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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojm
タイトルCrystal structure of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase Elizabethkingia anophelis NUHP1
要素1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
キーワードLYASE / SSGCID / Structural Genomics / DHNA-CoA synthase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
C: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
E: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5006
ポリマ-192,5006
非ポリマー00
26,1041449
1
A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

A: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5006
ポリマ-192,5006
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area38020 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area48000 Å2
手法PISA
2
C: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

C: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

C: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5006
ポリマ-192,5006
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area35350 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area47620 Å2
手法PISA
3
E: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

E: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

E: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5006
ポリマ-192,5006
非ポリマー00
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area38070 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area48050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.490, 138.490, 141.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-70-

ASP

21A-493-

HOH

31A-516-

HOH

41A-542-

HOH

51A-555-

HOH

61A-557-

HOH

71B-493-

HOH

81B-526-

HOH

91B-535-

HOH

101B-536-

HOH

111C-473-

HOH

121C-508-

HOH

131C-509-

HOH

141C-518-

HOH

151C-519-

HOH

161D-474-

HOH

171D-507-

HOH

181D-515-

HOH

191D-516-

HOH

201E-483-

HOH

211E-506-

HOH

221E-535-

HOH

231E-549-

HOH

241E-550-

HOH

251E-551-

HOH

261F-467-

HOH

271F-487-

HOH

281F-493-

HOH

291F-508-

HOH

301F-543-

HOH

311F-556-

HOH

321F-557-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase


分子量: 32083.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: menB, BD94_2634 / プラスミド: ElanA.01530.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A077EJG6, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1449 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, C7: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: ElanA. ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, C7: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: ElanA.01530.a.B1.PW38414 at 20.1 mg/ml: cryo: direct: tray 298241c7: puck uya9-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.876 Å / Num. obs: 204876 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.191 % / Biso Wilson estimate: 23.947 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 21.94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.646.250.53.46149870.8870.54599.4
1.64-1.696.2550.4144.2146310.9140.45199.5
1.69-1.746.2540.3455.01142830.9410.37699.7
1.74-1.796.2580.2766.36137960.9610.30199.6
1.79-1.856.2630.2247.96134720.9720.24499.7
1.85-1.916.2370.17310.26129840.9850.18899.8
1.91-1.986.2090.13712.95126150.9910.1599.9
1.98-2.076.2080.10916.01121290.9940.11999.9
2.07-2.166.1830.08719.9116620.9960.09599.9
2.16-2.266.160.07223.41111010.9990.07999.9
2.26-2.396.1920.06127.28106220.9980.066100
2.39-2.536.2150.05429.99100420.9980.05999.9
2.53-2.76.1920.04833.794540.9980.05299.9
2.7-2.926.1940.03939.5587750.9990.04399.9
2.92-3.26.1490.03245.4681560.9990.03599.9
3.2-3.586.0750.02752.4173420.9990.0399.8
3.58-4.136.0160.02458.2365300.9990.02699.6
4.13-5.065.9920.02261.91551310.02499.4
5.06-7.165.9810.02357.5543390.9990.02699.4
7.16-43.8765.6910.02160.9324430.9990.02497.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3t8a, chain A
解像度: 1.6→43.876 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1753 1983 0.97 %0
Rwork0.145 ---
obs0.1453 204839 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.18 Å2 / Biso mean: 21.7539 Å2 / Biso min: 3.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→43.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12518 0 0 1470 13988
