PDB-6onb: Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, monocli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6onb

タイトル

Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, monoclinic form

要素

NeuRonal IgCAM-5
Zwei Ig domain protein zig-8

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

Cell surface receptor (細胞表面受容体) /

Immunoglobulin superfamily (免疫グロブリンスーパーファミリー) /

Nervous system (神経系) /

Heterodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

Signaling by ROBO receptors / : / : / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / neuron projection membrane / side of membrane / synapse organization / neuron projection / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.696 Å

データ登録者

Cheng, S. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Family of neural wiring receptors in bilaterians defined by phylogenetic, biochemical, and structural evidence.
著者: Cheng, S. / Park, Y. / Kurleto, J.D. / Jeon, M. / Zinn, K. / Thornton, J.W. / Ozkan, E.

履歴

登録	2019年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6onb.cif.gz	209.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6onb.ent.gz	166 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6onb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6onb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6onb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6on6C 6on9SC 6pllC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6on9-d 3oen-d 3pfm-d 3lvu-2 2xnj-2 4i3y-2 5y61-1 4rx1-1 2q4k-3 4gki-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (5) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (5)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (2)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Zwei Ig domain protein zig-8

B: NeuRonal IgCAM-5

C: Zwei Ig domain protein zig-8

D: NeuRonal IgCAM-5

ヘテロ分子

56.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Zwei Ig domain protein zig-8

B: NeuRonal IgCAM-5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, surface plasmon resonance, Dissociation constant, 10 micromolar
28.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Zwei Ig domain protein zig-8

D: NeuRonal IgCAM-5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, surface plasmon resonance, Dissociation constant, 10 micromolar
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.460, 79.103, 89.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Zwei Ig domain protein zig-8 / 2 Ig domain protein zig-8 分子量: 14297.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: zig-8, Y39E4B.8 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5ED00
#2: タンパク質	NeuRonal IgCAM-5 分子量: 13242.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: rig-5, C36F7.4, CELE_C36F7.4 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C6KRM7

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 409分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 30% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射	モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.696→100 Å / Num. obs: 65564 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.32 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.15
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 10243 / CC_1/2: 0.812 / R_rim(I) all: 0.692 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15rc3_3435	精密化
XDS	20180808	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot		モデル構築
XDS	20180808	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ON9

6on9

解像度: 1.696→89.733 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.03

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2073	3179	4.85 %	Random selection
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1755	65514	96.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.696→89.733 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3491	0	67	404	3962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	5066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.437	2280
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6961-1.7214	0.435	119	0.4252	2380	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7214-1.7483	0.336	151	0.3317	2698	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7483-1.7769	0.3435	136	0.3124	2724	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7769-1.8076	0.3437	133	0.2833	2664	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8076-1.8405	0.2771	143	0.2289	2686	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8405-1.8759	0.2165	148	0.1938	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8759-1.9142	0.2278	136	0.1836	2731	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9142-1.9558	0.1936	115	0.1816	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9558-2.0013	0.194	147	0.1807	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0013-2.0513	0.2116	138	0.1822	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0513-2.1068	0.2343	149	0.1792	2741	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1068-2.1688	0.212	157	0.164	2653	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1688-2.2388	0.2095	131	0.1696	2672	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2388-2.3188	0.2088	118	0.1633	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3188-2.4117	0.202	119	0.1743	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4117-2.5214	0.2145	137	0.1688	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5214-2.6544	0.2236	121	0.1769	2791	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6544-2.8207	0.1885	153	0.1769	2670	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8207-3.0385	0.2045	138	0.1724	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0385-3.3443	0.197	128	0.1678	2792	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3443-3.8282	0.1839	166	0.16	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8282-4.8231	0.1854	132	0.1387	2716	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8231-89.8584	0.2084	164	0.1798	2778	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.294	-1.4609	0.3807	4.3236	-1.5297	3.0613	0.0051	-0.0811	0.0172	0.1355	-0.0356	0.2806	0.0369	-0.1272	0.0511	0.2128	0.0446	0.0181	0.1713	-0.0504	0.2789	16.1318	7.4047	40.1365
2	7.6373	-0.815	2.2158	2.0717	-0.0408	4.8576	-0.0989	-0.0198	0.348	-0.0212	-0.0293	-0.5063	-0.5048	0.4701	0.0389	0.2415	0.0006	0.0074	0.1912	-0.0087	0.2795	29.4798	4.378	37.4609
3	0.8642	0.1836	0.9133	4.0749	1.0834	5.4137	0.0862	0.1604	-0.0006	-0.1452	-0.0783	-0.1221	-0.0508	0.264	0.0335	0.1924	0.0316	0.014	0.1532	-0.0171	0.2126	24.3391	-5.876	30.2663
4	2.8752	3.2542	4.8403	3.918	5.6079	8.2353	-0.5273	0.3663	0.1184	-1.3184	0.3967	-0.3982	-1.1183	0.4612	0.0105	0.4209	-0.0146	0.079	0.2497	-0.0088	0.3346	28.9811	4.8185	29.2522
5	4.0097	-0.6696	1.6362	3.4043	-0.1382	4.8426	0.0107	0.0557	0.0857	-0.3196	-0.0754	0.0466	-0.1974	-0.1774	0.1049	0.1661	0.0505	0.0227	0.1104	-0.0307	0.1718	20.8742	3.3253	35.1136
6	0.7368	-0.0474	-0.3077	1.9512	-2.7192	3.8904	0.1095	-0.0129	-0.0468	-0.1152	-0.0347	0.0056	0.6073	-0.3497	-0.1368	0.2458	-0.041	0.0013	0.1906	0.0107	0.2733	23.8681	-24.8706	43.7031
7	1.1255	0.3799	0.6582	0.7694	-0.8633	2.2294	0.0972	0.0036	0.0053	-0.0905	0.0609	0.1487	0.0997	-0.0359	-0.1191	0.1877	0.0101	0.0095	0.1504	0.0045	0.2272	25.3478	-17.667	38.2414
8	2.6262	-0.3393	2.2408	2.3926	-1.9885	3.1178	-0.0738	0.0025	0.1415	0.1305	-0.0967	-0.0095	-0.2184	0.2771	0.1434	0.1821	0.0027	0.01	0.1351	-0.0209	0.228	33.9398	-9.9093	43.7403
9	3.7144	2.4743	3.2763	8.5372	4.5218	3.7608	0.5316	0.6737	-1.0387	0.3582	0.3177	-0.9902	1.0636	0.6809	-0.6178	0.2903	0.0504	-0.0217	0.3304	-0.1243	0.4156	34.3918	-24.1709	37.6493
10	2.017	0.5298	1.15	1.4155	1.824	2.4888	0.1543	0.0773	-0.3212	-0.0016	0.0005	-0.0025	0.4757	-0.0962	-0.0696	0.2211	0.0048	-0.0164	0.1791	-0.0169	0.2632	31.2813	-21.7621	41.7947
11	3.5768	-2.5551	2.6812	3.0073	-0.0359	4.9082	0.1103	-0.7441	0.7345	0.4899	-0.1465	-0.0607	-0.3371	-0.0037	0.0685	0.2746	-0.0779	0.0216	0.2316	-0.0251	0.3039	28.3079	-15.2698	56.7527
12	1.3389	0.4651	0.9319	0.7752	-0.4282	7.1728	0.1627	0.191	-0.1347	-0.1405	0.0243	0.1846	0.3032	-0.0766	-0.1932	0.2001	0.0127	-0.0121	0.1672	-0.0134	0.232	20.5026	-15.1371	36.2762
13	4.2966	0.2398	3.0434	2.2591	0.6061	2.2636	0.0468	-0.812	-0.012	0.3076	-0.2052	0.1472	0.7789	-1.3416	0.1691	0.2515	-0.05	0.0099	0.2707	-0.0005	0.2717	20.9706	-19.5746	51.4796
14	5.974	0.8669	2.448	1.9518	0.4241	2.5853	-0.0041	1.2229	-0.6642	-0.7487	-0.0887	-0.508	0.8279	1.3089	0.1209	0.6021	0.191	0.1222	0.8782	-0.1248	0.4021	36.4024	-19.4619	-2.7091
15	1.0417	1.0469	-0.8681	3.2656	3.368	8.8411	0.432	0.135	-0.5275	0.2166	0.1775	-0.6142	0.9986	1.5552	-0.5638	0.3216	0.2206	-0.0259	0.8229	-0.0384	0.3906	43.6966	-18.2258	14.8108
16	4.5369	0.6646	-0.9234	5.6259	-1.6585	5.8601	0.1814	0.7638	0.9887	-0.7308	-0.194	0.0761	-0.3937	0.7621	-0.0025	0.439	0.0072	0.0359	0.4845	0.1455	0.3994	33.3282	-6.721	3.2426
17	3.6538	1.3456	-0.7464	0.4872	-0.2757	5.9692	-0.0211	0.0569	0.1821	-0.1072	0.0236	0.0276	-0.1149	0.1093	-0.0258	0.237	0.0474	0.015	0.2145	0.0058	0.1882	26.3372	-11.2112	13.4211
18	7.8289	5.109	-6.1379	4.5638	-5.8922	7.6069	0.4981	-0.2245	0.8764	-0.2273	-0.1823	0.0246	-0.9561	0.8221	-0.2354	0.5534	-0.0575	0.116	0.4268	0.0487	0.4025	36.206	-3.8016	8.6351
19	4.7185	0.4193	0.4587	4.2464	0.5097	5.3769	0.05	0.307	-0.1061	-0.2261	0.0462	-0.0776	0.2972	0.7797	-0.0425	0.2804	0.0943	0.075	0.4116	-0.021	0.2352	34.3814	-14.3894	7.33
20	8.0097	2.4138	2.9072	7.1745	0.3867	1.0955	0.3112	-0.3304	-0.1213	-0.0249	-0.4862	0.3936	0.8097	-1.8531	0.1681	0.2983	-0.0718	-0.071	0.5587	-0.0224	0.277	8.9062	-17.3061	20.4246
21	1.0297	0.3531	0.9796	1.0793	0.8512	2.831	0.1008	0.2185	-0.0262	-0.286	-0.1952	0.2097	0.0657	-0.736	0.0861	0.334	0.0668	-0.0662	0.5135	-0.0593	0.2705	9.9354	-15.465	5.0322
22	3.5187	1.3203	2.3137	3.1268	-0.9653	2.7721	0.0636	0.9223	0.5134	-0.7468	-0.1366	-0.0361	-0.5358	-0.2326	0.1847	0.4542	0.1216	-0.0544	0.4663	0.0563	0.2847	17.3896	-6.7253	1.068
23	3.475	0.2821	0.216	5.2031	0.5379	4.6789	-0.1298	-0.0125	0.7385	-0.1587	-0.1118	0.4523	-0.9177	-1.1299	0.2054	0.4207	0.1803	-0.1335	0.5823	-0.0689	0.374	6.1209	-7.4579	8.0404
24	7.333	-0.4213	0.4429	8.5237	-1.8843	6.4347	-0.2529	1.1692	0.1203	-1.544	0.4343	-0.0948	-0.4389	0.1511	-0.1325	0.6753	0.083	-0.1111	0.8429	-0.0274	0.2731	10.8569	-15.0633	-10.2004
25	2.0558	0.2103	2.709	0.766	1.0413	8.2319	0.2408	0.0555	-0.1881	-0.2114	-0.089	0.1392	0.2913	-0.5732	-0.1472	0.2701	0.0305	-0.0312	0.3543	-0.0192	0.224	16.9707	-17.759	10.7784
26	5.2717	0.0176	4.6213	1.2914	-0.452	4.2063	0.3019	0.5846	-0.4047	-0.3324	-0.4119	-0.0989	0.7849	-0.4268	0.0413	0.4728	0.0785	-0.1025	0.6025	-0.142	0.334	9.7258	-21.5534	-1.2543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 71 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 90 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 91 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 41 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 42 through 65 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 66 through 80 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 81 through 92 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 93 through 98 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 99 through 106 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 107 through 118 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 119 through 130 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 23 through 43 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 44 through 52 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 53 through 71 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 72 through 90 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 91 through 99 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 100 through 136 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 21 through 27 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 28 through 65 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 66 through 80 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 81 through 98 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 99 through 106 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 119 through 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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