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- PDB-6opm: Casposase bound to integration product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6opm
タイトルCasposase bound to integration product
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1
  • DNA 21-mer
  • unknown
キーワードHYDROLASE/DNA / Transposition / casposase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dyda, F. / Hickman, A.B. / Kailasan, S.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Casposase structure and the mechanistic link between DNA transposition and spacer acquisition by CRISPR-Cas.
著者: Hickman, A.B. / Kailasan, S. / Genzor, P. / Haase, A.D. / Dyda, F.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: DNA 21-mer
F: DNA 21-mer
H: unknown
J: unknown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,10114
ポリマ－214,8618
非ポリマー2406
水64936
1
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: DNA 21-mer
F: DNA 21-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,85312
ポリマ－212,6126
非ポリマー2406
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20040 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area64520 Å2
手法PISA
2
H: unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1241
ポリマ－1,1241
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1160 Å2
手法PISA
3
J: unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1241
ポリマ－1,1241
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.390, 106.390, 423.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1 / casposase


分子量: 49961.492 Da / 分子数: 4 / 変異: C184S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
遺伝子: cas1, DU30_01425, DU33_00735, DU42_16395, DU43_06520, DU45_00060, DU52_05410, DU56_00015, DU57_15540, DU59_17660, DU64_01200, DU66_03140, DU67_00910, DU68_00045, DU71_17290, DU72_02185, DU87_01695
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F8IEL4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA 21-mer


分子量: 6383.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Methanosarcina mazei (古細菌)
#3: タンパク質・ペプチド unknown


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.15-0.185 M calcium acetate, 84 mM sodium acetate, pH 3.8-4.4, 7.5-9.0% PEG8000, 0.5 M potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9792966, 0.9791605,0.9680223
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 45362 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.54 % / Biso Wilson estimate: 106.13 Å2 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Num. unique obs: 3309

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.406
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1135 2.5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 45362 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 142.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.9925 Å20 Å20 Å2
2---20.9925 Å20 Å2
3---41.985 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11442 846 6 36 12330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112620HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1717170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4416SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1982HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12620HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1642SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14801SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.12 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 -2.53 %
Rwork0.2551 885 -
all0.256 908 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5226-0.9437-0.63521.24830.19982.65960.24320.6343-0.0163-0.14990.1289-0.33550.47591.0885-0.3721-0.15950.2609-0.08450.5982-0.2104-0.416165.0905-6.257412.2317
21.6189-0.26970.34691.26520.43194.31840.17350.40920.1053-0.21050.10840.4119-0.3627-0.7669-0.2819-0.10150.1334-0.0654-0.03070.1832-0.121230.00116.551328.378
31.69970.38850.4592.45910.2933.66990.3622-0.24660.25360.5141-0.1580.0421-0.91270.5195-0.20420.3649-0.29190.1273-0.17710.0322-0.356752.432310.514272.4259
41.24650.5835-0.60391.9823-0.66323.22110.1478-0.2323-0.4445-0.0477-0.1143-0.09681.08850.6195-0.03340.340.2494-0.2097-0.30180.0923-0.16951.9914-26.483655.7602
53.1865-0.4838-0.24.64680.20437.06210.2080.1092-0.15920.1579-0.05650.16760.25280.1287-0.15150.17180.1792-0.0895-0.11560.0041-0.274949.2472-7.577645.314
63.1959-1.0884-0.53893.77470.44055.64090.04530.266-0.1725-0.12150.08020.08130.82440.4927-0.12540.09630.1828-0.0335-0.05020.0284-0.180146.6766-3.618938.8936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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