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- PDB-6okf: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okf
タイトルCrosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C16-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
要素
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
  • Acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSPORT PROTEIN / Thiolase fold / fatty acid synthase / ketosynthase / beta-Ketoacyl-ACP Synthase / KS / AcpP / TRANSFERASE-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus ...monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MRJ / Acyl carrier protein / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mindrebo, J.T. / Kim, W.E. / Bartholow, T.G. / Chen, A. / Davis, T.D. / La Clair, J. / Burkart, M.D. / Noel, J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM095970-06 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Gating mechanism of elongating beta-ketoacyl-ACP synthases.
著者: Mindrebo, J.T. / Patel, A. / Kim, W.E. / Davis, T.D. / Chen, A. / Bartholow, T.G. / La Clair, J.J. / McCammon, J.A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
C: Acyl carrier protein
D: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6978
ポリマ－102,6034
非ポリマー1,0934
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area31280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.939, 100.781, 79.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / Beta-ketoacyl-ACP synthase I / KAS I


分子量: 42656.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fabB, fabC, b2323, JW2320 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MRJ / N-[2-(dodecanoylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 523.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % / Mosaicity: 0.5 °
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.3 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→75.102 Å / Num. obs: 30131 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 45.42 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.66.40.83233840.910.3530.90698.6
9.01-60.226.20.0676810.9960.0290.07399.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G5X (FabB), 2FAC (AcpP)

1g5x

2fac


解像度: 2.5→75.102 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 1642 5.46 %
Rwork0.1764 --
obs0.1786 30073 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 192.04 Å2 / Biso mean: 65.1611 Å2 / Biso min: 25.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→75.102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7106 0 70 107 7283
Biso mean--72.16 49.75 -
残基数----960
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.57360.29121220.26322379250198
2.5736-2.65660.291350.23732343247898
2.6566-2.75160.28551310.23552326245798
2.7516-2.86180.30041350.22092346248199
2.8618-2.9920.2691390.22122347248698
2.992-3.14980.29461450.22232358250398
3.1498-3.34710.24021340.19112375250999
3.3471-3.60550.20291610.17882353251499
3.6055-3.96840.21291530.162359251299
3.9684-4.54250.16741250.14742402252799
4.5425-5.72280.20421120.15182411252399
5.7228-75.1360.17561500.14682432258299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00190.20691.29671.65620.01181.78820.20510.175-0.1275-0.1626-0.1436-0.25680.18250.2457-0.08440.22540.0440.01160.4391-0.01980.406760.2281-9.564586.3197
23.12991.1662.40777.15634.49454.59590.2502-0.2342-0.55270.21580.06820.06580.37040.0501-0.27320.2732-0.0319-0.02110.52670.0820.37948.8725-17.850494.2665
33.1337-0.28970.91661.5417-0.29692.29320.0847-0.04370.0347-0.0550.03150.05970.07270.0402-0.09130.1752-0.0127-0.00490.3940.00790.353850.4029-4.512287.5684
44.2118-0.85430.17072.658-0.56772.2421-0.09490.7080.5888-0.3553-0.05590.0728-0.1347-0.00640.12110.2849-0.05030.01880.46960.10450.510951.81848.277777.5478
53.0888-0.61110.38171.1924-0.95290.76110.3411-0.778-1.0703-0.26980.19180.84060.522-0.60930.00750.2692-0.232-0.24950.94610.29860.76621.9001-21.095993.7693
63.8146-0.6150.71435.75920.70451.970.1183-0.0304-0.1518-0.33310.0430.52670.1725-0.2863-0.12630.2282-0.0394-0.02820.48240.14020.363324.695-7.480881.3075
72.6205-1.2831-0.27793.7157-3.10983.44180.18750.9297-0.3417-0.94690.04760.16920.5419-0.8058-0.33030.53550.0491-0.07030.6057-0.10280.615241.5437-23.305872.3683
81.6934-0.02740.18371.21380.111.6910.0929-0.35190.02440.04530.11-0.12760.0725-0.1603-0.17920.21880.0064-0.01060.55350.0120.407932.9109-4.621888.3514
93.85921.2227-1.1273.11820.28223.85250.1906-1.1187-1.2809-0.07020.32960.56520.7246-0.0135-0.30720.4581-0.1419-0.20220.74390.40370.992531.1433-30.427999.5356
101.61620.68570.9821.6418-0.75882.2515-0.026-0.8762-0.16550.39770.03940.1099-0.1003-0.38980.00240.2962-0.00090.08751.0680.0540.481528.92-5.0326104.7051
113.08182.11360.04182.11990.48462.09590.2795-1.1237-0.52750.64350.17240.20130.2987-0.4535-0.33130.4584-0.0290.00131.19710.34150.615824.7228-15.1142108.823
129.2047-4.6356-3.95947.92543.07515.6726-0.1050.6170.6649-1.10140.3171-1.15610.52771.1721-0.21580.7763-0.08640.01861.24490.19670.578964.4494-37.6042102.8336
136.686-3.0232-0.80286.26032.18165.19290.1885-0.3433-1.1287-0.86290.1481.21140.17110.2978-0.10870.7114-0.0685-0.20180.6060.33160.906854.3481-37.2139102.9368
143.08540.83624.66146.94991.90317.1040.7284-0.5757-1.562-1.46720.17942.3631.6365-1.2382-0.66240.9583-0.1721-0.32311.00960.4241.361951.9656-45.8855104.9615
158.7358-5.4174-3.88237.3570.90232.2906-0.54011.3391-1.0942-0.4676-0.98811.46570.1624-2.73631.40470.8227-0.1125-0.00591.5874-0.22191.173426.3954-19.658152.749
166.6607-0.1078-4.80042.069-1.05364.0790.5311-0.10330.7402-0.9063-0.23051.84570.1954-1.4735-0.30971.01810.1423-0.2051.71010.18131.38720.0794-11.893955.2321
172.0286-0.8314-2.3658.2041-0.85437.821-0.20872.3354-0.0239-2.0791-0.14671.1809-1.5860.30650.40431.00840.125-0.13511.34830.1340.71129.4247-6.702253.9355
189.15132.2515-0.04632.02111.28922.0296-0.40420.1198-1.7058-0.82350.0572-0.48220.5791-0.65180.27470.937-0.04770.15040.8645-0.11770.837136.8795-20.131958.4153
194.72760.07654.32735.309-2.28745.02540.21292.16310.076-0.36080.43950.10170.23560.8652-0.44091.1950.10480.07641.30150.04980.866838.7996-16.710248.8368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 85 )A2 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 128 )A86 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 264 )A129 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 265 through 404 )A265 - 404
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 52 )B2 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 109 )B53 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 110 through 132 )B110 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 133 through 194 )B133 - 194
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 195 through 233 )B195 - 233
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 234 through 302 )B234 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 303 through 404 )B303 - 404
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 21 )C1 - 21
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 22 through 55 )C22 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 56 through 77 )C56 - 77
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 15 )D1 - 15
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 16 through 21 )D16 - 21
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 22 through 35 )D22 - 35
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 36 through 55 )D36 - 55
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 56 through 77 )D56 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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