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- PDB-6o9a: Crystal structure of MqnA complexed with 3-hydroxybenzoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9a
タイトルCrystal structure of MqnA complexed with 3-hydroxybenzoic acid
要素Chorismate dehydratase
キーワードLYASE / Menaquinone biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate dehydratase / menaquinone biosynthetic process / hydro-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Chorismate dehydratase / Menaquinone biosynthesis enzyme / Menaquinone biosynthesis / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYBENZOIC ACID / ACETATE ION / Chorismate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.326 Å
データ登録者Hicks, K.A. / Mahanta, N. / Naseem, S. / Fedoseyenko, D. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)DK067081 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Menaquinone Biosynthesis: Biochemical and Structural Studies of Chorismate Dehydratase.
著者: Mahanta, N. / Hicks, K.A. / Naseem, S. / Zhang, Y. / Fedoseyenko, D. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate dehydratase
B: Chorismate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5896
ポリマ－69,1942
非ポリマー3944
水1,15364
1
A: Chorismate dehydratase
ヘテロ分子

B: Chorismate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5896
ポリマ－69,1942
非ポリマー3944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.102, 151.619, 75.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
詳細THE AUTHORS STATE THAT PISA INDICATES THAT MQNA IS DIMERIC, WHICH IS CONSISTENT WITH THE CALCULATED MOLECULAR WEIGHT FROM GEL FILTRATION. HOWEVER, BOTH 6O9A AND 2I6E, WHICH BELONG TO DIFFERENT SPACE GROUPS, DISPLAY A COMMON, CONSERVED HYDROPHILIC INTERFACE, WHICH GENERATES POTENTIAL TETRAMERS.

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要素

#1: タンパク質 Chorismate dehydratase / Menaquinone biosynthetic enzyme MqnA


分子量: 34597.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: mqnA, DR_0370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RXE3, chorismate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-3HB / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M acetate (pH 5.5), 13% PEG 1500, 2.5 M sodium chloride (NaCl), and 1.5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 34973 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 2.134 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 138300
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.32-2.3630.13416951.319197.4
2.36-2.43.30.1317351.341199.9
2.4-2.453.50.12617251.471199.8
2.45-2.53.70.12217421.465199.7
2.5-2.554.10.11717611.5951100
2.55-2.614.10.10417371.57199.8
2.61-2.684.10.09917581.736199.7
2.68-2.754.10.09317321.676199.9
2.75-2.834.10.08617501.769199.5
2.83-2.924.10.08117291.98199.5
2.92-3.034.10.07817542.089199.4
3.03-3.154.10.07517662.277199.4
3.15-3.294.10.07217432.402199.4
3.29-3.474.10.06817552.503199.2
3.47-3.684.10.06917452.907198.9
3.68-3.974.10.06817492.996198.4
3.97-4.374.10.06517603.075198.9
4.37-54.10.06517583.104197.9
5-6.294.10.06217802.7197.5
6.29-503.80.04717992.004194.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I6E

2i6e


解像度: 2.326→42.759 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 1759 5.03 %
Rwork0.1911 33204 -
obs0.1928 34963 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.26 Å2 / Biso mean: 31.2625 Å2 / Biso min: 13.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.326→42.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4147 0 28 64 4239
Biso mean--33.73 27.6 -
残基数----542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3263-2.38920.27021270.2222400252795
2.3892-2.45950.25961170.209625562673100
2.4595-2.53890.31671340.223825702704100
2.5389-2.62960.27371260.219825502676100
2.6296-2.73490.26951530.225125662719100
2.7349-2.85940.24891230.224625552678100
2.8594-3.01010.23781430.21292544268799
3.0101-3.19860.26091570.213625462703100
3.1986-3.44550.22281380.19842574271299
3.4455-3.7920.21081500.18752537268799
3.792-4.34030.18631380.16432589272799
4.3403-5.46650.18721330.15222572270598
5.4665-42.76630.18881200.17712645276595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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