PDB-6orh: Crystal structure of SpGH29

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6orh

タイトル

Crystal structure of SpGH29

要素

Glycoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Pluvinage, B. / Boraston, A.B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Two complementary alpha-fucosidases fromStreptococcus pneumoniaepromote complete degradation of host-derived carbohydrate antigens.
著者: Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Robb, M. / Smith, S.P. / Boraston, A.B.

履歴

登録	2019年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年9月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6orh.cif.gz	223 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6orh.ent.gz	174.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6orh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6orh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/6orh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6or4C 6orfC 6orgC 3eypS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6orf-d 3i5j-d 3q3o-d 1xc6-d 3q14-d 1tg7-d 5juv-d 2xrg-d 3nkq-d 2wyn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase

B: Glycoside hydrolase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.828, 98.429, 79.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase

分子量: 50961.961 Da / 分子数: 2 / 変異: D171N, E215Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_2146 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2US78

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2- ... / Lewis Y antigen / alpha anomer

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 675.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis Y antigen, alpha anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-2/a3-b1_a4-c1_c2-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 21 % PEG 4000, 0.22 M NaOAc, 1 mM DTT and 0.1 M Tris.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→27.84 Å / Num. obs: 131486 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 19408 / CC_1/2: 0.882 / R_pim(I) all: 0.183 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EYP

3eyp

解像度: 1.62→27.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 1.784 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2049	6557	5 %	RANDOM
R_work	0.1698	-	-	-
obs	0.1715	124903	97.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.14 Å² / B_iso mean: 21.902 Å² / B_iso min: 8.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→27.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7156	0	148	1032	8336
B_iso mean	-	-	26.37	31.16	-
残基数	-	-	-	-	898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.654	10501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.155	5	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.563	22.974	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.489	15	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.915	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6058

LS精密化シェル

解像度: 1.619→1.661 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	476	-
R_work	0.238	9367	-
all	-	9843	-
obs	-	-	98.54 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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