 Å2 / Biso min: 36.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.598→33.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 86 32 2512
Biso mean--72.14 73.49 -
残基数----303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5977-2.79810.35241340.29492510264498
2.7981-3.07960.28661230.243425912714100
3.0796-3.52480.31260.213925982724100
3.5248-4.43930.21621350.160426222757100
4.4393-33.86470.20151550.15462779293499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2556 Å / Origin y: -27.4411 Å / Origin z: -24.6733 Å
111213212223313233
T0.4645 Å20.0271 Å20.0456 Å2-0.4712 Å20.0784 Å2--0.4346 Å2
L1.3359 °2-0.7366 °20.2994 °2-3.5839 °20.5358 °2--3.0995 °2
S0.0275 Å °-0.0237 Å °0.0774 Å °-0.1298 Å °0.1556 Å °0.3383 Å °-0.3369 Å °-0.3684 Å °-0.171 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1allA500 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allB501 - 152
4X-RAY DIFFRACTION1allB500
5X-RAY DIFFRACTION1allW3 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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