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万見
- PDB-6ond: Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ond
タイトルCrystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehydrogenase produced without CooC, reduced
要素Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.723 Å
データ登録者Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069857 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008334 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insight into metallocofactor maturation in carbon monoxide dehydrogenase.
著者: Wittenborn, E.C. / Cohen, S.E. / Merrouch, M. / Leger, C. / Fourmond, V. / Dementin, S. / Drennan, C.L.
履歴
登録2019年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: Carbon monoxide dehydrogenase
C: Carbon monoxide dehydrogenase
D: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,92631
ポリマ－270,8644
非ポリマー4,06227
水34,2101899
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,45816
ポリマ－135,4322
非ポリマー2,02614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10690 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area36380 Å2
手法PISA
2
C: Carbon monoxide dehydrogenase
D: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,46815
ポリマ－135,4322
非ポリマー2,03613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.790, 144.150, 123.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Carbon monoxide dehydrogenase


分子量: 67715.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: cooS, DVU_2098
発現宿主: Desulfovibrio fructosivorans (バクテリア)
参照: UniProt: Q72A99, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 1926分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200-275 mM magnesium chloride, 14-20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月4日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→100 Å / Num. obs: 225437 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 16599 / Rsym value: 0.913

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B6V

6b6v


解像度: 1.723→93.272 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1762 11415 5.06 %
Rwork0.1494 --
obs0.1508 225376 95.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.723→93.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18436 0 94 1899 20429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91926074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.2657021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7226-1.74220.28953220.25766060X-RAY DIFFRACTION81
1.7422-1.76270.27353740.24157153X-RAY DIFFRACTION96
1.7627-1.78420.2483770.22987044X-RAY DIFFRACTION95
1.7842-1.80680.2773710.22347030X-RAY DIFFRACTION94
1.8068-1.83050.24333540.19786654X-RAY DIFFRACTION90
1.8305-1.85560.21623790.18177174X-RAY DIFFRACTION96
1.8556-1.88210.22423860.17577244X-RAY DIFFRACTION97
1.8821-1.91020.22063830.16757163X-RAY DIFFRACTION96
1.9102-1.94010.19353830.16667237X-RAY DIFFRACTION98
1.9401-1.97190.21493840.167245X-RAY DIFFRACTION96
1.9719-2.00590.18493850.14847221X-RAY DIFFRACTION97
2.0059-2.04240.19493830.15017229X-RAY DIFFRACTION97
2.0424-2.08160.19253940.14717267X-RAY DIFFRACTION97
2.0816-2.12410.18663860.14397202X-RAY DIFFRACTION97
2.1241-2.17030.18693810.14637209X-RAY DIFFRACTION96
2.1703-2.22080.18343910.14257222X-RAY DIFFRACTION97
2.2208-2.27640.17853880.14377006X-RAY DIFFRACTION95
2.2764-2.33790.19343380.14686638X-RAY DIFFRACTION88
2.3379-2.40670.17453690.14347323X-RAY DIFFRACTION98
2.4067-2.48440.1813850.14697335X-RAY DIFFRACTION98
2.4844-2.57320.17554070.1437336X-RAY DIFFRACTION98
2.5732-2.67620.18024220.14737277X-RAY DIFFRACTION98
2.6762-2.7980.17823980.14617291X-RAY DIFFRACTION98
2.798-2.94560.19414030.14827301X-RAY DIFFRACTION97
2.9456-3.13010.16423690.1487240X-RAY DIFFRACTION97
3.1301-3.37180.16623680.14246650X-RAY DIFFRACTION89
3.3718-3.71110.1463910.13277340X-RAY DIFFRACTION98
3.7111-4.24820.13343850.12457419X-RAY DIFFRACTION98
4.2482-5.35220.13043830.12977341X-RAY DIFFRACTION97
5.3522-93.40940.17313760.16077110X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3034-0.08990.00170.39-0.03380.13370.01880.0471-0.0608-0.0549-0.0026-0.02380.01970.0254-0.01350.1394-0.001-0.00810.1578-0.01420.17125.66772.0343.4265
20.2993-0.02830.08370.34730.02540.1908-0.01130.00130.0624-0.01520.02040.0219-0.0329-0.0144-0.00750.13580.0026-0.00010.15310.0150.184-12.513635.506150.0559
30.29370.01660.01610.37060.03750.23090.01690.0418-0.0456-0.05390.0291-0.05360.02090.0558-0.04290.1350.0028-0.00730.1801-0.030.1687-17.86734.8041-18.8992
40.2750.03560.04630.61230.02670.26230.0145-0.01740.07550.01360.0190.1085-0.06290.0222-0.0330.137-0.00590.0130.14890.00670.1923-36.16637.6274-9.9403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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