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万見
- PDB-6on4: Crystal structure of the GntR-type sialoregulator NanR from Esche... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6on4
タイトルCrystal structure of the GntR-type sialoregulator NanR from Escherichia coli, in complex with sialic acid
要素HTH-type transcriptional repressor NanR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Repressor / Bacterial Sialic Acid Catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor NanR / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
polyethylene glycol / N-acetyl-beta-neuraminic acid / HTH-type transcriptional repressor NanR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Horne, C.R. / Panjikar, S. / North, R.A. / Dobson, R.C.J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandUOC1506 ニュージーランド
引用ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Control of the Escherichia coli sialoregulon by transcriptional repressor NanR.
著者: Kalivoda, K.A. / Steenbergen, S.M. / Vimr, E.R.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor NanR
B: HTH-type transcriptional repressor NanR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1705
ポリマ－59,1332
非ポリマー1,0373
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Used Sedimentation Velocity experiments in the analytical ultracentrifuge. When fitted to a continuous mass distribution [c(M)] model, the data is consistent with ...根拠: equilibrium centrifugation, Used Sedimentation Velocity experiments in the analytical ultracentrifuge. When fitted to a continuous mass distribution [c(M)] model, the data is consistent with a dimer., SAXS, The Porod Volume and analysis from online server SAXS MoW2 is consistent with a dimer., mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.771, 87.846, 73.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 31 through 244)
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 31 - 244 / Label seq-ID: 31 - 244

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 31 through 244)AA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional repressor NanR


分子量: 29566.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nanR, yhcK, b3226, JW3195 / Variant: K-12 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8W0
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C30H62O15
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES, 25 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryo-Stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.92 Å / Num. obs: 28505 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 43.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 96712
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.162.60.547526020240.6710.3910.6761.886.6
8.9-43.923.40.02313844020.9990.0140.02740.298.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.92 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1391 4.88 %
Rwork0.1812 --
obs0.1834 28482 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.96 Å2 / Biso mean: 57.3052 Å2 / Biso min: 28.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3423 0 147 163 3733
Biso mean--78.17 51.52 -
残基数----431
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1886X-RAY DIFFRACTION19.675TORSIONAL
12B1886X-RAY DIFFRACTION19.675TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0966-2.17160.34011270.28692376250388
2.1716-2.25850.28591450.24452636278196
2.2585-2.36130.27331420.22012775291799
2.3613-2.48580.23341660.200627172883100
2.4858-2.64150.26391340.214227502884100
2.6415-2.84540.24491450.202227482893100
2.8454-3.13170.26561340.210127482882100
3.1317-3.58470.24531520.197527522904100
3.5847-4.51560.19371120.1592773288599
4.5156-43.93260.19271340.1432816295099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66470.02170.14670.7924-0.02460.69250.3270.09280.1638-0.5642-0.3831-0.24270.24780.360600.56360.09660.07110.45730.13430.551214.806234.05941.339
22.76330.7565-0.35910.7261-0.27341.06530.0541-0.3867-0.07390.074-0.0143-0.07740.1316-0.08410.00010.3393-0.0242-0.03250.35290.04020.3098-1.93598.240927.6487
30.0936-0.0198-0.10170.01980.00270.11390.08130.1099-0.3084-0.004-0.343-0.90910.36660.3287-0.00080.71490.02010.03850.8747-0.05560.65997.711321.476648.7497
40.0657-0.0113-0.0165-0.00390.00950.04010.44270.2579-0.47710.197-0.2219-0.1002-0.0799-0.8181-0.00120.68970.0912-0.00531.1605-0.22120.5814-3.735424.700446.2601
50.17470.1208-0.11270.27520.24390.5102-0.063-0.28620.17040.5528-0.2110.0727-0.5501-0.7134-0.0010.76890.07010.0870.8152-0.15390.66062.252229.609450.9738
60.370.2185-0.16650.2284-0.30680.46940.01730.09520.1274-0.0398-0.0813-0.08060.15150.069400.3262-0.0044-0.00740.3369-0.02360.40911.970313.018319.8757
70.04270.01550.0380.0597-0.01390.04590.19880.3072-0.1987-0.5053-0.146-0.0224-0.0663-0.4040.00050.57310.023-0.01280.5975-0.04420.43322.0038.8767-3.8744
80.10840.1487-0.08470.3257-0.00260.07290.09930.41520.1607-0.43370.0246-0.0733-0.398-0.412-0.00010.53770.00780.0840.42570.03440.41212.077214.557-1.9477
90.07660.02340.05840.02880.03260.04460.05170.7129-0.2413-0.4665-0.0054-0.19840.02220.3143-0.00020.4022-0.00250.01940.49930.05580.443916.768319.023212.7758
100.06990.043-0.01480.0197-0.04770.16510.09670.1275-0.2505-0.2825-0.2716-0.9289-0.10430.4663-0.00060.5902-0.01850.12180.59210.03090.682917.70066.86630.7495
110.1026-0.0996-0.05580.09760.09330.10360.38580.6995-0.63980.3852-0.0796-0.09231.06270.46070.00310.5260.00870.01420.4427-0.10120.54478.3345-1.937.2087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 99 )A31 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 246 )A100 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 31 through 45 )B31 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 46 through 58 )B46 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 59 through 99 )B59 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 142 )B100 - 142
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 143 through 155 )B143 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 156 through 187 )B156 - 187
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 188 through 207 )B188 - 207
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 208 through 230 )B208 - 230
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 231 through 244 )B231 - 244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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