PDB-6ocr: Crystal structure of human KCTD16 T1 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ocr

タイトル

Crystal structure of human KCTD16 T1 domain

要素

BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

キーワード

SIGNALING PROTEIN / KCTD16 / Pentamer / GABA(B) receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cell projection / protein homooligomerization / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / receptor complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. ...

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM088454	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM125801	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41 GM103403	米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)	R01DA037170	米国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)	R01AA018734	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural basis for auxiliary subunit KCTD16 regulation of the GABABreceptor.
著者: Zuo, H. / Glaaser, I. / Zhao, Y. / Kurinov, I. / Mosyak, L. / Wang, H. / Liu, J. / Park, J. / Frangaj, A. / Sturchler, E. / Zhou, M. / McDonald, P. / Geng, Y. / Slesinger, P.A. / Fan, Q.R.

履歴

登録	2019年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6ocr.ent.gz	495.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ocr_validation.pdf.gz	540.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ocr_full_validation.pdf.gz	560.6 KB	表示
XML形式データ	6ocr_validation.xml.gz	46.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ocpC 6octC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oct-1 1r12-d 3zwy-4 3zwy-1 3zwo-1 6oct-2 3zwv-3 1jzd-d 3zwo-3 3zwx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

K: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

L: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

M: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

N: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

O: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

200 kDa, 15 ポリマー
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1

A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

C: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

D: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

E: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
66.8 kDa, 5 ポリマー
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2

F: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

G: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

H: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

I: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

J: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 5 ポリマー
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3

K: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

L: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

M: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

N: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

O: BTB/POZ domain-containing protein KCTD16

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.139, 68.646, 131.679
Angle α, β, γ (deg.)	102.110, 97.980, 89.880
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	BTB/POZ domain-containing protein KCTD16 / Potassium channel tetramerization domain-containing protein 16 分子量: 13366.242 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD16, KIAA1317 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codonplus RIL / 参照: UniProt: Q68DU8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

BTB/POZ domain-containing protein KCTD16 / Potassium channel tetramerization domain-containing protein 16

分子量: 13366.242 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD16, KIAA1317 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codonplus RIL / 参照: UniProt: Q68DU8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 20% ethanol, 0.1 M Tris, pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→220 Å / Num. obs: 78702 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 65.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 152071

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.33	1.6	0.617	3417	0.906	1	40
2.33-2.42	1.8	0.505	7962	0.867	1	92.7
2.42-2.53	1.9	0.377	8415	0.918	1	97.8
2.53-2.67	2	0.259	8341	0.98	1	98
2.67-2.83	2	0.16	8368	1.006	1	98.3
2.83-3.05	2	0.097	8423	0.996	1	98.5
3.05-3.36	2	0.065	8467	1.132	1	98.7
3.36-3.85	2	0.044	8454	1.242	1	98.9
3.85-4.85	2	0.036	8507	1.195	1	99.1
4.85-220	1.9	0.023	8348	1.204	1	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28→41.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9181 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.344 / SU R_free Blow DPI: 0.234 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.247

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2698	3981	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2538	-	-	-
obs	0.2546	78696	95.82 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.99 Å² / B_iso mean: 79.14 Å² / B_iso min: 36.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.4452 Å²	12.6774 Å²	-2.9021 Å²
2-	-	9.3518 Å²	6.1227 Å²
3-	-	-	2.0934 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.5 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.28→41.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12095	0	0	206	12301
B_iso mean	-	-	-	64.09	-
残基数	-	-	-	-	1435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4345	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	252	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1782	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	12428	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1463	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	13764	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	12428	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	16756	HARMONIC	2	0.97
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.94

