[日本語] English
万見
- PDB-6otj: Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonor... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6otj
タイトルCrystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae with bound L-Tyr
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / aminoacylation / tRNA binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Tyrosyl-tRNA synthetase from Neisseria gonorrhoeae with bound L-Tyr
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,79552
ポリマ－96,5352
非ポリマー4,26050
水93752
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,64028
ポリマ－48,2681
非ポリマー2,37327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,15424
ポリマ－48,2681
非ポリマー1,88723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.730, 121.730, 301.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 48267.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌)
株: NCCP11945 / 遺伝子: tyrS, NGK_0091 / プラスミド: NegoA.01032.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4RP13, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ...詳細: NegoA.01032.a.B1.PW37921 at 26 mg/ml was incubated with 4 mM L-Tyr, then was mixed 1:1 with NegoTyrRSv1(d3): 270 mM HEPES free acid/ NaOH, pH = 7.6, 1700 mM ammonium sulfate, cryo: 20% ethylene glycol. Tray: 301932d3, puck: nky3-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47.879 Å / Num. obs: 52573 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.183 % / Biso Wilson estimate: 63.489 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 15.99 / Num. measured all: 219900 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.85-2.924.1690.5812.4116340393039190.8850.66999.7
2.92-34.1680.492.8515785380037870.9120.56399.7
3-3.094.1610.3853.5515401370937010.9330.44399.8
3.09-3.194.1630.3054.5815109364036290.9510.35199.7
3.19-3.294.1430.2086.2314514351735030.9770.23999.6
3.29-3.414.1580.1667.7213974337533610.9850.1999.6
3.41-3.534.1640.1299.5713588328232630.9920.14799.4
3.53-3.684.1530.09512.5513069318631470.9950.10898.8
3.68-3.844.1910.08114.9912530303029900.9950.09398.7
3.84-4.034.1750.06817.7811883290828460.9970.07797.9
4.03-4.254.2020.0522.0511446278627240.9980.05797.8
4.25-4.514.1810.0426.3910815265825870.9990.04697.3
4.51-4.824.2040.0428.3610059247623930.9990.04596.6
4.82-5.24.2290.0428.639430232922300.9980.04595.7
5.2-5.74.2510.03929.328673215720400.9980.04494.6
5.7-6.374.2610.03631.037875197718480.9990.04193.5
6.37-7.364.30.03135.696858173815950.9990.03691.8
7.36-9.014.2940.02443.865849151313620.9990.02790
9.01-12.754.1880.02250.724423119710560.9990.02588.2
12.75-47.8793.850.02249.7322797275920.9990.02681.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OUD

4oud


解像度: 2.85→47.879 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1946 3.71 %RANDOM, 0
Rwork0.1962 ---
obs0.1973 52488 97.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 203.93 Å2 / Biso mean: 78.9373 Å2 / Biso min: 22.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→47.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6489 0 245 54 6788
Biso mean--128.63 59.31 -
残基数----858
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-2.92130.39181320.35943617374999
2.9213-3.00030.3721410.32553589373099
3.0003-3.08850.29821240.295236443768100
3.0885-3.18820.29051350.268936623797100
3.1882-3.30210.27351490.25633627377699
3.3021-3.43430.27941590.24373616377599
3.4343-3.59060.26251410.23213644378599
3.5906-3.77980.22751300.19123625375599
3.7798-4.01650.22151520.17633608376098
4.0165-4.32640.18841360.15023627376398
4.3264-4.76140.16671460.13753588373497
4.7614-5.44960.17791250.16133592371795
5.4496-6.86270.23251330.18743558369193
6.8627-47.88560.19251430.17583545368889
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6708-0.91510.0870.4573-0.253.5305-0.2638-0.07190.0361-0.12170.0017-0.07180.20110.35860.23270.57660.06450.05230.22780.04050.444-45.6691-23.3128-12.7618
21.8213-0.24990.40390.0981-0.3363.6224-0.2702-0.06840.00510.08560.0498-0.04830.1678-0.02280.18310.61650.01740.06660.21490.02760.446-53.1372-22.1272-24.0596
31.69090.49430.2691.2529-1.04044.6197-0.3234-0.0662-0.157-0.1481-0.007-0.1430.65560.33510.33060.53980.07230.05350.22960.03150.4389-48.4248-27.3921-13.6988
43.3704-0.7574-0.25281.19590.44031.4494-0.1837-0.6602-0.03420.24660.117-0.01270.3076-0.15460.04160.6110.18080.02130.4374-0.00240.4427-53.9604-24.620611.6131
54.26873.7359-4.10823.9407-2.33796.307-0.5373-0.1311-1.24640.1337-0.20960.41631.0301-0.55580.75491.0507-0.21940.26110.8481-0.01541.142-83.5854-33.274521.9065
67.20291.4525-2.24881.7572-0.21133.44310.0067-0.636-0.9692-0.2511-0.5315-0.01280.6504-0.06480.36830.6720.04020.16830.7348-0.01850.5937-78.8198-24.69324.4298
75.15465.85261.9998221.99980.61610.13020.15560.23-0.1591-0.0897-1.0816-0.11-0.33620.48620.10480.00660.6296-0.57341.4469-52.3372-23.873-18.5117
82.4616-0.65410.21321.04970.04463.91990.05520.3110.3395-0.3486-0.23360.0879-0.9197-0.53040.13550.58950.209-0.0210.7031-0.01150.4053-87.60668.324517.6882
91.3288-0.51370.27230.5855-0.71544.5343-0.04780.08780.0488-0.0344-0.09630.1474-0.7889-0.95750.15780.45560.1779-0.01840.7579-0.06640.43-92.66013.344227.6173
100.9087-0.2786-0.73531.80970.53530.96120.22920.6297-0.1192-0.8062-0.31140.2477-0.6397-0.97580.04720.84330.3669-0.03711.2345-0.03350.5115-91.0448-1.1533-6.2326
111.44871.33843.27258.28215.86058.7879-0.57730.529-0.5598-0.3475-0.13160.70982.3142-1.19630.52131.3002-0.51550.31971.172-0.16960.7462-87.7102-32.5263-14.6583
122.75921.91912.39519.4893.82815.0659-0.22880.3713-0.6781-0.6380.05920.27430.1125-0.80970.30060.7417-0.10480.17581.1393-0.20070.5822-82.0282-24.7606-18.016
131.99992.00012.000121.99991.9999-0.66074.25771.5955-0.22410.6092.7967-0.23863.57910.06260.49080.15180.13951.21230.40771.332-88.86752.813923.582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 90 )A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 186 )A91 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 187 through 248 )A187 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 249 through 349 )A249 - 349
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 350 through 376 )A350 - 376
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 377 through 431 )A377 - 431
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 501 through 501 )A501
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -3 through 128 )B-3 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 129 through 248 )B129 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 249 through 349 )B249 - 349
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 350 through 376 )B350 - 376
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 377 through 431 )B377 - 431
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 501 through 501 )B501

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る