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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oi6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human Sulfide Quinone Oxidoreductase in complex with coenzyme Q (sulfide soaked) | |||||||||
要素 | Sulfide:quinone oxidoreductase, mitochondrial硫化物キノンレダクターゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 eukaryotic sulfide quinone oxidoreductase / glutathione-dependent sulfide quinone oxidoreductase activity / sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / Sulfide oxidation to sulfate / sulfide:quinone oxidoreductase activity / quinone binding / FAD binding / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Banerjee, R. / Cho, U.S. / Kim, H. / Moon, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019 タイトル: A Catalytic Trisulfide in Human Sulfide Quinone Oxidoreductase Catalyzes Coenzyme A Persulfide Synthesis and Inhibits Butyrate Oxidation. 著者: Landry, A.P. / Moon, S. / Kim, H. / Yadav, P.K. / Guha, A. / Cho, U.S. / Banerjee, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oi6.cif.gz | 328.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oi6.ent.gz | 275.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/6oi6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47005.930 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 42-450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SQOR, SQRDL, CGI-44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y6N5, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; キノンおよび類縁体が電子受容体 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12713 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50.98 Å / Num. all: 205379 / Num. obs: 38478 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.139 / Num. unique obs: 1642 / Rpim(I) all: 0.522 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→50.934 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→50.934 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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