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Yorodumi- PDB-6ojm: Crystal structure of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase Eliza... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ojm | ||||||
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Title | Crystal structure of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase Elizabethkingia anophelis NUHP1 | ||||||
Components | 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase | ||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / Structural Genomics / DHNA-CoA synthase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis NUHP1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase Elizabethkingia anophelis NUHP1 Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ojm.cif.gz | 661.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ojm.ent.gz | 544.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ojm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ojm_validation.pdf.gz | 252.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ojm_full_validation.pdf.gz | 252.8 KB | Display | |
Data in XML | 6ojm_validation.xml.gz | 1.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6ojm_validation.cif.gz | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3t8aS S: Starting model for refinement |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32083.297 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (bacteria) Gene: menB, BD94_2634 / Plasmid: ElanA.01530.a.B1 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A077EJG6, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Molecular Dimensions Morpheus screen, C7: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: ...Details: Molecular Dimensions Morpheus screen, C7: 10% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) glycerol, 30mM of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: ElanA.01530.a.B1.PW38414 at 20.1 mg/ml: cryo: direct: tray 298241c7: puck uya9-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→43.876 Å / Num. obs: 204876 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.191 % / Biso Wilson estimate: 23.947 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 21.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3t8a, chain A Resolution: 1.6→43.876 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.18 Å2 / Biso mean: 21.7539 Å2 / Biso min: 3.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→43.876 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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