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万見
- PDB-6oct: Crystal structure of human KCTD16 T1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oct
タイトルCrystal structure of human KCTD16 T1 domain
要素BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
キーワードSIGNALING PROTEIN / KCTD16 / Pentamer / GABA(B) receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cell projection / protein homooligomerization / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / receptor complex
類似検索 - 分子機能
: / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. ...Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. / Zhou, M. / McDonald, P. / Geng, Y. / Slesinger, P.A. / Fan, Q.R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM088454 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125801 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA037170 米国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)R01AA018734 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis for auxiliary subunit KCTD16 regulation of the GABABreceptor.
著者: Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. / Zhou, M. / McDonald, P. / Geng, Y. / Slesinger, P.A. / Fan, Q.R.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,66210
ポリマ－133,66210
非ポリマー00
水2,432135
1
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8315
ポリマ－66,8315
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16
J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8315
ポリマ－66,8315
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.993, 68.993, 261.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
BTB/POZ domain-containing protein KCTD16 / Potassium channel tetramerization domain-containing protein 16


分子量: 13366.242 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD16, KIAA1317 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codonplus RIL / 参照: UniProt: Q68DU8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6
詳細: 6% PEG 6000 2% glycerol 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→130.78 Å / Num. obs: 34280 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 85.31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 181942
反射 シェル解像度: 2.8→3.13 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 9764 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 0.831 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.17データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OCR

6ocr


解像度: 2.8→37.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9037 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 1.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.94 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.326
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 1713 5.01 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.2278 34193 99.73 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.17 Å2 / Biso mean: 84.1 Å2 / Biso min: 31.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9074 Å20 Å20 Å2
2--11.9074 Å20 Å2
3----23.8148 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8047 0 0 135 8182
Biso mean---58.45 -
残基数----957
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2880SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1187HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8268HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion972SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8825SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8268HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11151HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.19
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3076 168 5.7 %
Rwork0.2591 2778 -
all0.2619 2946 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.55010.7632-0.10671.3-0.14170-0.0079-0.0006-0.00120.00140.0118-0.00750.0031-0.0137-0.00390.0723-0.0746-0.0101-0.0744-0.0077-0.0007106.961136.6842-14.7167
20.03640.33460.05880.37470.10030.212-0.00950.006-0.00690.00630.0049-0.0029-0.00860.00960.00460.0535-0.0522-0.0045-0.05930.00380.0017133.9453162.582-7.8487
3-0.12940.60680.22330.74380.50660.0423-0.0006-0.0012-0.007-0.00210.0075-0.00710.0004-0.0028-0.00690.0446-0.0637-0.0136-0.0408-0.0118-0.006291.2285125.8776-34.2643
4-0.11740.27260.22310.35390.25120.21760.0010.0027-0.0012-0.00450.0027-0.0014-0.0013-0.0043-0.00370.0378-0.0472-0.0105-0.02790.0042-0.010376.9361117.0468-48.4585
5-0.20610.26750.36590.4268-0.13740.1078-0.0006-0.0086-0.0020.00480.0045-0.00660.00010.0012-0.00390.0385-0.0348-0.0348-0.0392-0.0093-0.0006113.6709125.33222.9507
6-0.08870.4696-0.03160.5718-0.09880.0073-0.00210.0035-0.003-0.00420.0057-0.0043-0.0046-0.0035-0.00360.0504-0.0682-0.0069-0.04650.0069-0.007496.8908147.0222-36.4051
7-0.19840.0705-0.13160.3508-0.32040.5335-0.0001-0.0052-0.00170.00460.00120.0003-0.00070.0027-0.00110.037-0.00740.0039-0.02370.0101-0.0056135.3979155.68212.9895
8-0.17010.7075-0.00060.87370.38180.0186-0.00970.0078-0.0016-0.00010.0088-0.0023-0.0083-0.00370.00090.0628-0.0663-0.0094-0.0652-0.01840.0008118.3496154.4944-21.0575
9-0.00780.11060.32350.13030.03340.2876-0.00230.0036-0.0045-0.00190.00280.005-0.0055-0.0048-0.00050.027-0.0306-0.0182-0.01220.0006-0.011589.8326158.6914-53.928
100.14150.06510.21190.3718-0.14770.3126-0.00010.0010.0016-0.0008-0.00010.0032-0.0007-0.00070.00020.0188-0.006-0.01270.00750.01360.005865.1147130.5881-61.3231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A22 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B22 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C22 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D22 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E22 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F22 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G22 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H22 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I23 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J22 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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