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Yorodumi- PDB-6on9: Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, tetrago... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6on9 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the ZIG-8-RIG-5 IG1-IG1 heterodimer, tetragonal form | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / Cell surface receptor / Immunoglobulin superfamily / Nervous system / heterodimer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Degradation of the extracellular matrix / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / neuron projection membrane / synapse organization ...Degradation of the extracellular matrix / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / neuron projection membrane / synapse organization / neuron projection / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Caenorhabditis elegans (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.995 Å | |||||||||
Authors | Cheng, S. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Family of neural wiring receptors in bilaterians defined by phylogenetic, biochemical, and structural evidence. Authors: Cheng, S. / Park, Y. / Kurleto, J.D. / Jeon, M. / Zinn, K. / Thornton, J.W. / Ozkan, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6on9.cif.gz | 115.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6on9.ent.gz | 85.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6on9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6on9_validation.pdf.gz | 772.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6on9_full_validation.pdf.gz | 772.3 KB | Display | |
Data in XML | 6on9_validation.xml.gz | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6on9_validation.cif.gz | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6on9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/6on9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6on6SC 6onbC 6pllC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 14297.955 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caenorhabditis elegans (invertebrata) / Gene: zig-8, Y39E4B.8 / Cell line (production host): High Five cells / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: G5ED00 |
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#2: Protein | Mass: 13242.910 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caenorhabditis elegans (invertebrata) / Gene: rig-5, C36F7.4, CELE_C36F7.4 / Cell line (production host): High Five cells / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: C6KRM7 |
-Sugars , 1 types, 1 molecules
#3: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 3 types, 182 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
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#5: Chemical | ChemComp-NA / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.25 Å3/Da / Density % sol: 76.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M disodium hydrogen phosphate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2019 |
Radiation | Monochromator: Cryo-Cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.995→100 Å / Num. obs: 37606 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 7.94 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.12 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.693 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 5835 / CC1/2: 0.672 / Rrim(I) all: 1.764 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ON6 Resolution: 1.995→72.175 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 20.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.995→72.175 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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