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.34 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	192	4.58 %
R_work	0.234	4004	-
all	0.2344	4196	-
obs	-	-	95.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0157	-0.6058	-0.061	0.7897	0.1327	0.0415	0.0015	-0.0073	-0.012	-0.0108	0.0035	-0.0028	-0.0082	0.0047	-0.005	0.0322	0.0303	0.0149	-0.0688	0.0347	0.0054	-8.7348	-34.8281	60.3481
2	0.201	0.1921	-0.277	-0.0388	0.0788	0.2807	0.0006	-0.0028	-0.0044	0.0008	0.0003	-0.0046	0.0039	0.0046	-0.0009	0.0078	-0.0389	0.0177	0.017	-0.024	-0.0255	-21.7943	-9.4385	19.4478
3	0.0852	-0.0981	-0.3228	0.2662	-0.3724	0.317	-0.0001	-0.0092	-0.0071	0.0071	-0.0008	0.009	0.0061	-0.0013	0.0009	0.0095	0.0168	0.0088	-0.0137	0.0392	-0.0079	-21.7892	-28.1013	76.8555
4	0.1025	0.6391	-0.3513	0.421	-0.3946	0.0178	-0.001	0.0009	0.0055	0.0015	0.0019	-0.0016	0.0076	0.0015	-0.0009	0.0263	-0.0488	0.033	-0.0258	-0.0024	-0.0101	-40.3554	-2.9004	29.6514
5	0.0677	0.679	-0.2308	0.7415	-0.615	0.0404	0.0008	0.0022	0.0066	-0.0036	0.0109	0.0092	-0.0062	-0.0023	-0.0117	0.0527	-0.0483	0.0531	-0.0641	0.0346	-0.0051	-50.692	-17.6929	42.1031
6	0.0605	0.2411	-0.2151	0.4639	0.1199	0.1068	-0.0032	0.0033	-0.0087	-0.0023	0.0052	-0.0052	-0.0021	0.0081	-0.0019	0.0242	-0.0383	0.0588	-0.0482	-0.003	0.0032	-45.4024	-38.9339	40.4498
7	0.6236	1.0353	-0.6405	0.8099	0.3453	0.7245	0.0004	-0.0027	-0.0134	0.0047	-0.0071	-0.0198	0.0032	0.0201	0.0067	-0.0008	-0.0355	0.0241	0.0294	-0.0148	0.0195	-29.0342	-45.4433	26.301
8	0.121	0.1558	0.3887	-0.011	0.3305	0.595	-0.0021	0.0008	0.0033	0.0125	-0.004	-0.0038	-0.003	-0.0004	0.0061	-0.0058	-0.0216	-0.0127	0.0074	-0.0105	-0.0093	-22.3498	-0.7452	-6.7217
9	0.2837	0.2004	0.2129	-0.1973	0.4732	0.2569	-0.0017	0.0065	0.0066	-0.0011	-0.0017	0.0079	-0.0069	-0.0002	0.0034	-0.0201	-0.0109	-0.0119	0.0211	-0.0444	-0.0069	-38.5313	-5.3226	-20.8498
10	0.6284	0.2756	0.2108	-0.4172	0.9737	0.4725	0.002	0.0011	0.001	-0.0024	0.001	0.0074	-0.0038	0.0035	-0.003	-0.0421	-0.0146	0.0049	0.0637	-0.102	-0.0389	-47.2974	-25.6899	-21.0861
11	0.4017	0.0953	0.2095	-0.1087	0.2427	0.2932	0.002	-0.0038	-0.0059	0.0051	0.0005	0.0017	0.0045	-0.0006	-0.0025	-0.0256	-0.0282	-0.0174	0.0481	-0.0291	-0.0298	-36.7369	-42.2903	-11.5211
12	0.9045	-0.2933	0.1639	-0.2004	0.4504	0.6074	0.001	0.0103	0.0136	-0.0014	-0.0016	-0.0118	-0.0067	-0.0009	0.0006	-0.0011	-0.0055	-0.0123	0.0483	-0.0013	0.0012	-16.9557	-39.064	-3.5819
13	0.3124	-0.2947	-0.0203	-0.3554	0.7178	0.743	0.0016	-0.0066	0.0046	0.0069	-0.0008	0.0075	-0.0026	-0.0022	-0.0008	-0.0402	0.0128	-0.0077	0.0473	-0.0537	-0.0223	-25.9494	-64.7325	86.0841
14	0.17	-0.249	0.0053	0.2938	-0.2411	0.5181	-0.0027	-0.0088	0.0094	-0.015	0.0019	-0.0039	0.0057	-0.0026	0.0008	-0.0032	0.0429	-0.0171	-0.0135	0.0059	-0.012	-19.413	-70.6729	66.0799
15	-0.0493	0.2787	0.1902	1.0253	-0.4518	-0.2053	-0.0071	-0.0097	0.0063	-0.0201	0.0029	-0.0045	0.0007	0.0021	0.0042	0.0219	0.009	0.0181	-0.0827	0.0383	0.0383	-8.7442	-55.6836	54.2094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ N\|* }	N	22 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|* }	A	23 - 123
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ O\|* }	O	23 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|* }	B	23 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|* }	C	23 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ D\|* }	D	22 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ E\|* }	E	22 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ F\|* }	F	23 - 124
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ G\|* }	G	23 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ H\|* }	H	23 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ I\|* }	I	23 - 124
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ J\|* }	J	23 - 123
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ K\|* }	K	22 - 123
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ L\|* }	L	23 - 123
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ M\|* }	M	22 - 124

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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