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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oqh | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of a quiet outer membrane protein G Nanopore (OmpG mutant: Delta-L6-D215) | ||||||
![]() | Outer membrane protein G | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein b-barrel Solution NMR | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbohydrate transmembrane transport / oligosaccharide transporting porin activity / maltose transporting porin activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Sanganna Gari, R.R. / Seelheim, P. / Liang, B. / Tamm, L.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Quiet Outer Membrane Protein G (OmpG) Nanopore for Biosensing. 著者: Sanganna Gari, R.R. / Seelheim, P. / Liang, B. / Tamm, L.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 829.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 693.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 516 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31502.029 Da / 分子数: 1 / 変異: L6 deletion, D215 deletion / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: ompG, b1319, JW1312 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: micelle 内容: 1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] OmpG delta-L6-D215 mutant, 200 mM DPC, 25 mM Bis-Tris, 50 mM sodium chloride, 0.05 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O Label: DCN_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |