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- PDB-6on9: Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, tetrago... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6on9
タイトルCrystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, tetragonal form
要素
  • NeuRonal IgCAM-5
  • Zwei Ig domain protein zig-8
キーワードCELL ADHESION / Cell surface receptor / Immunoglobulin superfamily / Nervous system / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of the extracellular matrix / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / neuron projection membrane / synapse organization ...Degradation of the extracellular matrix / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / neuron projection membrane / synapse organization / neuron projection / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Zwei Ig domain protein zig-8 / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Zwei Ig domain protein zig-8 / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / Zwei Ig domain protein zig-8
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.995 Å
データ登録者Cheng, S. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS097161 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Family of neural wiring receptors in bilaterians defined by phylogenetic, biochemical, and structural evidence.
著者: Cheng, S. / Park, Y. / Kurleto, J.D. / Jeon, M. / Zinn, K. / Thornton, J.W. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zwei Ig domain protein zig-8
B: NeuRonal IgCAM-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0275
ポリマ－27,5412
非ポリマー4863
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.078, 80.078, 166.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-903-

SO4

21B-1089-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Zwei Ig domain protein zig-8 / 2 Ig domain protein zig-8


分子量: 14297.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: zig-8, Y39E4B.8 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5ED00
#2: タンパク質 NeuRonal IgCAM-5


分子量: 13242.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: rig-5, C36F7.4, CELE_C36F7.4 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C6KRM7

-
糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 182分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M disodium hydrogen phosphate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.995→100 Å / Num. obs: 37606 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.693 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 5835 / CC1/2: 0.672 / Rrim(I) all: 1.764 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180808データ削減
PHENIX(1.15rc3_3435: ???)精密化
PHASER2.8.3位相決定
XDS20180808データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ON6

6on6


解像度: 1.995→72.175 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.65
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 1961 5.23 %Random selection
Rwork0.1742 ---
obs0.1759 37511 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→72.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 30 180 1977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3672505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0971133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9954-2.04530.30811290.28652339X-RAY DIFFRACTION94
2.0453-2.10060.26961230.25952541X-RAY DIFFRACTION100
2.1006-2.16240.25341450.22492495X-RAY DIFFRACTION100
2.1624-2.23220.24471290.20612495X-RAY DIFFRACTION100
2.2322-2.3120.25111280.21532529X-RAY DIFFRACTION100
2.312-2.40460.22721190.18052522X-RAY DIFFRACTION100
2.4046-2.5140.20151590.16822508X-RAY DIFFRACTION100
2.514-2.64650.1991430.17532527X-RAY DIFFRACTION100
2.6465-2.81240.22541440.18442529X-RAY DIFFRACTION100
2.8124-3.02950.23041520.18162539X-RAY DIFFRACTION100
3.0295-3.33440.21671600.17082553X-RAY DIFFRACTION100
3.3344-3.81690.20151440.16142562X-RAY DIFFRACTION100
3.8169-4.80870.14981290.14252641X-RAY DIFFRACTION100
4.8087-72.22260.21651570.17982770X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83730.4908-1.46815.73460.25723.6902-0.0321-0.3980.32450.2928-0.1713-0.0279-0.08860.3660.1960.2942-0.0099-0.06180.729-0.08540.44798.565320.353-20.8587
25.38551.17950.41852.61810.13814.93310.068-0.2083-0.6819-0.00280.027-0.20230.54110.6585-0.08640.30470.102-0.02620.4463-0.01740.46187.227810.9467-30.0338
33.6934-0.0930.21560.08990.40994.8179-0.0091-0.179-0.2152-0.1226-0.1107-0.03480.19640.18620.10640.32090.0612-0.01540.4041-0.01140.4006-4.523310.9296-33.9423
47.5606-2.98512.97697.543-2.21936.94670.02360.1986-0.90930.35990.2144-0.4720.89670.8341-0.25380.45530.1441-0.07960.5428-0.06580.56287.08375.8149-32.0517
53.22611.14450.49284.142-0.04253.1206-0.11750.1058-0.0234-0.21060.12240.1782-0.02180.22330.03810.24990.0499-0.00570.4577-0.03540.37264.287316.7672-30.1076
64.1289-3.5471-3.05963.96243.68153.4666-0.04920.1364-0.2744-0.4467-0.55690.7565-0.7028-2.21940.54220.31310.0601-0.01320.4738-0.07810.389-23.776214.7491-35.8772
70.8012-0.919-0.88071.13660.8862.9294-0.0228-0.3693-0.05920.05810.0210.0888-0.0129-0.1970.01690.2887-0.0087-0.00470.4911-0.03570.4194-18.536613.7018-21.397
83.5318-0.62-2.52642.2907-2.80176.6124-0.0349-1.1079-0.53170.264-0.0815-0.34920.72230.77310.06280.32610.0344-0.0050.55420.07470.4109-9.26445.4083-18.9751
97.7239-0.50464.13625.00340.11312.2669-0.0244-0.9068-0.7810.05920.0850.42130.908-1.1246-0.03610.4018-0.09270.02160.46760.06670.4378-21.97565.2565-23.0152
101.5313-0.0485-1.16711.5196-0.92855.3982-0.0325-0.44760.06530.18860.0386-0.0824-0.23450.170.00020.2339-0.0035-0.03490.4874-0.04660.3408-13.439415.5487-19.6822
112.3726-0.08880.49723.35492.32131.9407-0.2343-0.76370.19830.2584-0.0286-0.0372-1.0885-0.01580.21380.31580.0138-0.03180.6011-0.08670.4545-17.736620.1176-13.9811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 71 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 72 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 105 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 106 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 27 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 65 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 66 through 80 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 81 through 98 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 99 through 118 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 119 through 130 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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