Biso mean---32.73 -
残基数----1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9117833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5517873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062348
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.23011510.1916143001445199
1.64-1.68440.21781550.1721143441449999
1.6844-1.73390.17051470.16031437814525100
1.7339-1.78990.21761620.15361432914491100
1.7899-1.85390.18231260.1521440914535100
1.8539-1.92810.19131570.15291442314580100
1.9281-2.01590.20731150.14431448014595100
2.0159-2.12210.16561510.14281444514596100
2.1221-2.25510.18891380.14151446514603100
2.2551-2.42920.17891580.14251452414682100
2.4292-2.67360.16131370.14631457614713100
2.6736-3.06040.17971100.14451460014710100
3.0604-3.85550.15571310.13381467014801100
3.8555-43.8920.15871450.1412149131505899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07750.1128-0.20852.95310.5321.6240.0141-0.02940.15570.10970.0213-0.2879-0.0550.1987-0.03470.08060.0084-0.03240.1732-0.0220.1934-38.623540.680116.3831
20.9264-0.4958-0.86582.59111.26033.49220.15750.62330.4198-0.5470.205-0.4183-0.75140.4412-0.30770.295-0.09630.07180.3910.05570.3092-43.893152.645811.7193
30.5698-0.14580.06240.6173-0.07310.56450.0002-0.02590.010.03940.0205-0.05450.01270.078-0.02070.07030.0023-0.00310.0941-0.00630.1055-55.154239.504914.6638
44.19250.8216-2.25043.5696-0.97234.6991-0.23310.2522-0.5758-0.19890.1804-0.30070.43740.27370.12130.33150.0777-0.02990.1828-0.07210.3062-55.831510.1761-14.3324
52.4706-0.36360.05894.45370.39231.12130.0350.13340.1174-0.2205-0.0633-0.5096-0.04870.39070.00780.129-0.01340.05220.3023-0.04620.2281-34.204742.554-19.6042
62.1473-0.4929-0.11534.5966-0.39192.07120.01160.1317-0.1959-0.30610.0488-0.17190.22080.2678-0.03910.11890.02220.00920.2435-0.04610.1831-39.985433.5662-21.0987
71.4984-0.13210.04732.9856-0.13581.64460.0147-0.09960.07740.17670.0266-0.1817-0.04530.2519-0.05390.1058-0.00220.01910.2428-0.0290.1762-40.650841.6998-12.1476
81.512-0.1163-0.23461.8437-0.03392.1348-0.0266-0.0579-0.34160.06830.0133-0.08860.43130.379-0.00550.14180.0598-0.00940.2077-0.00130.2289-44.202528.5091-12.9977
91.06550.4338-0.18670.95080.11970.7865-0.01790.1344-0.0633-0.12130.0455-0.06180.03810.0614-0.02640.11160.01050.00490.1294-0.01610.1025-57.191133.4333-21.5118
101.4699-1.9155-1.88246.35775.7815.52040.08130.11110.0688-0.42790.0975-0.2838-0.32840.2273-0.19620.1693-0.02820.04640.18520.01680.1496-47.805350.2481-26.7384
110.7728-1.153-0.53672.09970.01552.53050.0305-0.06510.11790.07550.0181-0.1441-0.24250.1824-0.05490.093-0.01730.00070.1137-0.01040.1098-56.219251.7868-3.8228
126.7596-1.87523.38753.8444-0.66347.4532-0.19880.190.3393-0.03950.1701-0.5628-0.340.8330.10370.2297-0.08520.03610.2669-0.04780.3187-50.009667.591110.8812
136.2358-3.45554.02782.031-2.56453.6969-0.4122-0.09350.58170.2720.1998-0.2334-0.56510.09020.21790.2807-0.04370.01660.1574-0.04670.2364-59.115770.935112.9369
143.0652-0.6182-0.64212.84490.99362.09040.12710.0130.171-0.00290.0139-0.4072-0.24320.2557-0.09810.2288-0.07830.03250.14450.01740.2163-52.925265.027853.6787
150.691-0.1309-0.01410.8541-0.14450.91550.0268-0.00160.07720.01520.02230.031-0.1705-0.021-0.0570.1325-0.00660.01090.0948-0.00010.1073-66.777754.418958.8371
163.8283-1.18070.50022.8818-0.37511.3533-0.0608-0.12760.3575-0.02410.0473-0.1306-0.31170.10090.01430.2713-0.08970.02210.1601-0.0430.1873-54.900167.006586.349
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181.09240.1593-0.05410.254-0.03710.6840.0318-0.12870.06520.06270.0034-0.0206-0.12450.0241-0.03320.1865-0.01060.0050.1384-0.02080.116-65.145754.204990.3429
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213.18140.54860.18833.3021-0.21581.03770.0829-0.2380.06860.23550.00680.3836-0.1026-0.1922-0.05670.15530.05630.09060.2185-0.0020.1716-27.880315.679954.2371
221.96870.4760.01991.6759-0.21230.92970.0044-0.09010.04090.07970.05430.2909-0.0776-0.1435-0.08120.12920.05890.06430.1870.00720.1904-25.313913.731350.3397
232.3079-0.11270.20522.144-1.88696.48830.38730.4627-0.2735-0.35290.15950.53250.2791-0.701-0.51840.2060.0415-0.04110.37450.02490.295-27.94432.215148.0069
