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万見
- PDB-6olo: Controlling the Self-Assembly of Synthetic Metal-Coordinating Coi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6olo
タイトルControlling the Self-Assembly of Synthetic Metal-Coordinating Coiled-Coil Peptides: Hexagonal Lattice from a Trimeric Coiled Coil
要素Designed trimeric coiled coil peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / metal coordination framework / supramolecular assembly
機能・相同性COPPER (II) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schieb, K.A. / Horne, W.S.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Understanding and controlling the metal-directed assembly of terpyridine-functionalized coiled-coil peptides.
著者: Scheib, K.A. / Tavenor, N.A. / Lawless, M.J. / Saxena, S. / Horne, W.S.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed trimeric coiled coil peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2392
ポリマ－3,1761
非ポリマー641
水1086
1
A: Designed trimeric coiled coil peptide
ヘテロ分子

A: Designed trimeric coiled coil peptide
ヘテロ分子

A: Designed trimeric coiled coil peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7186
ポリマ－9,5273
非ポリマー1913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.739, 39.739, 41.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Designed trimeric coiled coil peptide


分子量: 3175.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, 5 mM copper(II) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→26.61 Å / Num. obs: 1094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.25 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DZL, CHAIN A

4dzl


解像度: 2.3→19.87 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.19 / 位相誤差: 28.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 110 10.07 %
Rwork0.257 --
obs0.259 1092 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数212 0 1 6 219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.968294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.304127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00233
LS精密化 シェル解像度: 2.3011→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2733 110 -
Rwork0.2565 982 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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