PDB-6okh: Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpeter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6okh

タイトル

Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197)

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / uncharacterized protein

機能・相同性

Putative restriction endonuclease / Nuclease, putative, TT1808 / Putative restriction endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / metal ion binding / Putative restriction endonuclease domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of an uncharacterized protein from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197)
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6okh.cif.gz	168.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6okh.ent.gz	133.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6okh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ohzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gr2-1 5ggw-1 1ll9-1 4ekk-1 5wae-1 1pi4-1 3gsg-2 5wag-4 5xhr-d 1my8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LpboA.19679.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.880, 101.120, 108.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-314- HOH
2	1	A-377- HOH
3	1	A-427- HOH
4	1	B-424- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 21725.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (バクテリア) 株: JB197 / 遺伝子: LBJ_2390 / プラスミド: LpboA.19679.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04QG8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: Molecular Dimensions LMB screen, b10: 24 % (v/v) Ethanol 0.1 M HEPES pH 7.8, 40mM Magnesium chloride: LpboA.19679.a.B1.PS38456 at 15mg/ml, incubation at 4C: cryo: 20% EG: tray 308142 b10: ...詳細: Molecular Dimensions LMB screen, b10: 24 % (v/v) Ethanol 0.1 M HEPES pH 7.8, 40mM Magnesium chloride: LpboA.19679.a.B1.PS38456 at 15mg/ml, incubation at 4C: cryo: 20% EG: tray 308142 b10: puck kzx0-13. For experimental phasing, a crystal from the same drop was incubated for 20sec in a solution of 80% reservoir and 20% 2.5M Sodium iodide in ethylene glycol, and vitrified: tray: 308142 B10: puck: kzx0-9

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Molecular Dimensions LMB screen, b10: 24 % (v/v) Ethanol 0.1 M HEPES pH 7.8, 40mM Magnesium chloride: LpboA.19679.a.B1.PS38456 at 15mg/ml, incubation at 4C: cryo: 20% EG: tray 308142 b10: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月6日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→45.841 Å / Num. obs: 35536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.802 % / B_iso Wilson estimate: 30.029 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.045 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 37.34

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	6.024	0.559	3.4	2591	0.902	0.613	100
1.9-1.95	6.314	0.409	4.72	2532	0.948	0.446	100
1.95-2.01	6.565	0.303	6.36	2455	0.959	0.329	100
2.01-2.07	7.356	0.244	8.65	2388	0.973	0.263	100
2.07-2.14	8.511	0.194	11.82	2335	0.985	0.207	100
2.14-2.21	9.255	0.148	16.19	2245	0.992	0.156	100
2.21-2.29	9.937	0.132	18.99	2158	0.994	0.139	100
2.29-2.39	10.711	0.11	22.9	2099	0.996	0.115	100
2.39-2.49	11.737	0.1	26.16	2023	0.997	0.105	100
2.49-2.62	13.573	0.087	32.01	1936	0.998	0.09	100
2.62-2.76	14.523	0.075	37.13	1820	0.999	0.078	100
2.76-2.93	14.636	0.058	45.18	1744	0.999	0.06	100
2.93-3.13	14.616	0.043	59.14	1645	1	0.044	100
3.13-3.38	14.6	0.033	71	1529	1	0.034	100
3.38-3.7	14.583	0.026	88.16	1418	1	0.027	100
3.7-4.14	14.481	0.021	107.07	1278	1	0.022	99.8
4.14-4.78	14.317	0.019	123.68	1144	1	0.019	99.9
4.78-5.85	14.279	0.02	110.71	974	1	0.02	100
5.85-8.27	13.857	0.022	104.3	777	1	0.023	99.9
8.27-45.841	12.211	0.018	129.03	445	1	0.019	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.15rc1_3423)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
PARROT		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→45.841 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.69

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1997	1969	5.54 %	0
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.1708	35529	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.5 Å² / B_iso mean: 30.1709 Å² / B_iso min: 11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→45.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2792	0	4	319	3115
B_iso mean	-	-	24.92	39.6	-
残基数	-	-	-	-	354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.878	4067
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.449	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	459
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	535

