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Yorodumi- PDB-6ohl: Crystal structure of Fusobacterium nucleatum flavodoxin bound to ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ohl | ||||||
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Title | Crystal structure of Fusobacterium nucleatum flavodoxin bound to flavin mononucleotide | ||||||
Components | Flavodoxin | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / flavodoxin / reduction potential / flavin mononucleotide / electron transfer | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Fusobacterium nucleatum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Kolesnikov, M. / Murphy, M.E.P. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2019 Title: Structural insight into the high reduction potentials observed for Fusobacterium nucleatum flavodoxin. Authors: Mothersole, R.G. / Macdonald, M. / Kolesnikov, M. / Murphy, M.E.P. / Wolthers, K.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ohl.cif.gz | 54.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ohl.ent.gz | 36.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ohl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ohl_validation.pdf.gz | 775 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ohl_full_validation.pdf.gz | 775.1 KB | Display | |
Data in XML | 6ohl_validation.xml.gz | 10.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6ohl_validation.cif.gz | 14 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohl | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19132.840 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fusobacterium nucleatum (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8RFH4 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.73 Å3/Da / Density % sol: 67.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 42-46% PEG 600, 0.16-0.18 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Sep 13, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 23672 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.831 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 235021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→25.066 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.46 Å2 / Biso mean: 22.8975 Å2 / Biso min: 10.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→25.066 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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