240.4867-0.1997-0.15121.0165-0.00950.69710.0022-0.1346-0.00760.15240.03340.0707-0.0102-0.0991-0.0350.1140.00850.02460.14840.01460.0913-14.10411.690253.4109
251.89981.1688-1.58941.6524-1.15671.77990.121-0.26020.17760.3474-0.0530.1672-0.2543-0.0242-0.08610.22760.03780.05290.2027-0.04920.1439-12.747819.884760.07
261.0670.4704-0.22070.32950.28541.67270.0398-0.00870.1911-0.03770.0144-0.0146-0.2874-0.0428-0.06010.12930.0160.02270.0898-0.00060.1117-4.901917.414237.1449
277.6904-2.85842.60634.6574-0.98574.2926-0.04220.37840.6192-0.00080.027-0.0784-0.3695-0.05190.01550.2723-0.01720.05250.11150.03360.2413.638932.450721.585
284.0119-0.2211-1.16641.9865-1.59761.7438-0.00070.03370.1975-0.1465-0.11540.6218-0.0263-0.33120.09770.09270.0644-0.02050.18060.03310.2137-32.506716.073315.5524
291.81070.5828-0.04223.35740.2341.4313-0.0238-0.04810.1369-0.04190.04630.1288-0.0879-0.1155-0.02780.06960.04980.00230.12940.0210.1362-24.771515.623719.7477
301.1317-0.0004-0.00221.24780.11091.23790.0155-0.09160.32720.14010.0711-0.0545-0.5157-0.0539-0.07890.21860.04050.03050.1278-0.01540.2279-15.748822.70523.3382
310.96980.18670.07260.4304-0.01920.47150.01420.09340.0372-0.04210.00980.0254-0.0531-0.0374-0.0180.09960.01450.00450.10120.0110.1015-10.06179.955713.5789
320.0846-0.22720.32572.05560.00061.79810.0238-0.0948-0.07090.0631-0.01340.16530.1208-0.2518-0.0280.0763-0.00480.00810.11860.01490.0979-17.2001-3.580832.2154
335.55560.0373-1.68932.7728-0.19473.2494-0.0584-0.0767-0.29310.48480.330.7030.0021-0.7238-0.19530.2597-0.03390.04790.44980.18040.35-26.9816-18.563947.8322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 73 )A1 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 99 )A74 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 252 )A100 - 252
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 253 through 278 )A253 - 278
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 19 through 36 )B19 - 36
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 37 through 63 )B37 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 64 through 109 )B64 - 109
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 110 through 199 )B110 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 200 through 218 )B200 - 218
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 219 through 252 )B219 - 252
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 253 through 264 )B253 - 264
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 265 through 278 )B265 - 278
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 99 )C1 - 99
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 100 through 278 )C100 - 278
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 63 )D1 - 63
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 64 through 99 )D64 - 99
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 100 through 218 )D100 - 218
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 219 through 252 )D219 - 252
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 253 through 278 )D253 - 278
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 36 )E1 - 36
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 37 through 73 )E37 - 73
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 74 through 99 )E74 - 99
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 100 through 199 )E100 - 199
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 200 through 218 )E200 - 218
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 219 through 252 )E219 - 252
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 253 through 278 )E253 - 278
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 1 through 12 )F1 - 12
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 13 through 63 )F13 - 63
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 64 through 109 )F64 - 109
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 110 through 218 )F110 - 218
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 219 through 252 )F219 - 252
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 253 through 278 )F253 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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