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- PDB-6oh1: IgA1 Protease G5 domain structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oh1
タイトルIgA1 Protease G5 domain structure
要素Immunoglobulin A1 protease
キーワードHYDROLASE / IgA1 / Protease / G5 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA-specific metalloendopeptidase / cell wall / : / metalloendopeptidase activity / membrane => GO:0016020 / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. ...Peptidase M26, N-terminal domain / GLUG / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / The GLUG motif / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin A1 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Eisenmesser, E.Z. / Chi, Y.C. / Paukovich, N. / Redzic, J.S. / Rahkola, J.T. / Janoff, E.N.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Streptococcus pneumoniae G5 domains bind different ligands.
著者: Paukovich, N. / Redzic, J.S. / Chi, Y.C. / Rahkola, J.T. / Issaian, A. / Blue, A. / Hansen, K.C. / Janoff, E.N. / Eisenmesser, E.Z.
履歴
登録2019年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin A1 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5401
ポリマ－9,5401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 8structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin A1 protease / IgA1 protease / IgA-specific zinc metalloproteinase


分子量: 9539.762 Da / 分子数: 1 / 断片: G5 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: iga / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54875, IgA-specific metalloendopeptidase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D C(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.42 mM U-13C,15N, 2H IgA1P G5 domain, 100% D2O / Label: 15N, 13C, 2H sample / 溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 0.42 mM / 構成要素: IgA1P G5 domain / Isotopic labeling: U-13C,15N, 2H
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: Condition 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Direct DriveVarianDirect Drive9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 0 Å2 / Biso mean: 0 Å2 / Biso min: 0 Å2
NMR software
名称開発者分類
AnalysisCCPN精密化
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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