PDB-6obz: Crystal structure of FluA-20 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6obz

タイトル

Crystal structure of FluA-20 Fab

要素

Heavy chain of FluA-20 Fab
Light chain of FluA-20 Fab, Immunoglobulin light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-flu antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Wilson, I.A. / Lang, S.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Site of Vulnerability on the Influenza Virus Hemagglutinin Head Domain Trimer Interface.
著者: Bangaru, S. / Lang, S. / Schotsaert, M. / Vanderven, H.A. / Zhu, X. / Kose, N. / Bombardi, R. / Finn, J.A. / Kent, S.J. / Gilchuk, P. / Gilchuk, I. / Turner, H.L. / Garcia-Sastre, A. / Li, S. ...

履歴

登録	2019年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6obz.cif.gz	349.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6obz.ent.gz	282.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6obz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6obz_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6obz_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	6obz_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	6obz_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/6obz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oc3C 6ocbC 4kmtS 5bv7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ra7-2 6z3k-4 5x4g-d 5e2w-d 6z3k-6 2gk0-2 6z3k-8 3qnz-d 1fn4-2 3l7f-3 5adp-d 6pds-1 4xbg-4 3qq9-2 3dif-2 5mp5-2 5vr9-1 4odu-1 7lsi-1 5ds8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heavy chain of FluA-20 Fab

B: Light chain of FluA-20 Fab, Immunoglobulin light chain

H: Heavy chain of FluA-20 Fab

L: Light chain of FluA-20 Fab, Immunoglobulin light chain

97.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heavy chain of FluA-20 Fab

B: Light chain of FluA-20 Fab, Immunoglobulin light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Heavy chain of FluA-20 Fab

L: Light chain of FluA-20 Fab, Immunoglobulin light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.577, 52.643, 104.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Heavy chain of FluA-20 Fab 分子量: 25154.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Light chain of FluA-20 Fab, Immunoglobulin light chain 分子量: 23508.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-sodium citrate 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 92959 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.05 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 4414 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.21 / R_sym value: 0.39 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KMT, 5BV7

4kmt

5bv7

解像度: 1.73→50 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	4546	4.89 %
R_work	0.2021	-	-
obs	0.2039	92945	96.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6616	0	0	1041	7657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.929	9244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.158	4070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1180

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7243-1.7439	0.3549	81	0.3031	1671	X-RAY DIFFRACTION	55
1.7439-1.7644	0.3035	154	0.2699	2849	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7644-1.786	0.2952	133	0.2692	2918	X-RAY DIFFRACTION	96
1.786-1.8086	0.3416	144	0.2448	2944	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8086-1.8324	0.2975	127	0.2292	2945	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8324-1.8575	0.2708	150	0.2151	2955	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8575-1.884	0.2465	149	0.2078	2924	X-RAY DIFFRACTION	97
1.884-1.9121	0.2621	145	0.2123	2964	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9121-1.942	0.2763	153	0.2079	2966	X-RAY DIFFRACTION	96
1.942-1.9738	0.2493	152	0.2103	2979	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9738-2.0079	0.2633	149	0.2059	2931	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0079-2.0444	0.2356	164	0.2094	2963	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0444-2.0837	0.2706	168	0.1999	2945	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0837-2.1262	0.2274	179	0.2003	2949	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1262-2.1725	0.2708	149	0.2123	2985	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1725-2.223	0.2477	150	0.2007	2991	X-RAY DIFFRACTION	98
2.223-2.2786	0.235	168	0.1987	2991	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2786-2.3402	0.2759	139	0.2025	3001	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3402-2.4091	0.2715	157	0.2022	2992	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4091-2.4868	0.2332	162	0.1982	3010	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4868-2.5757	0.2425	155	0.1979	2956	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5757-2.6788	0.2625	142	0.2154	3011	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6788-2.8007	0.2621	135	0.2081	3072	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8007-2.9483	0.2226	167	0.2026	2996	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9483-3.133	0.2241	167	0.2033	3025	X-RAY DIFFRACTION	99
3.133-3.3748	0.221	193	0.1887	3022	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3748-3.7143	0.2196	164	0.1828	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7143-4.2515	0.185	135	0.1864	3088	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2515-5.3551	0.2028	164	0.1739	3094	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3551-45.6834	0.224	151	0.2181	3194	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 54.0703 Å / Origin y: 63.2522 Å / Origin z: 129.9427 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.038 Å²	0.0167 Å²	-0.008 Å²	-	0.0504 Å²	-0.0022 Å²	-	-	0.0459 Å²
L	0.0024 °²	0.0285 °²	-0.0873 °²	-	0.0163 °²	0.0056 °²	-	-	0.0461 °²
S	-0.007 Å °	-0.0101 Å °	0.0035 Å °	0.001 Å °	0.0015 Å °	0.0131 Å °	0.0039 Å °	0.0007 Å °	-0.0275 Å °

精密化 TLSグループ

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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