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- PDB-6okg: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okg
タイトルCrosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabF, and C16-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
要素
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
  • Acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE / Thiolase / ketosynthase / KS / AcpP
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / response to cold ...fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MU4 / Acyl carrier protein / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mindrebo, J.T. / Kim, W.E. / Bartholow, T.G. / Chen, A. / Davis, T.D. / La Clair, J. / Burkart, M.D. / Noel, J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM095970-06 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Gating mechanism of elongating beta-ketoacyl-ACP synthases.
著者: Mindrebo, J.T. / Patel, A. / Kim, W.E. / Davis, T.D. / Chen, A. / Bartholow, T.G. / La Clair, J.J. / McCammon, J.A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3384
ポリマ－51,7352
非ポリマー6032
水3,369187
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6768
ポリマ－103,4704
非ポリマー1,2054
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area10090 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area32630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.890, 86.890, 113.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

21A-735-

HOH

31A-761-

HOH

41A-770-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / Beta-ketoacyl-ACP synthase II / KAS II


分子量: 43089.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fabF, fabJ, b1095, JW1081 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MU4 / N-[2-(hexadecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 579.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H54N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 % / 解説: Orange Rods
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 % PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→86.89 Å / Num. obs: 20047 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 27.25 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.368 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.378 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 382501 / Scaling rejects: 2023
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.3-2.3819.82.39919280.5970.5442.461
8.91-86.89170.0614250.9990.0150.063

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GFW was used as the search model for FabF, 2FAC was used as the search model for AcpP

2gfw

2fac


解像度: 2.3→69.045 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 997 5 %
Rwork0.1938 18956 -
obs0.1955 19953 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.73 Å2 / Biso mean: 31.8894 Å2 / Biso min: 14.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→69.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3602 0 77 187 3866
Biso mean--33.18 31.91 -
残基数----487
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3001-2.42130.29431400.275726552795
2.4213-2.57310.25961390.239126442783
2.5731-2.77170.29331410.242626702811
2.7717-3.05070.32461410.220526762817
3.0507-3.49210.2221410.189326982839
3.4921-4.39960.17371430.156327212864
4.3996-69.07590.19361520.163328923044
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.896-0.02090.17730.5925-0.20871.06040.0771-0.0469-0.17150.1451-0.06950.11340.1319-0.04130.02270.2396-0.00240.01840.1411-0.02550.1366-8.8825-9.225-11.6393
23.87142.40590.96911.49020.48511.01410.0339-0.50310.34240.2042-0.19630.2619-0.1223-0.01480.14750.27330.02370.02990.2228-0.07360.2678-4.69985.3442-8.8184
30.8785-0.68930.58221.6897-0.41542.1027-0.0229-0.09350.1290.12150.0039-0.0092-0.08-0.0327-0.00490.1272-0.01770.00880.1515-0.01920.18411.93774.7607-17.8517
40.54980.0970.04420.44110.19230.63750.00810.08320.02710.05070.00640.0360.10360.0047-0.03240.21530.0221-0.00390.17130.00680.1985-1.7804-6.8396-20.8416
51.72350.0354-0.02410.95850.01941.0840.06270.1285-0.2080.0109-0.03560.03720.2536-0.0319-0.03780.2641-0.0095-0.00650.1362-0.00030.1918-3.408-20.9355-21.3374
65.5366-1.81210.65312.11960.03772.23390.31020.0522-0.316-0.077-0.2339-0.00380.5492-0.3019-0.14180.3559-0.0677-0.02050.15940.05020.2997-13.8324-27.7417-14.4919
72.5940.6741-1.75424.3583-0.07762.12150.1163-0.23490.1342-0.0459-0.0252-0.10340.19660.03190.07380.20750.0053-0.020.1438-0.00380.20710.0483-21.7033-22.0372
82.1733-1.6643-1.32232.04491.59139.48190.39290.93470.9465-0.1388-0.3509-0.2156-1.3576-1.00260.01040.43650.06180.01520.48170.08570.3909-28.50283.8775-51.5203
98.89180.62933.9243.2833-0.9662.22140.24650.86460.0374-1.34060.60790.26230.8163-1.1366-0.70230.5049-0.0952-0.04170.77910.04210.3521-23.1027-2.6043-58.2074
105.6384-0.36592.04653.3639-0.11016.9833-0.21660.2409-0.0447-0.08320.49440.1576-0.2164-0.4393-0.2340.2341-0.028-0.00360.30710.06750.2616-26.029-3.3042-45.2918
114.3822.14640.98787.60383.26949.0086-0.1008-0.38930.15790.4903-0.20941.1101-0.3889-1.84640.21180.40740.00250.07050.92310.07110.4795-35.5289-0.1695-40.9942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 48 )A2 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 71 )A49 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 72 through 138 )A72 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 222 )A139 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 223 through 359 )A223 - 359
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 360 through 391 )A360 - 391
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 392 through 412 )A392 - 412
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 16 through 21 )B16 - 21
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 22 through 50 )B22 - 50
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 51 through 77 )B51 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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