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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6om3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle | |||||||||
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![]() | Structural Protein/DNA / Chromatin Modifier / Structural Protein / Structural Protein-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() CDC6 association with the ORC:origin complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / nucleosome organization / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex ...CDC6 association with the ORC:origin complex / maintenance of rDNA / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nuclear pre-replicative complex / nucleosome organization / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / nucleosome binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | De Ioannes, P.E. / Wang, M. / Armache, K.-J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and function of the Orc1 BAH-nucleosome complex. 著者: De Ioannes, P. / Leon, V.A. / Kuang, Z. / Wang, M. / Boeke, J.D. / Hochwagen, A. / Armache, K.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 20分子 AEMQBFNRCGOSDHPTKLWX
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 4 / 変異: G102A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14109.436 Da / 分子数: 4 / 変異: G99R, S123A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / Variant: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13979.291 Da / 分子数: 4 / 変異: S32T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 26067.488 Da / 分子数: 4 / 変異: L79I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC1, YML065W / Variant: ATCC 204508 / S288c 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P54784 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 IUJV
#5: DNA鎖 | 分子量: 44824.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #6: DNA鎖 | 分子量: 45609.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月29日 詳細: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 81623 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 112.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.264 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 248201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3tu4, 1M4Z, 3LZ1 解像度: 3.3→49.054 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.11
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 381.68 Å2 / Biso mean: 133.4376 Å2 / Biso min: 44.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→49.054 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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