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- PDB-6ohl: Crystal structure of Fusobacterium nucleatum flavodoxin bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ohl
タイトルCrystal structure of Fusobacterium nucleatum flavodoxin bound to flavin mononucleotide
要素Flavodoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / flavodoxin / reduction potential / flavin mononucleotide / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kolesnikov, M. / Murphy, M.E.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structural insight into the high reduction potentials observed for Fusobacterium nucleatum flavodoxin.
著者: Mothersole, R.G. / Macdonald, M. / Kolesnikov, M. / Murphy, M.E.P. / Wolthers, K.R.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8735
ポリマ－19,1331
非ポリマー7414
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.872, 118.872, 103.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Flavodoxin


分子量: 19132.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RFH4
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 42-46% PEG 600, 0.16-0.18 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 23672 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.831 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 235021
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.883.80.4929120.7890.2510.5560.70576.6
1.88-1.924.60.46110960.8370.220.5140.72592.1
1.92-1.955.90.41611660.9010.1790.4550.73798.1
1.95-1.998.10.38711910.9390.1430.4140.72199.9
1.99-2.0410.30.3811840.9650.1240.40.737100
2.04-2.0810.60.30312050.9760.0980.3190.759100
2.08-2.1410.80.28311940.9820.090.2970.781100
2.14-2.1910.80.25412020.9850.0810.2660.803100
2.19-2.2610.90.2311970.9890.0730.2410.829100
2.26-2.3310.90.20611850.990.0660.2170.815100
2.33-2.4110.90.18211950.9920.0580.1910.84100
2.41-2.51110.17311940.9930.0550.1810.862100
2.51-2.63110.14312140.9950.0450.150.855100
2.63-2.76110.13712000.9950.0430.1440.857100
2.76-2.94110.10711960.9960.0340.1120.9100
2.94-3.1611.10.08212090.9980.0260.0850.892100
3.16-3.4811.10.0612220.9990.0190.0630.924100
3.48-3.9911.10.04812090.9990.0150.0510.935100
3.99-5.02110.039123410.0120.0410.865100
5.02-5010.60.03712670.9990.0120.0380.81399.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.34 Å25.07 Å
Translation4.34 Å25.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→25.066 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1912 2000 8.45 %
Rwork0.1675 21667 -
obs0.1695 23667 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.46 Å2 / Biso mean: 22.8975 Å2 / Biso min: 10.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→25.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 56 145 1531
Biso mean--29.44 29.99 -
残基数----167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0241925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7891129
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.89620.27311160.22641252136881
1.8962-1.94750.25621390.20581505164496
1.9475-2.00480.23771420.195615371679100
2.0048-2.06940.23941450.172515801725100
2.0694-2.14340.21481420.169215471689100
2.1434-2.22910.21531450.177715661711100
2.2291-2.33050.21151440.175115661710100
2.3305-2.45330.19041450.171715621707100
2.4533-2.60680.19831440.172615601704100
2.6068-2.80790.20371460.186115801726100
2.8079-3.090.21071460.183915811727100
3.09-3.5360.18261450.167715761721100
3.536-4.4510.13951480.13815991747100
4.451-25.06830.1641530.144616561809100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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