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.85-1.8963	0.2471	136	0.2305	2348	2484
1.8963-1.9475	0.2836	134	0.2044	2377	2511
1.9475-2.0048	0.2356	135	0.1815	2374	2509
2.0048-2.0696	0.1955	140	0.1801	2360	2500
2.0696-2.1435	0.21	114	0.1753	2400	2514
2.1435-2.2293	0.1949	126	0.164	2401	2527
2.2293-2.3308	0.1802	132	0.1718	2399	2531
2.3308-2.4537	0.2136	142	0.1744	2370	2512
2.4537-2.6074	0.21	143	0.1907	2391	2534
2.6074-2.8087	0.2571	144	0.1896	2388	2532
2.8087-3.0913	0.2155	152	0.1729	2394	2546
3.0913-3.5385	0.1928	147	0.165	2413	2560
3.5385-4.4575	0.1502	153	0.1428	2429	2582
4.4575-45.8546	0.1978	171	0.1579	2516	2687

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9345	2.5355	5.7608	1.3379	2.7787	6.8992	-0.2581	-0.3477	0.7843	-0.0691	-0.0026	0.4866	-0.3405	-0.4912	0.244	0.241	0.0458	-0.0946	0.2574	-0.0168	0.3498	0.9299	37.0608	15.9128
2	3.9898	-3.1307	-2.0747	9.2588	5.1892	6.1104	0.1145	0.1114	0.1436	-0.1696	-0.0678	-0.6287	-0.0266	0.3109	-0.1434	0.1303	-0.0223	0.0208	0.2175	0.0796	0.2149	20.9448	25.3891	17.0794
3	4.4537	-1.3488	-0.2591	2.67	-0.7016	2.027	0.0796	0.3475	0.0136	-0.392	-0.122	0.1471	0.1419	-0.1843	0.0032	0.2166	-0.056	0.0132	0.2199	-0.0125	0.1105	10.9958	28.2069	7.0885
4	4.5578	-1.106	0.5431	2.6439	-0.9301	2.9206	-0.0406	0.4678	-0.2868	-0.7802	0.0957	0.3172	0.2866	-0.186	0.0329	0.2753	-0.1038	-0.0612	0.2005	-0.0068	0.1652	7.6167	25.335	5.9084
5	4.7691	0.7806	-1.4688	6.6636	-4.024	6.1743	-0.1488	0.7893	0.3347	-0.7028	0.2579	0.5974	0.127	-0.624	-0.1831	0.3208	-0.0504	-0.0515	0.3028	-0.0049	0.2077	8.6071	29.2042	0.8334
6	6.0251	-1.2775	-2.9591	5.6997	0.1596	8.4577	0.1387	-0.3306	0.3644	0.2366	0.2546	-0.0143	-0.6153	0.0265	-0.1927	0.1643	-0.0252	-0.0117	0.1563	0.0019	0.1357	7.7705	28.3005	21.0835
7	1.643	-1.1695	-0.3168	3.1096	0.8958	2.9716	-0.0949	0.0021	-0.2096	-0.0758	0.024	0.2512	0.0307	-0.2836	0.065	0.1629	-0.0726	0.0041	0.1715	0.0006	0.1411	2.1127	23.1536	17.2571
8	3.1424	-1.0578	0.2259	7.5406	3.486	8.298	-0.2794	-0.1593	-0.0025	0.3209	0.2663	-0.0785	-0.0098	0.4234	0.077	0.2519	-0.0532	0.0042	0.1883	0.0328	0.1509	9.2295	21.1974	26.692
9	3.495	-0.136	1.344	1.7674	-0.1821	1.5895	-0.0398	-0.1023	-0.3694	-0.0115	-0.023	-0.0359	0.362	-0.0917	0.0076	0.2852	-0.0664	0.0322	0.1605	0.0114	0.2095	9.8638	12.9201	19.158
10	2.3412	-0.3573	-1.3387	3.5691	3.5408	3.9888	-0.3587	-0.5389	-0.1174	0.9285	-0.3898	-0.7805	0.0029	0.7121	0.4587	0.4385	-0.0271	-0.1112	0.3011	0.0715	0.3513	19.8861	21.4201	27.6243
11	3.9153	5.7245	1.4904	9.8163	1.8643	5.3549	-0.0538	-0.4742	0.1433	0.3127	0.0696	2.0223	-0.3139	-0.2138	-0.0449	0.3734	0.0687	0.0719	0.3258	-0.0179	0.6598	10.985	54.7362	19.9418
12	0.0524	0.7528	0.9404	5.3348	6.8789	8.906	0.0156	0.0322	0.1206	-0.305	-0.1885	0.2593	-0.3438	-0.0744	0.2443	0.2399	0.0446	-0.0383	0.2431	-0.0756	0.2911	15.2007	50.6523	10.8962
13	6.495	-2.4313	4.8145	4.025	-2.4258	8.2712	0.0737	0.2231	-0.451	0.0095	0.0053	0.0437	0.5027	0.2019	-0.1233	0.1725	-0.0234	0.0633	0.1152	-0.0046	0.153	25.6413	30.743	10.4202
14	2.4376	0.257	0.2116	2.7365	0.1372	2.1447	0.0337	-0.3595	-0.0556	0.3207	-0.138	0.0941	0.0401	0.0827	0.0774	0.2006	-0.0292	0.0097	0.1984	0.0152	0.0898	24.7946	39.8137	21.0256
