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万見
- PDB-6oiw: Structure of Escherichia coli dGTPase bound to dGTP-1-thiol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oiw
タイトルStructure of Escherichia coli dGTPase bound to dGTP-1-thiol
要素Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
キーワードmetal binding protein / hydrolase / dNTP Triphosphohydrolase / Metalloenzyme / XFEL / E. coli dGTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleoside salvage / dGTPase / dGTPase activity / dGTP catabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / cobalt ion binding / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / GTPase activity / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phosphohydrolase-associated domain / dNTP triphosphohydrolase, type 1 / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, central domain superfamily / dNTP triphosphohydrolase / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / : / HD domain profile. / HD domain / HD domain ...Phosphohydrolase-associated domain / dNTP triphosphohydrolase, type 1 / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase, central domain superfamily / dNTP triphosphohydrolase / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / : / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate) / Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Barnes, C.O. / Wu, Y. / Calero, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112686 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM116642 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of dGTPase reveals the molecular basis of dGTP selectivity.
著者: Barnes, C.O. / Wu, Y. / Song, J. / Lin, G. / Baxter, E.L. / Brewster, A.S. / Nagarajan, V. / Holmes, A. / Soltis, S.M. / Sauter, N.K. / Ahn, J. / Cohen, A.E. / Calero, G.
履歴
登録2019年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
B: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
C: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
D: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
E: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
F: Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,36721
ポリマ－356,8256
非ポリマー3,54215
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23850 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area106870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.240, 191.240, 298.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase / dGTPase


分子量: 59470.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dgt, b0160, JW0156 / Variant: K-12 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15723, dGTPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-T8T / 2'-deoxyguanosine-5'-O-(1-thiotriphosphate)


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0 and 1.6 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→48.6 Å / Num. obs: 80111 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 101.4 Å2 / Rsym value: 0.286 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.35→3.53 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 2.344 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 5813 / Rsym value: 2.344 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.388
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2451 3.07 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 79849 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 135.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.5374 Å20 Å20 Å2
2---6.5374 Å20 Å2
3---13.0748 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.408 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25054 0 195 24 25273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125858HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1635020HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9252SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes632HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3818HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25858HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3176SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31009SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 158 2.72 %
Rwork0.2369 5655 -
all0.2368 5813 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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