PDB-6oo1: Dehaloperoxidase B in complex with substrate o-cresol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oo1

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with substrate o-cresol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2019
タイトル: The multifunctional globin dehaloperoxidase strikes again: Simultaneous peroxidase and peroxygenase mechanisms in the oxidation of EPA pollutants.
著者: Malewschik, T. / de Serrano, V. / McGuire, A.H. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oo1.cif.gz	140.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oo1.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6oo1_validation.pdf.gz	516.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oo1_full_validation.pdf.gz	521 KB	表示
XML形式データ	6oo1_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	6oo1_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/6oo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/6oo1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ongC 6onkC 6onrC 6onxC 6onzC 6oo6C 6oo8C 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vts-1 6ch5-1 3ppt-d 6e6m-3 6ay1-8 4hr2-1 1wsb-d 1j8q-d 6vdt-1 6vdw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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グロビンの進化 (Globin Evolution)
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ヘモグロビン (Hemoglobin)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.273, 67.690, 67.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 232分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-JZ0 / o-cresol / ortho-cresol,2-methylphenol / o-クレゾ-ル分子量: 108.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulphate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→37.26 Å / Num. obs: 34115 / % possible obs: 98.44 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 1.076 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.643 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 2202 / CC_1/2: 0.721 / R_pim(I) all: 0.36 / R_rim(I) all: 0.594 / Χ²: 1.077 / % possible all: 85.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ixf

3ixf

解像度: 1.602→37.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.624 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	1840	5.118 %
R_work	0.171	-	-
all	0.172	-	-
obs	-	35955	98.445 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.346 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.692 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.654 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→37.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	156	215	2513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.707	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.502	1.62	5929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.45	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.215	23.553	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.331	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.477	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.455	0.885	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.453	0.884	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.792	1.328	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.792	1.329	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.782	1.072	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.762	1.067	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.144	1.566	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.126	1.557	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.204	11.904	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.17	11.628	3547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.602-1.643	0.256	108	0.248	2202	X-RAY DIFFRACTION	85.9695
1.643-1.688	0.246	134	0.229	2313	X-RAY DIFFRACTION	95.6607
1.688-1.737	0.224	127	0.212	2391	X-RAY DIFFRACTION	99.1729
1.737-1.79	0.222	114	0.196	2335	X-RAY DIFFRACTION	99.9592
1.79-1.849	0.229	127	0.182	2258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.849-1.914	0.218	84	0.169	2231	X-RAY DIFFRACTION	99.9568
1.914-1.986	0.18	110	0.158	2078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.986-2.067	0.212	102	0.155	2049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.067-2.159	0.155	131	0.145	1938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.159-2.264	0.198	108	0.143	1886	X-RAY DIFFRACTION	99.9499
2.264-2.386	0.161	95	0.149	1765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.53	0.165	96	0.143	1690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.704	0.182	104	0.161	1587	X-RAY DIFFRACTION	99.9409
2.704-2.92	0.206	57	0.17	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.198	0.258	75	0.175	1373	X-RAY DIFFRACTION	99.7932
3.198-3.573	0.195	83	0.174	1238	X-RAY DIFFRACTION	99.6981
3.573-4.122	0.173	62	0.154	1115	X-RAY DIFFRACTION	99.4088
4.122-5.039	0.179	46	0.165	965	X-RAY DIFFRACTION	98.9237
5.039-7.087	0.258	53	0.225	735	X-RAY DIFFRACTION	98.7469
7.087-37.26	0.179	24	0.212	448	X-RAY DIFFRACTION	95.935

