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- PDB-6oiy: Structure of Escherichia coli bound to dGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oiy
タイトルStructure of Escherichia coli bound to dGTP
要素Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
キーワードmetal binding protein / hydrolase / dNTP Triphosphohydrolase / Metalloenzymes / E. coli dGTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleoside salvage / dGTPase / dGTPase activity / dGTP catabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / cobalt ion binding / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / GTPase activity / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phosphohydrolase-associated domain / dNTP triphosphohydrolase, type 1 / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, central domain superfamily / dNTP triphosphohydrolase / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / : / HD domain profile. / HD domain / HD domain ...Phosphohydrolase-associated domain / dNTP triphosphohydrolase, type 1 / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, central domain superfamily / dNTP triphosphohydrolase / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / : / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Barnes, C.O. / Wu, Y. / Calero, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112686 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM116642 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of dGTPase reveals the molecular basis of dGTP selectivity.
著者: Barnes, C.O. / Wu, Y. / Song, J. / Lin, G. / Baxter, E.L. / Brewster, A.S. / Nagarajan, V. / Holmes, A. / Soltis, S.M. / Sauter, N.K. / Ahn, J. / Cohen, A.E. / Calero, G.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
B: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
C: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
D: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
E: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
F: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,19818
ポリマ－356,8256
非ポリマー3,37312
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26850 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area105590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.176, 192.176, 299.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase / dGTPase


分子量: 59470.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dgt, b0160, JW0156 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15723, dGTPase
#2: 化合物
ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0 and 1.6 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→48 Å / Num. obs: 85237 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 115 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5772 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.29→46.87 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1970 2.35 %
Rwork0.205 --
obs0.206 83729 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24513 0 192 12 24717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01325316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39934278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.44915121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2939-3.37620.33791130.33644571X-RAY DIFFRACTION78
3.3762-3.46750.36051390.32225772X-RAY DIFFRACTION99
3.4675-3.56950.30961410.31175871X-RAY DIFFRACTION100
3.5695-3.68470.33161410.30595853X-RAY DIFFRACTION100
3.6847-3.81630.31751410.26775862X-RAY DIFFRACTION100
3.8163-3.9690.27411420.24415882X-RAY DIFFRACTION100
3.969-4.14960.26171410.23825889X-RAY DIFFRACTION100
4.1496-4.36820.24151430.21365915X-RAY DIFFRACTION100
4.3682-4.64160.23051420.18295923X-RAY DIFFRACTION100
4.6416-4.99970.21241440.18435929X-RAY DIFFRACTION100
4.9997-5.50210.24631440.19995971X-RAY DIFFRACTION100
5.5021-6.29660.26541430.21785981X-RAY DIFFRACTION100
6.2966-7.92690.31221460.21486071X-RAY DIFFRACTION100
7.9269-46.87340.18361500.16696269X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17082.22320.11663.3619-0.1651.3619-0.02370.27050.0099-0.05720.0104-0.07010.21070.17630.00021.18060.0556-0.01081.46440.04251.330459.489136.825222.3078
20.97380.0143-0.49192.22580.66691.29480.4517-0.5935-0.48690.84520.875-1.7990.48650.57910.08171.5001-0.2107-0.34132.51590.1321.361287.168947.539239.5066
32.88952.07360.2881.29170.00441.26720.1409-0.481-0.12340.1056-0.1932-0.21170.19150.3545-0.00011.17890.04850.03891.28520.11851.385854.380230.99231.062
4-0.10740.87141.68340.03710.59992.66310.1857-0.4195-0.31260.104-0.1534-0.17050.62940.0825-0.45251.67220.2012-0.1562.13840.21061.691473.88871.914171.8279
51.69651.48690.31828.09971.00491.6899-0.6085-0.34040.380.9902-0.07231.59460.1883-0.6578-0.96841.0836-0.13560.09941.75690.04761.106250.599211.022694.7178
61.1903-1.01010.43372.29880.90021.56760.2291-0.2501-0.21780.3633-0.2575-0.16180.1352-0.3185-0.00051.58470.0903-0.12341.80850.19651.604365.11438.320165.3965
71.40170.28862.30071.57730.03471.89350.9116-0.3642-0.4160.786-0.47920.55030.13690.1840.09861.19550.12440.21091.38970.16861.439110.285318.675669.1914
80.7806-0.08560.6172-0.23150.50861.36750.3817-0.8324-0.33060.6558-0.20150.0042-0.2693-0.3516-0.00091.2389-0.05740.07321.35370.33341.67940.146624.750463.5228
90.8907-3.1492-1.48152.23721.05161.68240.13820.1725-0.1838-0.4384-0.12160.01920.1957-0.4538-0.00021.23230.00590.02951.13750.04481.32417.82348.312652.9143
103.06764.82773.8319.01546.58014.66960.4078-0.78132.4316-0.7683-0.96951.6414-1.1148-1.1416-1.69891.42450.05820.12141.25780.17281.524210.999745.33943.8392
111.4908-0.1031-1.19310.6788-0.48360.53430.3381-0.10540.3625-0.6636-0.4037-0.1192-0.23810.355301.405-0.03270.1431.55910.01761.77265.436130.263748.5082
124.4806-0.38970.41931.42490.07932.62050.5502-0.6179-0.84460.1443-0.1856-0.1349-0.0031-0.12630.00041.29010.00310.01871.6160.1371.690935.53467.393461.2368
13-0.00530.0937-0.18420.28980.14290.28311.1878-0.60220.5280.3534-1.12280.43172.99791.1368-0.00042.6112-0.2078-0.23343.08910.07991.725877.317220.0629103.6449
