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- PDB-6oc6: Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF from Methylobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oc6
タイトルLanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF from Methylobacterium extorquens, in complex with Lanthanum and Pyrroloquinoline quinone
要素Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
キーワードOXIDOREDUCTASE / XoxF / La / methanol / Pyrroloquinoline quinone / PQQ
機能・相同性
機能・相同性情報


lanthanide-dependent methanol dehydrogenase / methanol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat ...Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LANTHANUM (III) ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Fellner, M. / Good, N.M. / Martinez-Gomez, N.C. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Lanthanide-dependent alcohol dehydrogenases require an essential aspartate residue for metal coordination and enzymatic function.
著者: Good, N.M. / Fellner, M. / Demirer, K. / Hu, J. / Hausinger, R.P. / Martinez-Gomez, N.C.
履歴
登録2019年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
B: Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8866
ポリマ－129,9482
非ポリマー9384
水46826
1
A: Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4433
ポリマ－64,9741
非ポリマー4692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4433
ポリマ－64,9741
非ポリマー4692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.272, 101.941, 103.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...
21(chain B and ((resid 22 through 24 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEU(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...AA22 - 2622 - 26
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...AA2727
13ASNASNASNASN(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...AA22 - 60022 - 600
14ASNASNASNASN(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...AA22 - 60022 - 600
15ASNASNASNASN(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...AA22 - 60022 - 600
16ASNASNASNASN(chain A and (resid 22 through 26 or (resid 27...AA22 - 60022 - 600
21ASNASNSERSER(chain B and ((resid 22 through 24 and (name N...BB22 - 2422 - 24
22ASNASNASNASN(chain B and ((resid 22 through 24 and (name N...BB22 - 60022 - 600
23ASNASNASNASN(chain B and ((resid 22 through 24 and (name N...BB22 - 60022 - 600
24ASNASNASNASN(chain B and ((resid 22 through 24 and (name N...BB22 - 60022 - 600
25ASNASNASNASN(chain B and ((resid 22 through 24 and (name N...BB22 - 60022 - 600

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要素

#1: タンパク質 Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF


分子量: 64974.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: xoxF, MexAM1_META1p1740
発現宿主: Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
参照: UniProt: C5B120
#2: 化合物 ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン


分子量: 138.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: La / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Ammonium chloride, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→40 Å / Num. obs: 24645 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.339 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-34.71.0223880.5250.5091.1450.90898.7
3-3.124.90.82324290.6440.4070.9210.92799.8
3.12-3.274.90.67724170.7120.3350.7580.994100
3.27-3.444.90.50424280.8480.2480.5631.083100
3.44-3.654.90.37124410.9070.1830.4151.096100
3.65-3.944.90.29824590.9320.1470.3331.057100
3.94-4.334.90.22824490.9640.1110.2551.063100
4.33-4.964.90.16924840.9810.0830.1881.025100
4.96-6.244.80.19325020.9720.0960.2171.089100
6.24-404.60.1126480.990.0560.1240.97100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.32 Å34.06 Å
Translation4.32 Å34.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1-3769精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OC5

6oc5


解像度: 2.89→36.35 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1115 4.53 %
Rwork0.2037 --
obs0.2062 24609 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.54 Å2 / Biso mean: 26.113 Å2 / Biso min: 3.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8614 0 50 26 8690
Biso mean--29.52 20.44 -
残基数----1158
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3494X-RAY DIFFRACTION3.622TORSIONAL
12B3494X-RAY DIFFRACTION3.622TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.89-3.020.38251410.29042797293897
3.02-3.180.35631230.26729163039100
3.18-3.380.30651480.23428993047100
3.38-3.640.25421180.203329363054100
3.64-40.22751240.199329383062100
4.01-4.580.21671790.165228983077100
4.58-5.770.22781290.174230063135100
5.77-36.350.23561530.185331043257100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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