PDB-6oms: Arabidopsis GH3.12 with Chorismate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oms

タイトル

Arabidopsis GH3.12 with Chorismate

要素

4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

キーワード

LIGASE / acyl acid-amido synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-(4-aminobenzoyl)-L-glutamate synthetase activity / N-benzoyl-L-glutamate synthetase activity / N-vanillate-L-glutamate synthetase activity / N-(4-hydroxybenzoyl)-L-glutamate synthetase activity / positive regulation of plant-type hypersensitive response / benzoate metabolic process / salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / detection of fungus / plant-type hypersensitive response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.942 Å

データ登録者

Zubieta, C. / Westfall, C.S. / Holland, C.K. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Brassicaceae-specific Gretchen Hagen 3 acyl acid amido synthetases conjugate amino acids to chorismate, a precursor of aromatic amino acids and salicylic acid.
著者: Holland, C.K. / Westfall, C.S. / Schaffer, J.E. / De Santiago, A. / Zubieta, C. / Alvarez, S. / Jez, J.M.

履歴

登録	2019年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oms.cif.gz	412.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oms.ent.gz	334 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6oms_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oms_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6oms_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	6oms_validation.cif.gz	63.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/6oms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/6oms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eqlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eql-1 1ktw-2 2rd9-2 5obl-1 4lln-3 6o9c-d 5j16-2 1lek-d 6amt-2 4bkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

B: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, size-exclusion chromatography
65.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.438, 67.002, 100.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12 / Auxin-responsive GH3-like protein 12 / AtGH3-12 / Protein GH3-LIKE DEFENSE GENE 1 / Protein ...Auxin-responsive GH3-like protein 12 / AtGH3-12 / Protein GH3-LIKE DEFENSE GENE 1 / Protein GRETCHEN HAGEN 3.12 / Protein HOPW1-1-INTERACTING 3 / Protein avrPPHB SUSCEPTIBLE 3 分子量: 65190.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GH3.12, GDG1, PBS3, WIN3, At5g13320, T22N19.5, T31B5.140 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9LYU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-ISJ / (3R,4R)-3-[(1-carboxyethenyl)oxy]-4-hydroxycyclohexa-1,5-diene-1-carboxylic acid / Chorismic Acid / コリスミン酸分子量: 226.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% PEG-3350, 0.25 M ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.4, 5 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 5 mM MgCl2, 10 mM chorismate, and 4 mM AMP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月1日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→48.6 Å / Num. obs: 85974 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.156 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 0 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EQL

4eql

解像度: 1.942→48.589 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	4319	5.02 %
R_work	0.1862	-	-
obs	0.1876	85955	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.942→48.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7812	0	62	692	8566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8127
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	11044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.498	4903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1240
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9422-1.9643	0.3146	136	0.3114	2621	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9643-1.9874	0.355	166	0.3041	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9874-2.0116	0.2642	125	0.2577	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0116-2.0371	0.317	154	0.2527	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0371-2.0639	0.2782	146	0.238	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0639-2.0922	0.2596	137	0.231	2714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0922-2.122	0.2345	147	0.2218	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.122-2.1537	0.2562	135	0.2163	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1537-2.1874	0.2413	131	0.2085	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1874-2.2232	0.2448	168	0.1963	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2232-2.2616	0.2411	150	0.1949	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2616-2.3027	0.21	129	0.1952	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3027-2.347	0.2456	140	0.1943	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.347-2.3949	0.2497	132	0.1841	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3949-2.447	0.2211	138	0.1967	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.447-2.5039	0.2138	124	0.1864	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5039-2.5665	0.2074	140	0.177	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5665-2.6359	0.2265	146	0.1783	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6359-2.7134	0.2094	136	0.1814	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7134-2.801	0.2235	149	0.1759	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.801-2.9011	0.2154	130	0.1823	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9011-3.0173	0.2164	165	0.1757	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0173-3.1545	0.2002	149	0.1775	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1545-3.3208	0.1883	169	0.1658	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3208-3.5288	0.1885	150	0.1547	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5288-3.8012	0.1659	156	0.1563	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8012-4.1835	0.1788	149	0.1509	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1835-4.7884	0.1587	129	0.1455	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7884-6.0311	0.1912	138	0.1792	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0311-48.6044	0.2374	155	0.2109	2804	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5976	-1.1315	0.4115	1.8897	0.0489	1.2373	-0.0666	-0.0893	0.0416	0.2506	0.0438	-0.1087	0.0313	0.0968	-0.007	0.1594	-0.0424	-0.0056	0.1049	0.0192	0.13	-35.7572	-19.2308	9.9525
2	0.2242	-0.094	-0.1944	0.3442	0.3783	1.2671	-0.0016	0.0394	0.0335	-0.0227	-0.028	-0.0453	-0.0637	0.0264	0.0299	0.1056	0.003	-0.0005	0.11	0.018	0.1279	-38.5852	-10.6314	-14.554
3	2.5313	-0.171	-0.5168	1.5947	0.1235	2.2043	0.0682	0.3984	0.2232	-0.0304	0.1868	-0.2884	-0.2977	0.1915	-0.2019	0.4739	-0.0398	0.1479	0.6963	0.0438	0.6624	-14.0531	-5.2172	-13.6118
4	1.8793	0.6204	0.8481	2.8273	1.8596	2.6191	-0.0015	0.2892	-0.0617	-0.1659	0.1388	-0.033	-0.0583	0.2172	-0.1069	0.1175	-0.014	0.0236	0.14	0.0348	0.1331	22.3415	-18.3619	-52.0163
5	0.969	0.2414	0.7421	1.1412	0.8688	1.4803	0.0248	-0.0688	0.0217	0.159	-0.0088	-0.017	0.0917	0.0429	0.0194	0.1076	-0.011	0.0054	0.0984	0.0201	0.1089	18.2457	-11.102	-36.1021
6	1.869	0.5534	0.6705	0.9595	0.1185	0.3504	0.0395	-0.0803	0.1472	-0.0561	-0.0825	-0.011	-0.0722	-0.1647	0.019	0.0945	0.0015	0.0224	0.1174	-0.0055	0.1409	-0.7372	-9.4756	-44.9907
7	1.5997	-0.2767	-0.3034	0.3396	0.0373	0.3681	-0.0267	0.004	-0.0765	0.0141	0.0195	0.0228	0.0505	-0.0729	0.0034	0.1269	-0.0157	0.0005	0.1405	-0.008	0.1237	-12.6813	-20.2846	-46.307
8	1.2475	0.2072	0.0563	1.0428	0.3349	0.6981	0.0547	-0.0517	-0.1173	0.2477	-0.0163	-0.0477	0.2128	0.0143	-0.0213	0.1745	0.0074	-0.0324	0.1084	0.0109	0.1401	19.1203	-27.0149	-38.5442
9	1.7909	0.3771	-0.8651	1.0814	-0.0625	1.4289	0.2455	-0.1375	-0.049	0.2263	0.0619	0.1697	-0.1743	-0.0092	-0.2291	0.6188	-0.0749	0.1068	0.6807	0.0063	0.5784	-6.1555	-25.8927	-20.2143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 417 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 418 through 575 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 37 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 38 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 131 through 176 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 177 through 344 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 345 through 417 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 418 through 575 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)