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万見
- PDB-6oqj: SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH1/AA] AND PLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oqj
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MUTANT VEK50[RH1/AA] AND PLASMINOGEN KRINGLE 2
要素
  • Plasminogen kringle 2
  • Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
キーワードPROTEIN BINDING / PLASMINOGEN BINDING PROTEIN / BLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / plasminogen activation / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains ...Plasminogen ligand, VEK-30 / Plasminogen (Pg) ligand in fibrinolytic pathway / : / Streptococcal M proteins D repeats region profile. / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Peptidase S1A, plasmin / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / YSIRK Gram-positive signal peptide / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen / Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yuan, Y. / Castellino, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HL013423 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Solution structural model of the complex of the binding regions of human plasminogen with its M-protein receptor from Streptococcus pyogenes.
著者: Yuan, Y. / Ayinuola, Y.A. / Singh, D. / Ayinuola, O. / Mayfield, J.A. / Quek, A. / Whisstock, J.C. / Law, R.H.P. / Lee, S.W. / Ploplis, V.A. / Castellino, F.J.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen kringle 2
B: Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1872
ポリマ－16,1872
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1230 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10130 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen kringle 2


分子量: 10166.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPIC9K / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P00747*PLUS
#2: タンパク質 Plasminogen-binding group A streptococcal M-like protein PAM


分子量: 6020.606 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 85-134 / Mutation: R19A, H20A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AP53
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: pam, emm / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49054

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
132isotropic13D CBCA(CO)NH
142isotropic13D C(CO)NH
152isotropic13D HNCO
162isotropic13D HN(CA)CB
172isotropic13D HNCA
181isotropic13D C(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] plasminogen kringle 2, 1.0 mM VEK50[RH1/AA], 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample 190% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VEK50[RH1/AA], 1 mM plasminogen kringle 2, 20 mM [U-2H] Bis-Tris-d19, 2 ug/mL DSS, 2 ug/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample 290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMplasminogen kringle 2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.0 mMVEK50[RH1/AA]natural abundance1
20 mMBis-Tris-d19[U-2H]1
2 ug/mLDSSnatural abundance1
2 ug/mLsodium azidenatural abundance1
1 mMVEK50[RH1/AA][U-99% 13C; U-99% 15N]2
1 mMplasminogen kringle 2natural abundance2
20 mMBis-Tris-d19[U-2H]2
2 ug/mLDSSnatural abundance2
2 ug/mLsodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
HADDOCKBonvin精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing5
simulated annealing6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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