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7669	-0.2294	0.1185	0.6144	-0.6578	0.729	-0.0369	0.0006	-0.0844	0.048	0.0471	0.0301	-0.0447	-0.0566	-0.0102	0.1099	-0.0008	-0.0018	0.0964	-0.0009	0.0972	-0.1141	-1.6544	-23.8842
2	2.1539	0.5314	1.4517	1.8351	1.0925	4.5904	-0.1341	0.0091	0.1747	0.0443	-0.057	-0.1314	0.1964	0.1878	0.1911	0.0778	0.0071	-0.0228	0.0893	0.0292	0.1269	16.4168	-4.3351	-15.2215
3	4.4801	0.5073	-0.1706	10.1164	-5.5553	3.0559	-0.0706	-0.122	0.2744	0.3464	-0.0167	-0.1235	-0.1827	-0.0021	0.0873	0.1641	-0.0286	-0.0286	0.0669	-0.0472	0.0876	11.3373	-1.025	-7.8268
4	1.5906	-1.1495	0.5792	3.1451	-0.4433	0.212	-0.182	-0.1001	0.0147	0.2733	0.1702	0.0604	-0.0619	-0.0396	0.0118	0.1642	0.0311	0.0328	0.0871	-0.0007	0.0578	2.586	-5.2609	-10.7326
5	1.2321	0.2633	-0.9044	0.8684	-0.8933	1.2707	0.0717	-0.0057	0.068	0.0688	0.0159	0.0392	-0.0889	-0.0098	-0.0876	0.1145	-0.0098	0.0071	0.0889	-0.0151	0.1046	2.3137	12.6441	-25.1167
6	0.2846	-0.5994	-0.7083	1.3913	0.9767	3.8243	-0.0731	-0.0045	0.0296	0.3358	0.0004	-0.1013	-0.5532	0.039	0.0727	0.3744	-0.1039	-0.0522	0.1005	-0.0158	0.0289	8.9811	13.2098	-12.2173
7	3.2859	0.8109	2.4425	7.4488	3.4232	2.9401	-0.1985	0.0891	0.0656	0.1278	0.1634	-0.1488	-0.0922	0.1751	0.0351	0.0576	-0.0252	-0.0561	0.1266	0.0759	0.145	15.6186	5.854	-18.919
8	2.9541	0.7873	1.8039	3.3965	2.2249	2.068	0.0602	0.2195	-0.0017	0.1171	-0.1039	0.0061	0.0845	0.0534	0.0437	0.1016	0.0057	0.0044	0.086	0.0167	0.138	8.1582	-3.3374	-27.7733
9	3.0824	3.2146	1.497	4.8045	1.8626	1.8679	0.0721	0.1049	-0.0759	0.0226	-0.0806	-0.2066	0.0404	0.0467	0.0086	0.0733	0.0024	0.0125	0.0856	-0.0021	0.1126	6.8462	3.2117	-32.1771
10	0.8414	-0.8748	2.022	6.4098	-0.5933	5.3212	-0.0482	-0.0281	0.0772	0.1971	-0.0623	-0.5471	-0.1744	-0.0639	0.1106	0.1653	-0.0742	-0.0618	0.0505	-0.0112	0.1776	14.8497	15.0249	-21.639
11	0.7179	0.4647	-0.2386	0.5649	-0.4224	0.3594	0.0102	-0.0763	0.0011	-0.0434	-0.0288	-0.0362	0.0302	-0.0112	0.0187	0.1186	-0.0156	0.01	0.1	0.0145	0.0965	-17.3405	6.8923	-15.0608
12	3.3503	-1.9938	1.4556	3.894	-0.5888	1.2793	-0.0958	0.2949	-0.155	0.1627	0.07	0.1424	0.0979	-0.0109	0.0257	0.1071	-0.0369	0.008	0.1149	-0.0284	0.069	-28.0611	-7.2131	-13.5443
13	9.8716	1.8233	-6.5887	2.1231	-0.4556	4.727	-0.0646	-0.5166	-0.5034	-0.0529	-0.3186	-0.0132	0.0437	0.272	0.3833	0.0989	0.0621	0.0215	0.1805	0.0855	0.0687	-18.1421	-6.7331	-6.0949
14	2.1202	-0.7603	-0.1449	4.2035	-3.1505	5.2475	-0.0094	0.0424	-0.0996	-0.0401	0.061	0.0979	0.203	-0.0187	-0.0516	0.0957	0.004	0.0201	0.0901	0.0245	0.1018	-15.3889	-3.5721	-17.6802
15	1.6097	-1.4809	1.4301	2.2219	-1.6468	1.4036	0.0408	0.0617	-0.0297	-0.1057	-0.053	-0.0182	0.055	0.0633	0.0122	0.1162	0.011	0.0139	0.0923	0.0214	0.0979	-17.3718	10.2285	-29.1551
16	0.3003	1.1359	0.4915	6.2129	1.1748	1.0569	0.1807	-0.0168	-0.1504	-0.1601	0.1638	-0.242	0.5458	-0.1229	-0.3444	0.4317	-0.0765	-0.2317	0.0732	0.0379	0.1548	-23.0964	1.4072	-32.5121
17	8.0235	-6.0832	-4.2788	9.4114	3.5232	3.3629	-0.0911	0.0787	-0.4288	0.0748	-0.1922	0.2445	0.1494	-0.1021	0.2833	0.1074	-0.062	-0.0488	0.0846	0.0178	0.0897	-28.5433	-3.2648	-26.2592
18	3.8807	3.8057	2.214	3.7459	2.2246	3.1984	0.0033	-0.0002	0.2224	-0.0006	0.0364	0.2039	0.1195	-0.138	-0.0398	0.1005	-0.011	0.0045	0.1385	0.0085	0.0829	-25.2845	9.9563	-15.503
19	3.3613	1.8869	2.8328	1.1379	1.2299	4.2502	0.0433	-0.0143	0.1704	0.0245	0.0098	0.1093	0.0249	-0.1311	-0.0531	0.0963	0.0053	0.0082	0.0953	0.0159	0.0964	-22.183	15.8944	-20.4292
20	0.0062	0.0145	0.1047	0.1821	1.2589	8.7524	0.0528	-0.0083	-0.0145	0.0537	-0.0327	-0.0031	0.4087	-0.408	-0.02	0.2407	-0.0578	-0.0961	0.1317	0.0162	0.0405	-30.4411	5.6055	-31.4966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	27 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	34 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	38 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	61 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	84 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	91 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	100 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	A	112 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	129 - 137
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	B	1 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	B	31 - 39
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	B	40 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	B	51 - 60
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	B	61 - 77
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	B	78 - 86
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	B	87 - 94
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	B	95 - 111
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	B	112 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	B	129 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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