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- PDB-6omk: Crystal structure of a glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6omk
タイトルCrystal structure of a glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyl transferase, NMT) from Leishmania major Friedlin bound to tetradecanoyl-CoA
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / structural genomics / SVTD / SDDC / NMT1 / myristic acid / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase (N-myristoyl transferase, NMT) from Leishmania major Friedlin bound to tetradecanoyl-CoA
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Bertolin, B.A. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2019年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2556
ポリマ－49,0261
非ポリマー1,2305
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.250, 89.170, 90.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 49025.785 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 6-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: NMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GPZ4, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: LemaA.18219.a.B1.PS38467 at 3.52 mg/mL with 0.5 mM myristoyl CoA (tetradecanoyl CoA) against 16% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.6, supplemented with 20% ethylene glycol as ...詳細: LemaA.18219.a.B1.PS38467 at 3.52 mg/mL with 0.5 mM myristoyl CoA (tetradecanoyl CoA) against 16% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.6, supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 303026d4, unique puck ID vle8-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.585 Å / Num. obs: 23914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.875 % / Biso Wilson estimate: 33.365 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 12.54 / Num. measured all: 164416 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.156.0320.5523.510592175617560.8740.605100
2.15-2.216.9390.4524.7311692168516850.9280.489100
2.21-2.286.7630.424.9911071163916370.9330.45599.9
2.28-2.356.9630.3585.5411322162616260.9480.387100
2.35-2.427.0440.316.410777153015300.9630.334100
2.42-2.517.020.2717.0510664152015190.9740.29399.9
2.51-2.67.0620.2387.8710289145714570.9810.257100
2.6-2.716.9970.2049.319810140214020.9810.221100
2.71-2.837.0560.16110.739540135213520.9890.174100
2.83-2.977.0750.1312.649162129512950.9930.141100
2.97-3.137.0310.10814.68627122712270.9950.117100
3.13-3.3270.0916.858309118711870.9950.097100
3.32-3.556.8280.07719.947497109910980.9960.08399.9
3.55-3.836.8110.06623.686988102710260.9970.07199.9
3.83-4.26.9010.05825.5165499499490.9970.063100
4.2-4.76.9270.05727.9261038818810.9970.062100
4.7-5.427.0150.05726.6254587787780.9970.062100
5.42-6.646.9060.06623.5545726626620.9960.072100
6.64-9.396.6570.05926.7635485335330.9970.064100
9.39-44.5855.8790.05828.9718463193140.9960.06398.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(1.15_3459)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H5Z

3h5z


解像度: 2.1→44.585 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 2000 8.36 %
Rwork0.1696 --
obs0.1748 23914 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.59 Å2 / Biso mean: 32.0067 Å2 / Biso min: 11.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3352 0 76 220 3648
Biso mean--25.34 38.66 -
残基数----417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0999-2.15250.30991340.212215551689
2.1525-2.21070.24461070.183915541661
2.2107-2.27570.27531460.188915321678
2.2757-2.34920.27381440.18715551699
2.3492-2.43310.24781370.18515481685
2.4331-2.53050.29091360.184115331669
2.5305-2.64570.24351530.179615361689
2.6457-2.78510.22831260.171215761702
2.7851-2.95960.23171480.169915381686
2.9596-3.18810.21451550.163915651720
3.1881-3.50880.21021420.156815741716
3.5088-4.01620.22471450.149115751720
4.0162-5.05890.19721440.148816111755
5.0589-44.5950.24261830.191716621845
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17120.02960.14143.59920.43882.56080.09810.30010.0602-0.1879-0.05480.0019-0.05060.03-0.04570.1440.01610.02080.22460.01560.135724.2282-10.4795-14.5209
23.23610.5704-3.1072.00991.32516.40240.07370.10860.1894-0.2447-0.0520.0861-0.2758-0.2855-0.0240.23090.0506-0.00450.12630.02020.155414.51093.894-1.7083
30.93010.039-0.06421.57090.3791.65450.0508-0.00910.0521-0.0368-0.04420.1165-0.1294-0.0555-0.00870.1438-0.0140.02140.1673-0.02350.172416.4656-2.780510.2077
42.0725-0.5015-0.24561.968-0.81360.45040.07950.3057-0.2151-0.6161-0.1180.21270.04-0.10660.15190.22790.0074-0.06520.27010.01760.205813.8549-15.955-15.2487
51.7405-0.005-0.00242.00670.24211.8230.05430.23640.1547-0.331-0.0342-0.3664-0.08760.3376-0.04250.1968-0.00830.07930.26720.02680.219332.9791-5.5593-10.2025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 333 through 397 )A333 - 397
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 398 through 421 )A398 - 421
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -1 through 204 )A-1 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 205 through 244 )A205 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 245 through 332 )A245 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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