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万見
- PDB-6om5: Structure of a haemophore from Haemophilus haemolyticus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6om5
タイトルStructure of a haemophore from Haemophilus haemolyticus
要素haemophore
キーワードMETAL TRANSPORT / Haemophilus haemolyticus / haemophore / antimicrobial
機能・相同性HphA N-terminal heme-binding domain / HphA C-terminal domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Polymerase
機能・相同性情報
生物種Haemophilus haemolyticus M19107 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Torrado, M. / Walshe, J.L. / Mackay, J.P. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2020
タイトル: A heme-binding protein produced by Haemophilus haemolyticus inhibits non-typeable Haemophilus influenzae.
著者: Latham, R.D. / Torrado, M. / Atto, B. / Walshe, J.L. / Wilson, R. / Guss, J.M. / Mackay, J.P. / Tristram, S. / Gell, D.A.
履歴
登録2019年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: haemophore
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,74511
ポリマ－27,4011
非ポリマー1,34410
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The assembly is confirmed by UV-visible absorption properties of the haem
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.043, 91.043, 97.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 haemophore


分子量: 27400.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus haemolyticus M19107 (バクテリア)
株: M19107 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta 2 / 参照: UniProt: A0A0M3G7Q5*PLUS

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非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.25 % / 解説: Hexagonal crystals with orange-red colour
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2 M ammonium sulfate, 30 mM sodium phosphate, 72 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.45866, 0.95372
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月5日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.458661
20.953721
反射解像度: 1.6→45.52 Å / Num. obs: 62031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3086 / CC1/2: 0.909 / Rpim(I) all: 0.25 / Rrim(I) all: 0.82 / Χ2: 0.86 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PARROT位相決定
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→41.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.088 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18449 3056 4.9 %RANDOM
Rwork0.17122 ---
obs0.17186 58934 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.667 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→41.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 84 170 2169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.6792858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4841.5924531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0085267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92823.80492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95815369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.193158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8222.4741047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8112.4711042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5713.7081321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5563.7061318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0311062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0291063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6421538
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.7712300
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.772301
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 218 -
Rwork0.223 4321 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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