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万見
- PDB-6ock: Crystal Structure of Leporine Serum Albumin in Complex with Ketoprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ock
タイトルCrystal Structure of Leporine Serum Albumin in Complex with Ketoprofen
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HELICAL / THREE-DOMAIN PROTEIN / SERUM ALBUMIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding ...exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2J3 / (2S)-2-[3-(benzenecarbonyl)phenyl]propanoic acid / ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-POG / Albumin / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zielinski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Chirality / 年: 2020
タイトル: Structural investigations of stereoselective profen binding by equine and leporine serum albumins.
著者: Zielinski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A. / Szymczak, I.
履歴
登録2019年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,93712
ポリマ－66,1741
非ポリマー1,76311
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.690, 79.480, 103.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66173.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: G1U9S2, UniProt: P49065*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 377分子

#2: 化合物 ChemComp-9KL / (2S)-2-[3-(benzenecarbonyl)phenyl]propanoic acid / Dexketoprofen


分子量: 254.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14O3 / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL / HEPTAPROPYLENE GLYCOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#6: 化合物 ChemComp-2J3 / (2R)-2-{[(2R)-2-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}propyl]oxy}propan-1-ol


分子量: 192.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H20O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8% PPG 400, 0.2 M ammonium acetate, 16% PEG 3350, 0.1M TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 48629 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 6810 / CC1/2: 0.677 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEVERSION Nov 1, 2016データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F5V

4f5v


解像度: 1.9→30.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.424 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25263 1401 2.9 %RANDOM
Rwork0.18996 ---
obs0.19172 47209 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0 Å2
2--0.79 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 112 366 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0141.9886679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0735609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46624.867226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.36315877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9451522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2543.5292360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4485.2732949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8323.8672570
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.17130.7727990
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 100 -
Rwork0.323 3406 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73811.80840.0462.7532-0.47451.74390.1811-0.41440.35680.2904-0.31470.4152-0.2068-0.38430.13360.0824-0.00390.02580.1911-0.10640.092838.802119.87786.6526
22.2659-0.50021.99050.62340.11032.4332-0.2289-0.01650.14-0.01620.2092-0.1818-0.44410.17870.01970.2738-0.0172-0.07070.0669-0.05530.118657.487929.907182.9821
31.7081-0.03871.98521.3490.97653.6004-0.07730.35490.0509-0.00180.2404-0.2892-0.17330.6202-0.16310.0547-0.037-0.00080.1316-0.02760.122162.57622.4876.3498
40.97430.41470.91380.23370.33241.37380.07390.1332-0.21030.02520.1164-0.04140.01610.142-0.19020.07250.0006-0.01960.08850.00020.116347.01228.128464.0679
53.1750.1670.27330.59151.04662.60140.1610.1472-0.23740.23360.1454-0.11940.39090.2874-0.30640.0990.053-0.06480.0559-0.00910.113957.61253.352272.8807
61.9223-0.36380.24870.184-0.5712.51140.38130.0423-0.3949-0.1076-0.02250.12510.2730.3312-0.35880.13750.0645-0.09740.1575-0.16720.264248.2793-2.079747.6713
71.48270.4781.18670.15680.42854.00190.0070.3545-0.0191-0.00960.11270.0012-0.31420.4132-0.11970.0537-0.0070.01430.1755-0.10240.110546.91887.478144.0997
84.97374.90952.63017.03082.72411.3989-0.20670.6338-0.1739-0.16710.3199-0.3096-0.11040.3189-0.11320.0906-0.07280.07320.2402-0.07420.083857.497117.626642.04
94.5694-1.27170.28551.0018-0.19310.99480.05460.2058-0.1010.06150.0483-0.1079-0.169-0.0167-0.10290.06830.01950.02260.0344-0.01680.063756.856638.045853.2129
101.5686-0.2741-0.19471.08430.08590.46690.01980.0037-0.1690.06140.1031-0.1041-0.137-0.01-0.12290.0884-0.01510.01610.03210.00460.087155.301127.524858.0869
111.14150.50280.60454.2371-0.3781.1903-0.04480.19220.005-0.25150.08160.03210.0729-0.1764-0.03680.0724-0.01410.00530.13930.02340.036244.189530.443149.6243
121.8776-1.42580.31451.14780.27375.0649-0.1177-0.31350.44070.07010.2736-0.3286-0.6520.1965-0.15590.2054-0.00890.08950.0648-0.0840.189755.352349.350562.1064
130.89031.05861.7553.29874.14395.604-0.234-0.23160.34180.0022-0.10380.0712-0.2538-0.14680.33780.3298-0.0325-0.0160.2865-0.04480.335261.332256.973159.3275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3A148 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7A337 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8A367 - 398
9X-RAY DIFFRACTION9A399 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10A418 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11A469 - 497
12X-RAY DIFFRACTION12A498 - 537
13X-RAY DIFFRACTION13A538 - 584

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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