PDB-6osx: Crystal structure of uncharacterized protein ECL_02694

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6osx

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein ECL_02694

要素

Protein YmbA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / CSGID / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

: / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Membrane integrity-associated transporter subunit PqiC

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein ECL_02694
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6osx.cif.gz	80.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6osx.ent.gz	59.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6osx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6osx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6osx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4icx-3 4tyl-d 2iqi-4 3zc4-4 4qsr-d 6w5b-d 4icx-2 6hia-d 6eel-1 4gr7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP10166

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein YmbA

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.219, 61.219, 84.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Protein YmbA / A0A0H3CK21 分子量: 18636.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: ymbA, NCTC10005_05664 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M7FD65
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.8M Lithium sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 4% PEG200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 26979 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.866 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 114305

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	1.8	0.342	530	0.756	0.273	0.44	1.031	33
1.48-1.5	1.9	0.249	573	0.887	0.196	0.319	0.866	36.8
1.5-1.53	2	0.228	691	0.905	0.176	0.289	0.936	43.4
1.53-1.56	2	0.225	820	0.915	0.169	0.283	0.923	50.8
1.56-1.6	2.2	0.213	977	0.908	0.153	0.264	0.965	62
1.6-1.63	2.6	0.224	1235	0.935	0.144	0.268	0.866	76.6
1.63-1.67	3.1	0.246	1437	0.908	0.148	0.289	0.899	91.1
1.67-1.72	3.7	0.243	1545	0.932	0.138	0.281	0.93	97.4
1.72-1.77	4.3	0.23	1595	0.942	0.123	0.262	0.939	99.5
1.77-1.83	4.5	0.185	1578	0.968	0.096	0.209	0.992	99.4
1.83-1.89	4.4	0.15	1591	0.977	0.079	0.171	0.95	99.1
1.89-1.97	5	0.112	1597	0.986	0.055	0.125	0.92	99.9
1.97-2.06	5	0.089	1585	0.991	0.044	0.099	0.941	99.9
2.06-2.17	5.1	0.072	1584	0.994	0.035	0.08	0.889	99.5
2.17-2.3	5	0.059	1591	0.993	0.029	0.066	0.81	99.8
2.3-2.48	4.9	0.054	1598	0.994	0.027	0.06	0.804	99.4
2.48-2.73	5.3	0.047	1603	0.996	0.022	0.053	0.713	100
2.73-3.12	5.2	0.042	1601	0.996	0.02	0.046	0.754	99.7
3.12-3.94	4.9	0.038	1599	0.996	0.019	0.043	0.824	99.6
3.94-50	5	0.038	1649	0.996	0.019	0.043	0.816	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: SAD data set

解像度: 1.45→44.915 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	1351	5.19 %
R_work	0.1451	24661	-
obs	0.1469	26012	81.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.85 Å² / B_iso mean: 19.9869 Å² / B_iso min: 5.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→44.915 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1207	0	16	97	1320
B_iso mean	-	-	30.77	32.54	-
残基数	-	-	-	-	153

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4498-1.5016	0.3186	47	0.1856	810	857	27
1.5016-1.5617	0.2323	82	0.1659	1233	1315	41
1.5617-1.6328	0.2183	106	0.1604	1781	1887	60
1.6328-1.7189	0.2012	154	0.1459	2724	2878	91
1.7189-1.8266	0.2192	170	0.1304	2987	3157	99
1.8266-1.9676	0.1752	187	0.1242	2990	3177	99
1.9676-2.1656	0.177	140	0.1157	3017	3157	100
2.1656-2.479	0.1541	166	0.1298	3007	3173	100
2.479-3.1232	0.1945	149	0.1642	3037	3186	100
3.1232-44.9362	0.1656	150	0.1576	3075	3225	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3817	-0.1108	0.1267	0.2673	0.3736	0.3858	0.0332	-0.137	0.0133	0.3378	-0.1092	-0.2041	0.3235	-0.1272	-0.0472	0.1349	-0.0124	-0.0419	0.0719	0.0002	0.1057	23.2992	32.2909	22.0896
2	0.1243	-0.1487	0.1616	0.0498	-0.0427	0.1506	0.0211	0.1624	0.0328	-0.0685	0.0082	-0.074	-0.0643	0.0579	0	0.0967	-0.0054	-0.0037	0.1048	0.0017	0.1282	20.7317	31.3542	6.8866
3	0.3078	-0.0711	-0.0332	0.2002	-0	0.7865	-0.0391	0.0357	0.0024	0.0834	0.0384	-0.0304	0.0531	0.0135	0.0063	0.042	-0.0123	-0.0046	0.0701	-0.0043	0.0678	17.7891	33.3889	14.2849
4	0.044	-0.0092	0.0296	0.0394	-0.0326	0.139	0.2737	0.4258	-0.0379	-0.1917	-0.2961	-0.186	-0.0606	0.199	-0.0195	0.137	0.0637	-0.0236	0.2123	-0.1203	0.1793	25.9629	16.9898	0.2571
5	0.0126	-0.158	0.0164	0.2406	-0.3046	0.191	0.051	0.1049	-0.0998	-0.0247	-0.0795	0.1916	-0.0354	-0.031	0.0793	0.0725	0.0253	-0.0024	0.0984	-0.0383	0.0924	11.6288	32.0557	8.2416
6	0.19	-0.0926	0.0472	0.2992	-0.1159	0.3998	0	0.0171	-0.123	0.3198	-0.1268	0.2101	0.4661	-0.2473	0.0085	0.1072	0.0175	0.0265	0.158	-0.0739	0.1029	8.1912	30.5499	11.7562
7	0.2175	0.0458	-0.2376	0.1593	-0.189	0.2469	-0.0915	-0.0622	-0.1709	0.1061	-0.0593	0.0751	0.1727	-0.1184	-0.0148	0.1031	-0.0212	0.0365	0.0886	-0.0097	0.138	11.37	27.356	16.3524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 43 )	A	25 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 86 )	A	44 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 94 )	A	87 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 122 )	A	95 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 141 )	A	123 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 165 )	A	142 - 165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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