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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6of0
タイトルStructural basis for multidrug recognition and antimicrobial resistance by MTRR, an efflux pump regulator from Neisseria Gonorrhoeae
要素HTH-type transcriptional regulator MtrR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR family / Helix-turn-helix (HTH) / transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / HTH-type transcriptional regulator MtrR
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Beggs, G.A. / Kumaraswami, M. / Shafer, W. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R05 AI048593-09 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI109096-01A1 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1644868 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI021150-32 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Structural, Biochemical, and In Vivo Characterization of MtrR-Mediated Resistance to Innate Antimicrobials by the Human Pathogen Neisseria gonorrhoeae .
著者: Beggs, G.A. / Zalucki, Y.M. / Brown, N.G. / Rastegari, S. / Phillips, R.K. / Palzkill, T. / Shafer, W.M. / Kumaraswami, M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator MtrR
B: HTH-type transcriptional regulator MtrR
C: HTH-type transcriptional regulator MtrR
D: HTH-type transcriptional regulator MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,48910
ポリマ－96,9194
非ポリマー5706
水4,360242
1
A: HTH-type transcriptional regulator MtrR
B: HTH-type transcriptional regulator MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8396
ポリマ－48,4592
非ポリマー3804
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator MtrR
D: HTH-type transcriptional regulator MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6494
ポリマ－48,4592
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.300, 84.600, 58.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSCYSCYS(chain 'A' and ((resid 10 through 13 and (name N...AA10 - 7210 - 72
12SERSERASNASN(chain 'A' and ((resid 10 through 13 and (name N...AA84 - 15084 - 150
13ASPASPARGARG(chain 'A' and ((resid 10 through 13 and (name N...AA152 - 208152 - 208
24LYSLYSCYSCYS(chain 'B' and ((resid 10 through 13 and (name N...BB10 - 7210 - 72
25SERSERASNASN(chain 'B' and ((resid 10 through 13 and (name N...BB84 - 15084 - 150
26ASPASPARGARG(chain 'B' and ((resid 10 through 13 and (name N...BB152 - 208152 - 208
37LYSLYSCYSCYS(chain 'C' and ((resid 10 through 13 and (name N...CC10 - 7210 - 72
38SERSERASNASN(chain 'C' and ((resid 10 through 13 and (name N...CC84 - 15084 - 150
39ASPASPARGARG(chain 'C' and ((resid 10 through 13 and (name N...CC152 - 208152 - 208
410LYSLYSCYSCYS(chain 'D' and ((resid 10 through 13 and (name N...DD10 - 7210 - 72
411SERSERASNASN(chain 'D' and ((resid 10 through 13 and (name N...DD84 - 15084 - 150
412ASPASPARGARG(chain 'D' and ((resid 10 through 13 and (name N...DD152 - 208152 - 208

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator MtrR / Multiple transferrable resistance regulator


分子量: 24229.732 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: mtrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39897
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.7M NA/K PHOSPHATE, 0.18M LITHIUM SULFATE, 0.1M CAPS, PH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 65953 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.17 % / Biso Wilson estimate: 42.74 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.02 Å / Num. unique obs: 1345 / Rsym value: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VIB

3vib


解像度: 2→45.46 Å / SU ML: 0.3238 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9423
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 6676 10.13 %
Rwork0.2042 59236 -
obs0.2086 65912 94.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6009 0 30 242 6281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00566168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.748388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.76313556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.41611570.40861345X-RAY DIFFRACTION65.13
2.02-2.050.39511640.38251427X-RAY DIFFRACTION69.75
2.05-2.070.36792220.36481824X-RAY DIFFRACTION88.69
2.07-2.10.40841800.33071870X-RAY DIFFRACTION88.74
2.1-2.120.32612260.30951873X-RAY DIFFRACTION91.74
2.12-2.150.35152220.30161994X-RAY DIFFRACTION94.78
2.15-2.180.34382430.2861999X-RAY DIFFRACTION97.9
2.18-2.220.33372310.29331995X-RAY DIFFRACTION97.63
2.22-2.250.36022260.31512025X-RAY DIFFRACTION97.36
2.25-2.290.35172310.2742041X-RAY DIFFRACTION97.93
2.29-2.330.2572240.22922054X-RAY DIFFRACTION98.32
2.33-2.370.2732030.22252035X-RAY DIFFRACTION98.55
2.37-2.420.27242390.21962052X-RAY DIFFRACTION98.41
2.42-2.470.24662220.22242030X-RAY DIFFRACTION98.25
2.47-2.520.27272250.22732054X-RAY DIFFRACTION98.53
2.52-2.580.29162320.22822040X-RAY DIFFRACTION98.57
2.58-2.640.27332400.2212070X-RAY DIFFRACTION98.76
2.64-2.710.26412190.20672033X-RAY DIFFRACTION98.82
2.71-2.790.26922200.20982063X-RAY DIFFRACTION98.66
2.79-2.880.25862300.21752057X-RAY DIFFRACTION98.83
2.88-2.990.23572280.21912036X-RAY DIFFRACTION98.48
2.99-3.110.28592150.21442080X-RAY DIFFRACTION98.79
3.11-3.250.28072510.21152044X-RAY DIFFRACTION98.46
3.25-3.420.272250.21122072X-RAY DIFFRACTION98.5
3.42-3.630.25242390.19252026X-RAY DIFFRACTION97.8
3.63-3.910.21252370.17072046X-RAY DIFFRACTION98.45
3.91-4.310.18692240.1572048X-RAY DIFFRACTION98.4
4.31-4.930.17472320.14312045X-RAY DIFFRACTION96.69
4.93-6.210.22782400.18712062X-RAY DIFFRACTION98.5
6.21-45.470.22642290.19941896X-RAY DIFFRACTION88.32
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08402165549-0.657551223713-0.8527001935051.503990076780.4520313350422.161897114610.04146902672430.1303397260190.1364100596370.029600325021-0.1900978186030.3094907800490.0917316691792-0.4686448026690.1341201510290.272487677448-0.01168323079330.01256266330160.370241303383-0.04910831458480.407619433197-42.171605262345.544819107410.9419030566
20.483178620276-0.1365157918320.388854298712.634092223391.319201046441.9288737485-0.02500112775170.03132028426560.1766563774070.1904885282810.0128392473824-0.2022011504230.01865760367630.2344198411150.01375182122930.286412809515-0.008752142388530.002809684221740.3050430808980.01943562491260.396703455729-21.561876804752.920018247819.7448111543
32.28119550977-0.7828658342780.3202985375422.33891206513-0.310686419131.706812733620.00899673414112-0.129879353002-0.103411125436-0.05033441447250.1231237146950.514821495757-0.125548238703-0.21329918931-0.1452498609780.3479749041740.0132472780276-0.0206158049940.3230742179740.05451324756060.3730982604854.0501597816511.306829870322.3395963528
41.904808509041.6656530133-0.3301527310182.11460289709-0.5966120431391.67652163259-0.0735761632753-0.033795435459-0.204758946656-0.07838787056930.117749332976-0.349790356399-0.09451044087320.214730072694-0.02877752430090.2879309819130.01222334686380.02098188914280.383072645281-0.07341162276450.27648363944927.171119405318.259990944122.7474395535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 209)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 9 through 210)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 9 through 209)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 8 through 209)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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