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- PDB-6ote: Crystal Structure of Seryl-tRNA synthetase (SerRS) from Cryptospo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ote
タイトルCrystal Structure of Seryl-tRNA synthetase (SerRS) from Cryptosporidium parvum complexed with L-Serylsulfamoyl Adenosine
要素Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / SSGCID / tRNA binding / ATP binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Seryl-tRNA synthetase (SerRS) from Cryptosporidium parvum complexed with L-Serylsulfamoyl Adenosine
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0853
ポリマ－65,6281
非ポリマー4582
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,1706
ポリマ－131,2552
非ポリマー9154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area34280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.210, 92.210, 257.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic


分子量: 65627.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd8_4720 / プラスミド: CrpaA.01238.a.HZ1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5CVB3
#2: 化合物 ChemComp-SSA / 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(L-セリルスルファモイル)アデノシン


分子量: 433.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N7O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CrpaA.01238.a.HZ1.PW38382 at 34.26 mg/ml was incubated with 3 mM Ser-AMS, then was mixed 1:1 with Wiz3/4(c4): 70% (v/v) MPD, 0.1 M HEPES / NaOH, pH = 7.5. Tray: 297963c4, puck: wuq4-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月2日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→44.92 Å / Num. obs: 12140 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.246 % / Biso Wilson estimate: 67.553 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 17.83 / Num. measured all: 112243
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.039.7370.5593.9584528688680.9040.59100
3.03-3.119.6790.4574.8383638648640.9220.484100
3.11-3.29.6440.3396.5880538358350.9610.359100
3.2-3.39.530.2728.2377678158150.9720.288100
3.3-3.419.4780.21610.0874027817810.9830.228100
3.41-3.539.3560.16412.571487647640.9910.173100
3.53-3.669.1970.13914.7167237317310.9930.147100
3.66-3.819.0910.10618.1964737127120.9950.112100
3.81-3.989.0470.09420.0962066866860.9970.099100
3.98-4.179.0740.08122.559716596580.9970.08699.8
4.17-4.48.9910.0712556916336330.9980.075100
4.4-4.669.1180.06428.1453255855840.9980.06799.8
4.66-4.999.1350.06629.0751435645630.9970.0799.8
4.99-5.399.0820.06428.147505245230.9970.06799.8
5.39-5.99.2170.06227.1845074904890.9970.06599.8
5.9-6.69.1630.05528.4741514544530.9980.05899.8
6.6-7.629.1290.04729.8936063963950.9990.0599.7
7.62-9.338.7710.04131.9130263473450.9990.04399.4
9.33-13.198.3490.03134.5123212802780.9990.03399.3
13.19-44.927.1470.02930.611651711630.9990.03295.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QNE

3qne


解像度: 2.95→44.92 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 718 6.1 %
Rwork0.2085 11048 -
obs0.2112 11766 96.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.42 Å2 / Biso mean: 73.2247 Å2 / Biso min: 27.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→44.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3018 0 30 11 3059
Biso mean--47.48 59.04 -
残基数----409
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9502-3.17790.34411350.25422065220093
3.1779-3.49760.25341250.21672151227696
3.4976-4.00350.24161620.19982190235298
4.0035-5.04290.23151320.18092263239599
5.0429-44.92520.25381640.22342379254399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0356-2.5412.18287.5794-5.05554.11790.12160.14150.07770.43380.33120.7546-0.2652-0.3303-0.51090.5022-0.02280.00810.57070.01590.673935.5934-9.517648.3542
22.6827-0.5124-0.03661.9380.05951.5640.08020.33630.2656-0.2802-0.225-0.2709-0.27440.20710.15950.5140.0125-0.01320.46950.10290.38989.97410.085122.208
34.5144-1.68290.91223.87310.90093.7354-0.2083-0.4336-0.59040.68740.0801-0.3409-0.23150.35480.17150.61360.0553-0.10680.49010.1170.52147.8713-0.723140.9095
42.8088-0.49870.10512.75860.09012.14220.00290.40560.1946-0.17-0.2269-0.3812-0.21750.39750.15920.4060.01540.02050.49130.09890.387815.61755.790820.5673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 110 )A3 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 218 )A111 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 250 )A219 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 251 through 446 )A251 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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