140.10890.4277-0.06321.1967-0.0756-0.0027-0.66640.251.04920.22450.1631-0.7976-0.99690.95480.00071.9753-0.1446-0.22422.6860.35372.121775.139425.910380.3496
15-0.0014-0.14560.13690.0283-0.10970.2494-1.68391.33011.1484-0.59940.7837-0.55841.07171.1736-0.01322.1569-0.3118-0.82862.82950.27652.156688.294321.060996.3309
16-0.4298-0.02140.1871.3223-1.54291.63130.21930.3080.4889-0.4015-0.54871.00830.92010.554801.8757-0.3093-0.10782.0547-0.1561.713663.490854.083293.145
170.294-0.22710.64431.47490.20720.50240.45-0.040.44680.35190.203-0.82980.14030.55601.9134-0.2019-0.24212.56640.13071.980879.892936.279885.6745
181.6415-0.328-0.60850.822-0.29570.314-0.635-0.35870.28110.61770.0434-0.1219-0.32830.69450.00141.83210.0339-0.4842.61860.00292.098189.952533.336878.7389
190.4497-0.5360.5380.4409-0.55710.5517-0.40450.4144-0.2126-0.99610.0302-0.1262-0.08850.97080.00061.823-0.0865-0.02611.735-0.07991.649158.381845.774377.1788
200.33260.2073-0.10880.37160.08150.0576-0.1303-1.084-0.77910.55720.7203-0.1833-0.5240.9784-0.00021.8919-0.1388-0.10692.5646-0.03241.423447.030141.921197.9576
210.7268-0.62280.20420.2719-0.13720.19790.3822-0.5217-0.03320.5469-0.0541-0.17490.4417-0.1313-0.00011.7118-0.1628-0.07852.28520.14541.628255.015841.413886.4861
220.9268-0.32210.38330.00790.12740.75350.62671.01280.2062-0.14160.16050.2431-0.5538-1.73520.00171.49790.2640.32091.62450.26671.9206-2.534844.237369.8748
230.5216-0.0174-1.19191.3591.70283.46660.0584-0.3885-0.49820.6958-0.1949-0.37250.0860.5765-0.00011.34630.01490.04731.46380.12831.47910.156533.286276.4112
240.92111.64780.452.26241.32761.69770.3052-0.09110.17130.21250.2056-0.3335-0.160.334201.2266-0.15820.20671.2789-0.20361.549519.005356.653482.1548
251.53991.29820.9391.2736-0.38061.18510.3428-0.29060.06740.8698-0.5943-0.49590.15510.3365-0.00011.6844-0.07370.07751.9860.22751.792718.494626.011489.8686
261.28080.21190.20330.148-0.10020.00120.5166-0.184-0.93450.7066-0.2282-0.57880.24490.96730.0021.4955-0.3403-0.07781.85380.24882.021738.400448.204575.4554
270.5991-0.45380.84360.0561-0.16781.223-0.0152-0.46381.4609-0.03670.3333-0.39440.13050.2220.00071.5997-0.13990.12641.8119-0.09482.329327.675565.390762.4868
280.0168-0.30080.19490.7034-0.57630.27770.46760.75480.313-0.7039-0.0581-0.91440.2829-0.28910.00021.4603-0.21470.24571.6437-0.08091.628531.322353.716869.0826
290.6860.1449-0.67610.5232-0.10120.5168-0.7484-0.28520.135-0.25430.08-0.83060.25170.2328-0.00021.4263-0.0617-0.00661.5554-0.01931.728673.314968.304129.2928
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310.03110.09520.10170.54820.48220.35560.92960.0079-0.2178-0.4959-0.47720.2615-0.44081.06180.00051.43420.18050.03781.49160.11061.57462.65869.884423.7127
32-0.0755-0.1278-0.26970.24410.63070.3204-0.0053-0.7997-0.05040.6336-0.39720.35090.0225-0.69440.00021.8889-0.37410.01982.1598-0.33561.642557.568673.827663.5801
331.01980.7353-0.53870.90190.21981.57080.2821-0.56750.76650.685-0.2696-0.3849-1.0542-0.01620.00031.68610.05360.10881.4692-0.02291.606461.997374.419745.0059
340.6273-0.1525-0.25690.68940.4080.4973-0.3083-0.32510.6375-0.1982-0.6530.9407-0.4262-0.575-0.00071.413-0.3213-0.14972.16470.1171.932335.969158.506232.2295
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 298 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 299 THROUGH 329 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 330 THROUGH 504 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 271 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 272 THROUGH 328 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 329 THROUGH 504 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 65 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 66 THROUGH 116 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 117 THROUGH 282 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 283 THROUGH 327 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 328 THROUGH 393 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 394 THROUGH 504 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'D' AND (RESID 3 THROUGH 40 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 41 THROUGH 87 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 88 THROUGH 116 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 117 THROUGH 180 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 181 THROUGH 327 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 328 THROUGH 393 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 394 THROUGH 419 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 420 THROUGH 468 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 469 THROUGH 504 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND (RESID 3 THROUGH 40 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESID 41 THROUGH 116 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESID 117 THROUGH 260 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'E' AND (RESID 261 THROUGH 393 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'E' AND (RESID 394 THROUGH 419 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 420 THROUGH 468 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'E' AND (RESID 469 THROUGH 504 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'F' AND (RESID 3 THROUGH 40 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'F' AND (RESID 41 THROUGH 90 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'F' AND (RESID 91 THROUGH 116 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'F' AND (RESID 117 THROUGH 180 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 181 THROUGH 260 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'F' AND (RESID 261 THROUGH 327 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'F' AND (RESID 328 THROUGH 354 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'F' AND (RESID 355 THROUGH 393 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'F' AND (RESID 394 THROUGH 419 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'F' AND (RESID 420 THROUGH 504 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る