PDB-6onz: Dehaloperoxidase B in complex with substtrate 4-nitro-cresol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6onz

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with substtrate 4-nitro-cresol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2019
タイトル: The multifunctional globin dehaloperoxidase strikes again: Simultaneous peroxidase and peroxygenase mechanisms in the oxidation of EPA pollutants.
著者: Malewschik, T. / de Serrano, V. / McGuire, A.H. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6onz.cif.gz	157.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6onz.ent.gz	126.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6onz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6onz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6onz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ongC 6onkC 6onrC 6onxC 6oo1C 6oo6C 6oo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dr9-2 6vd4-2 6vd4-1 6onk-1 4kmv-2 6ong-2 6onr-2 6vds-1 6vdr-1 3ok5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
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#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.600, 67.730, 67.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MYJ / 2-methyl-4-nitrophenol 分子量: 153.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulphate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→37.11 Å / Num. obs: 23857 / % possible obs: 97.78 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / CC_1/2: 0.916 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 3.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.847 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1665 / CC_1/2: 0.798 / R_pim(I) all: 0.294 / R_rim(I) all: 0.581 / Χ²: 0.61 / % possible all: 93.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→37.11 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	1281	5.1 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1833	25133	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2158	0	159	213	2530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	4098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.256	2663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8721	0.2614	136	0.2169	2532	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8721-1.9573	0.2705	141	0.2038	2538	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9573-2.0605	0.235	128	0.1897	2572	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0605-2.1896	0.2476	144	0.1849	2612	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1896-2.3586	0.2453	138	0.1835	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3586-2.5959	0.2152	147	0.1769	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.9714	0.2456	133	0.1717	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9714-3.7431	0.2066	147	0.1656	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7431-9	0.2263	167	0.1844	2819	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1799	0.8272	2.0561	1.2264	1.2708	1.9288	-0.1377	-0.1669	0.1206	-0.0303	-0.0453	0.1037	-0.1514	-0.1097	0.1655	0.1205	0.0018	0.0097	0.1229	0.0069	0.0957	-14.7939	-6.4996	19.1863
2	5.5262	2.3381	-1.3737	9.8553	-4.6968	6.3865	-0.1468	0.7468	0.5823	-0.1353	0.2025	-0.5298	-0.5029	0.4196	-0.0073	0.1659	-0.0402	-0.0133	0.2579	0.0219	0.2211	1.9124	3.081	20.3688
3	6.0291	-3.6983	-4.6218	3.2305	2.8745	3.7071	-0.0085	0.036	0.5089	-0.4523	0.0731	-0.5799	-0.9714	0.6139	-0.1472	0.4551	-0.141	-0.0926	0.3677	0.1536	0.4116	-3.9325	10.466	19.2075
4	1.5461	0.4913	2.3253	0.6959	2.1744	7.2481	-0.3459	-0.0429	0.4068	-0.2911	-0.0341	0.0329	-0.9063	-0.6389	0.3715	0.2928	0.0483	-0.0588	0.1988	0.0139	0.1876	-12.9032	5.7925	22.7783
5	2.1201	-0.5547	-0.8121	2.4005	0.8517	2.3562	-0.0206	0.1734	0.2474	-0.2111	0.0453	-0.1307	-0.0765	-0.0639	-0.0187	0.175	0.0266	0.0123	0.211	0.0367	0.1667	-12.4364	-8.2492	4.456
