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- PDB-6oh6: Crystal structure of (E)-biformene synthase LrdC from Streptomyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oh6
タイトルCrystal structure of (E)-biformene synthase LrdC from Streptomyces sp. strain K155 in complex with Mg and PPi
要素Labdane-related diterpene synthase
キーワードLYASE / Bioactive natural products / biformene / diterpene synthase / labdatriene
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / terpene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYROPHOSPHATE / Terpene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Centeno-Leija, S. / Serrano-Posada, H.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CB-2016-01-285001 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)INFR-2017-01-280608 メキシコ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: The structure of (E)-biformene synthase provides insights into the biosynthesis of bacterial bicyclic labdane-related diterpenoids.
著者: Centeno-Leija, S. / Tapia-Cabrera, S. / Guzman-Trampe, S. / Esquivel, B. / Esturau-Escofet, N. / Tierrafria, V.H. / Rodriguez-Sanoja, R. / Zarate-Romero, A. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E. ...著者: Centeno-Leija, S. / Tapia-Cabrera, S. / Guzman-Trampe, S. / Esquivel, B. / Esturau-Escofet, N. / Tierrafria, V.H. / Rodriguez-Sanoja, R. / Zarate-Romero, A. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E. / Sanchez, S. / Serrano-Posada, H.
履歴
登録2019年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年4月17日ID: 5A0J
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Labdane-related diterpene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9019
ポリマ－37,2401
非ポリマー6618
水2,486138
1
A: Labdane-related diterpene synthase
ヘテロ分子

A: Labdane-related diterpene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,80318
ポリマ－74,4802
非ポリマー1,32316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.050, 107.050, 88.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Labdane-related diterpene synthase


分子量: 37240.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: STREPTOMYCES SP. STRAIN K155 WAS ISOLATED FROM SOIL FROM VALLE DE CHALCO, STATE OF MEXICO BY UNAM
由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: A0A158RFK9, EC: 4.2.3.193

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非ポリマー , 5種, 146分子

#2: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 0.08 M SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE PH 6.5, 16% (W/V) PEG 8000, 20% (V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月27日
放射モノクロメーター: SI-111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→46.354 Å / Num. obs: 36222 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 46.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.194 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2766 / CC1/2: 0.643 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LOW RESOLUTION SAD STRUCTURE

解像度: 2.07→46.354 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1867 5.16 %
Rwork0.2334 --
obs0.2344 36191 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.21 Å2 / Biso mean: 55.1848 Å2 / Biso min: 29.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→46.354 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2384 0 39 138 2561
Biso mean--63.49 58.77 -
残基数----311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.07-2.1260.33831190.316125972716
2.126-2.18850.31791480.275126222770
2.1885-2.25920.3021420.28226332775
2.2592-2.33990.32261550.262225922747
2.3399-2.43360.27791360.256626132749
2.4336-2.54440.25781560.25226032759
2.5444-2.67850.30581180.245326592777
2.6785-2.84630.27531310.244926332764
2.8463-3.0660.26061370.252426462783
3.066-3.37450.28851400.251726482788
3.3745-3.86260.24891620.222926522814
3.8626-4.86560.21991530.206426562809
4.8656-46.36560.23021700.220527702940

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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