15	2.3402	-0.7589	0.0541	4.6033	0.0793	2.6345	-0.0552	-0.3435	0.1505	0.2487	-0.0436	-0.1705	-0.1277	0.0446	0.0742	0.1244	-0.0311	0.0033	0.1703	-0.0253	0.1237	26.3241	44.2977	21.8882
16	2.3907	1.0259	-1.4455	6.9335	-1.4574	6.3005	0.2893	-0.7052	0.5345	0.708	-0.0281	0.6639	-0.4273	-0.1439	-0.161	0.2643	-0.0123	0.0309	0.3038	-0.0451	0.2067	22.1711	43.7343	26.8688
17	2.074	-0.6666	-0.3965	3.7503	-0.124	2.3777	0.0011	0.0655	0.1875	-0.1843	0.0872	-0.0953	-0.1345	-0.011	-0.0786	0.1292	-0.0421	0.0094	0.1271	0.0104	0.1142	27.638	47.6282	9.1125
18	4.367	3.9843	4.5526	6.5211	4.376	4.8016	0.032	0.5779	-0.1524	-0.244	0.2711	-0.5326	0.0149	0.3333	-0.2415	0.2143	-0.0506	0.0646	0.2915	-0.003	0.2119	32.0157	41.3701	2.4104
19	1.8925	-0.817	-0.3243	5.0129	1.0016	3.7802	-0.0333	-0.0362	0.2363	0.0377	0.0616	-0.6156	-0.0299	0.5271	-0.0612	0.0979	-0.0065	0.0059	0.2754	0.0064	0.2435	39.3691	41.0346	9.0123
20	5.4782	0.4949	0.7199	4.5728	-0.0788	2.163	-0.2623	0.7819	-1.0491	-0.2678	0.0726	0.3911	0.8271	-0.176	0.2924	0.3561	-0.0008	0.0661	0.3256	-0.062	0.3207	29.753	29.2942	1.5526
21	6.5583	3.7656	0.0262	8.1028	3.0825	5.4886	-0.7108	1.1216	1.9088	-1.1666	0.7121	-0.547	-0.4901	-0.1333	-0.0131	0.4163	-0.0757	-0.1067	0.4679	0.223	0.6931	-1.2704	41.042	6.3182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 21 through 35 )	B	21 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 36 through 56 )	B	36 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 57 through 71 )	B	57 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 72 through 90 )	B	72 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 91 through 101 )	B	91 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 102 through 112 )	B	102 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 113 through 135 )	B	113 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 136 through 145 )	B	136 - 145
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 146 through 170 )	B	146 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 171 through 180 )	B	171 - 180
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 4 through 20 )	A	4 - 20
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 21 through 35 )	A	21 - 35
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 36 through 55 )	A	36 - 55
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 56 through 71 )	A	56 - 71
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 72 through 90 )	A	72 - 90
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 91 through 101 )	A	91 - 101
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 102 through 135 )	A	102 - 135
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 136 through 145 )	A	136 - 145
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 146 through 170 )	A	146 - 170
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 171 through 181 )	A	171 - 181
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 5 through 20 )	B	5 - 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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