6	7.5654	-1.9361	1.2351	1.1715	1.1565	3.4148	-0.1703	-0.0708	0.6577	-0.88	0.1659	-0.6262	-0.7816	-0.178	-0.1577	0.5072	0.0078	0.1308	0.2298	0.1169	0.4338	-6.3376	5.9833	4.0255
7	7.2066	2.3783	-2.8848	5.0293	-2.4173	1.9275	0.0675	0.0138	0.3305	-0.0456	0.0363	-0.3486	-0.5897	0.9735	-0.0521	0.2819	-0.0852	0.0035	0.3106	-0.0621	0.2158	0.8975	-2.6814	11.6053
8	5.2304	1.3223	-0.5801	6.6201	-3.2799	6.8016	-0.0574	-0.4224	-0.3158	0.5274	0.1299	-0.3575	0.0403	0.1841	-0.0519	0.1582	0.0441	-0.0653	0.1755	-0.0013	0.1563	-6.3404	-11.8781	21.7601
9	6.1134	2.5371	-3.7425	4.9069	-2.9964	7.4546	0.0613	-0.0904	-0.1968	0.1602	-0.0411	-0.1241	0.0632	0.269	0.045	0.0931	0.0269	-0.0092	0.1401	-0.0148	0.1353	-7.6789	-15.7942	14.4283
10	5.3023	-2.595	1.0266	3.2216	2.0023	6.5029	0.0036	0.1103	0.4217	-0.116	-0.0243	-0.4439	-0.9215	1.1887	-0.0237	0.2648	-0.0771	0.0753	0.3854	0.0523	0.2494	0.853	-4.7185	1.7504
11	3.5673	-0.8238	-0.7207	2.5821	1.0113	1.6134	-0.0286	-0.1662	0.2455	0.0768	0.0496	-0.0981	0.0076	0.0535	0.0014	0.108	-0.0072	-0.0022	0.1158	0.0056	0.1206	-31.1221	1.9202	10.3085
12	6.7426	-0.7844	4.154	6.1275	0.8374	3.7118	0.0009	-0.3743	-1.0984	0.7007	0.3017	0.4775	0.5353	-1.027	-0.294	0.2835	0.0182	0.0222	0.2951	0.0094	0.331	-41.8719	3.6792	24.5581
13	7.4841	-5.263	0.8859	6.9278	-1.4131	3.8576	-0.2908	-1.0273	0.33	0.8411	0.8713	-1.7188	-0.1595	0.5794	-0.3452	0.3372	0.0536	-0.1312	0.3446	-0.195	0.5426	-31.9553	11.1465	23.7235
14	2.2781	1.8183	1.3886	6.0131	4.5806	7.113	-0.2599	-0.5659	0.3761	0.9041	0.1882	-0.0018	0.1929	-0.193	0.0847	0.2648	0.0794	-0.008	0.2343	-0.0562	0.1778	-29.7745	-0.5264	20.1291
15	6.8728	3.1904	5.3548	6.5053	5.2877	6.7202	0.3145	-0.2619	-0.5697	0.1845	0.1291	-0.4061	0.3273	0.067	-0.3838	0.1316	0.0097	-0.0011	0.1566	0.0131	0.1645	-31.43	-12.0026	6.7543
16	5.4424	1.115	0.7954	6.7151	0.9318	0.2077	0.5126	-1.3387	-0.1371	2.2087	-0.4633	0.7331	1.2318	-0.7218	-0.041	0.8057	-0.3439	-0.0145	0.7731	0.1497	0.5186	-37.795	-15.7666	16.4711
17	3.9293	-1.8579	4.0141	2.8078	-1.1593	4.3754	-0.3984	-1.2441	-0.2669	0.6693	0.2743	0.1363	0.6068	-0.6763	0.0959	0.7332	-0.1084	0.3625	1.0189	0.0442	0.6549	-42.1184	-9.7129	21.8246
18	8.6576	3.9257	-4.097	9.0781	-3.7211	7.1095	0.0839	0.367	0.2648	0.0287	-0.0553	0.5711	0.1028	-0.6531	-0.0397	0.1329	0.0241	0.0014	0.1991	-0.0729	0.1738	-40.1649	1.1258	7.2107
19	4.3271	5.2427	-3.0259	6.6627	-3.4028	4.3999	-0.1141	0.4569	0.151	-0.0699	0.0676	0.4813	0.0828	-0.6115	-0.0041	0.1433	0.0054	0.0324	0.1832	-0.0582	0.2067	-36.9681	-3.4321	0.3935
20	1.6219	1.696	-0.3651	2.1547	-0.8836	0.7412	0.1643	-0.1579	0.0222	0.4318	-0.0647	0.4574	0.0669	-0.1281	0.2059	0.8692	-0.4054	0.466	0.1891	-0.1609	0.8999	-46.3671	-14.397	11.5131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:33)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 34:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 38:60)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 61:83)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 84:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 91:99)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:111)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 112:128)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 129:137)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1:30)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 31:39)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 40:50)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 51:60)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 61:77)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 78:86)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 87:94)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 95:111)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 112:128)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 129:137)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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